1985年，全市各级水利系统推行条块结合、分级管理的管理体制，按受益范围，下放管理权限。有大中型水库22座，小型水库637座，塘坝4118座，总拦蓄能力12.04亿立方米，66.67公顷以上灌区56处；固定机电排灌站3151处，机电井4.35万眼，其中配套井3.86万眼；治理水土流失面积2830.97平方公里。1990年，全市各级水利系统在工程所有制不变的前提下，采取所有权与经营管理权分离的管理模式，对国营水管单位按照“责、权、利”统一的原则，因地制宜地进行承包经营，职工利益同经济效益挂钩，实行事业单位企业化管理。全市6万余项水利工程落实承包经营管理责任制的占90%。1991年，全市水利系统开展水利工作“鲁水杯”“泰水杯”竞赛活动，完成各类水利工程5.35万项，完成土石方8066万立方米、投入工日9616万个，比上年分别增加2061万立方米和2072万个，增加除涝面积18.67万公顷，改善、恢复灌溉面积5.4万公顷，治理水土流失面积120平方公里。
1993年，市政府印发《泰安市取水许可制度实施办法》《泰安市水资源费征收使用管理办法》，对水资源费的征收标准、收缴方式、管理使用办法作出具体规定。1995年，全市水利建设总投资2.03亿元，投入工日9420万个，完成各类水利工程3.2万项，其中新增配套机电井1753眼。1996年，肥城市被确定为全省水利科教示范县（市、区）和全国换发取水许可证示范县（市、区）。1998年，市政府印发《关于加快小型水利工程产权制度改革有关问题的通知》，并在肥城市马家埠镇召开小型水利工程产权制度改革现场会。全市兴建股份合作制工程2000项，投入资金2500万元；拍卖、租赁、承包小型水利工程1万余项，回收资金8000万元。大河水库由郊区移交市水利水产局管理。
2000年，市水利水产局更名为市水利与渔业局，负责全市的水利与渔业的行政工作。2002年，全市小型农田水利工程改制4120项，吸纳社会资金8700万元；发展各类节水灌溉面积16万公顷，占有效灌溉面积的69.38%；治理水土流失面积2853平方公里，占应治理面积的76%。全市有大中型水库14座，小型水库525座，塘坝3373座，扬水站3015处，机电井4.8万眼，总灌溉面积26.33万公顷，有效灌溉面积23.06万公顷，水利工程供水量10.34亿立方米，其中农业供水9.03亿立方米，工业供水5176万立方米，城乡生活供水7826万立方米。