一、种畜禽管理
1985年，市种鸡场、莱芜猪良种繁育场、省实验种蜂场列入省级管理。市畜牧公司家畜育种辅导站承担全市的种畜禽管理职能。1988年，贯彻执行省政府《山东省种畜禽管理暂行办法》、农业厅《种畜禽场验收标准与实施办法》和一系列畜禽管理标准，市畜牧公司成立市种畜禽鉴定验收小组，选聘种畜禽监督员13名，开展种畜禽场的鉴定验收和日常管理工作。1994年，市、县（市、区）畜牧局根据国务院《种畜禽管理条例》，加强种畜禽管理队伍建设，全市种畜禽管理人员增加到30人。1995年，全市经鉴定验收颁发种畜禽生产经营许可证的种畜禽场38家。1997年，市畜牧局成立17人组成的市种畜禽鉴定验收领导小组和19人组成的市种畜禽鉴定验收工作小组。全市鉴定验收二级（父母代）以上种畜禽场53家，培训种畜禽场负责人70名。
1998年，根据农业部《种畜禽管理条例实施细则》、省政府《山东省〈种畜禽管理条例〉实施办法》和省畜牧局制定的配套规范性文件，全市出售的种畜禽开始附具种畜禽合格证、种畜系谱证、动物检疫合格证。1999年，全市首次举办种畜禽质量鉴定员培训班，33人获得种畜禽质量监督员证。1999—2002年，全市开展畜禽执法检查，查处不合格种畜禽场13家，其中规范整顿10家，取缔3家。2002年，全市有种畜禽质量监督员43人。
二、饲料管理
1985年，市政府成立饲料工业办公室和饲料工业协会，办公室设在市经委。1987年，市经委转发国家饲料办公室《关于加强饲料工业管理的通知》，并与市粮食局对新泰、肥城、宁阳、东平、郊区等县（市、区）饲料厂的安全生产情况进行检查，对2家不合格的责令限期整改。1991年，饲料工业企业开始实行全面质量管理制度。市畜牧局饲料监测工作开始起步，采样47个，化验项目188项次。1994年，根据国务院《1994—2000年全国饲料工业发展纲要》，市政府制订全市饲料工业发展规划。1996年，饲料行业管理职能由市经委移交市畜牧局。1997年，市畜牧局饲料工业办公室挂牌办公。1998年，全市150家饲料和饲料添加剂经营企业获得饲料经营审查登记证。1999年，全市有236家饲料厂家办理报批手续，12家企业办理免税手续。
2000年起，市畜牧局根据农业部《关于印发〈饲料工业行业检验化验员等3个职业实行就业准入制度实施方案〉的通知》，对饲料检验化验员、饲料厂中央控制室操作工、饲料加工设备维修工进行分期培训和技能鉴定，并规定工种必须取得职业资格证书后方可上岗。全市有45名化验员通过技能鉴定。2001年，省、市、县三级进行一年两度的饲料执法检查活动，检查生产经营单位330个（次），查处假、冒、伪、劣及违禁产品100余吨，对生产经营各类不合格产品的单位和个人罚款21万元。2002年，市畜牧办公室确定为“行政执法年”，组织有关人员对全市生产经营单位进行安全生产经营检查，抽查142个样品，对检验不合格的23个单位进行通报，对涉及违法行为的15家企业进行了处理。全市有67名饲料检验化验员、9名中央控制室操作工、25名饲料加工设备维修工持证上岗。
三、兽药管理
1985—1987年，市内没有专设的兽药经营企业，兽药由省畜牧医药站逐级供应。1988年，国务院颁布《兽药管理条例》后，市内兽药市场开始放开，市畜牧兽医站通过监督、核发兽药经营许可证对市场进行管理。1993年，市畜牧局与市工商局、公安局联合清理整顿兽药市场，取缔无证经营单位47家。1994年，全市查处不合格兽药18个品种，价值14万元。1995年，市畜牧局按照省畜牧局的部署，开展畜牧法规宣传月活动，并会同市公安、工商等部门，对全市兽药市场进行集中清理和整顿，查处销毁假劣兽药24个品种，标值总额30万元；取缔非法经营兽药摊点41个，非法经营生物制品的单位和个体户5家。
1996年，市畜牧局兽医卫生科成立，专门管理全市的兽药经营。全市查处销毁假劣兽药98个品种，标值总额12.4万元；取缔非法经营兽药摊点34个，非法经营生物制品的单位和个人8家。1997年，在兽药市场检查中，查处违法经营单位和个人51个，收缴证牌23个，没收假劣兽药标值总额30余万元，查处取缔非法经营生物制品的单位和个体户5家。1998年，市、县（市、区）畜牧、工商部门对兽药市场进行执法检查2次，出动执法人员536人次，对全市90个乡镇的兽药经营市场进行检查整顿，取缔非法经营单位和个体户123家，查处假劣兽药110个品种，标值总额42.1万元。2001年，各级畜牧部门与工商部门对兽药市场进行检查，查处假劣饲料20余个品种、100余吨，查处非法经营兽药及生物制品32个品种，标值总额12万元。2002年，根据农业部《食品动物禁用的兽药及其他化合物清单》，将氯霉素等21个品种列入其中。全市查处无证经营的单位和个体户123家，查处假劣兽药及违禁药品167种。
四、检疫监督
1984年，泰安地区动物检疫站成立，负责境内经铁路运输的动物及其产品的检疫、检验、签证等工作。1985年，国务院颁布《家畜家禽防疫条例》后，全市畜禽检疫检查工作逐步纳入法制化管理。1986年，市畜牧公司成立检疫监督员队伍，全市录用兽医卫生监督员、检疫员468名。按照《家畜家禽防疫条例》，对全市社会个体屠宰户进行普查登记，发放兽医卫生合格证3635份。1991年，各级畜牧管理部门对194个农贸市场、4736个屠宰户、125个国营食品站开展兽医卫生检疫和监督管理，检疫活畜禽118万头（只），检出病畜禽7.8万头（只）；检疫各种肉类11.21万吨，检查出各种病肉154吨。1993年，市、县（市、区）均设立防检机构和监督机构，并组织开展《家畜家禽防疫条例》宣传月活动和兽医卫生检查，检疫出口黄牛5500头、鸡60万只、肉1907吨、皮张6550张。
1996年，全市推行生猪定点屠宰后，在搞好产地屠宰市场、运输、检疫的同时，重点加强对定点屠宰检疫和对屠宰加工企业的监督检查，查处销售病死肉类案件38起，销毁各种病死肉15吨，其中查处、销毁郊区肉联厂病害猪肉5吨。1997年，根据《中华人民共和国动物防疫法》，全市检疫工作重点向屠宰检疫和产地检疫转移，产地检疫率大幅度提高，定点屠宰按照定时、定点、到点检疫全面开展。1998年，市政府在新泰市召开产地检疫工作现场会，推广新泰市建立乡镇、村产地协检员制度，并在全市30个乡镇进行试点。全市有40个乡镇、村成立协检员队伍，有协检员262人。1999年，全市猪、鸡的产地检疫率分别为85%和90%。2000年，经考试考核，全市配备第一批产地协检员836名。2002年，市畜牧办公室开始建立畜禽档案管理制度，并推广岱岳区房村镇建设检疫稽查队的经验。全市乡镇兽医站执法与事业服务的职能按照人分两线，事分两摊，政事分开，精简效能的原则进行分离，并在东平县、新泰市试点。经年度考核，全市重新录用动物检疫员416名、村级动物产地协检员243名，产地检疫率80%，所有定点屠宰企业和屠宰点全部派驻检疫员或监督员，屠宰检疫率100%。