1985年，国家放开畜产品市场，全市各级开始在政策、资金、技术、信息等方面大力支持畜牧业发展。全市畜禽饲养总量发展到111.28万个标准畜单位，其中牛存栏11.4万头，猪185.29万头，羊65.99万只，家禽1241万只，兔187.77万只，肉、蛋、奶产量分别为12.17万吨、5.78万吨、0.12万吨。1987年，市政府提出发展规模养殖、建设畜牧商品生产基地，规划瘦肉猪、商品牛等畜禽商品生产基地21处。1990年10月，市畜牧公司挂市畜牧局牌子，升为正县级事业单位。
1992年，针对粮食减产、饲料价格上涨、猪鸡生产下降等，调整畜牧业生产结构，大力发展以养牛为主的食草畜禽。全市食草畜禽饲养量占畜禽饲养总量的48.5%。1993年，市委、市政府把发展养牛生产作为发展高产优质高效农业的突破口，作出《关于加快发展养牛业的决定》，成立养牛生产领导小组，组织实施养牛“百千万”工程，即到1995年，全市建成100个集饲养、加工、销售于一体的养牛牧工商联合体，1000个百头养牛场，1万个饲养10头牛以上的专业户。1997年，全市实施规模饲养“1551”工程，即建设1000个饲养小区、500个养殖专业村、5000个规模饲养场和10万个年纯收入1万元以上的饲养大户。1998年，市委、市政府确立畜牧业发展稳中求进、一化两增（产业化，畜牧业增产、农民增收）的指导思想，实施畜牧产业化“四个十”（即建设新泰市肉类联合加工公司等十大畜禽产品加工龙头企业、市种鸡场等十大畜禽良种龙头企业、新泰市石莱仔猪批发等十大畜禽产品专业批发市场、瘦肉猪生产等十大畜禽养殖基地）工程。全市开始调整畜禽结构、良种结构、产品结构、区域布局结构，提高畜牧业整体效益。2000年，市政府贯彻农业部《关于加快畜牧业发展的意见》，强调稳定猪、鸡生产，大力发展食草畜禽，突出发展奶牛生产。市畜牧局改为市畜牧办公室，为正县级事业单位。2002年，规模饲养“1551”工程超额完成。全市畜禽饲养总量发展到281.79万个标准畜单位，肉、蛋、奶产量分别为31.65万吨、21.67万吨、3.27万吨，畜牧业产值38.97亿元，占农林牧渔业总产值的29.72%。