1989年，市委、市政府制订《关于进一步加快卫生事业发展的意见》，规定医疗机构实行院长负责制。院长负责制的主要内容为五项职责和五项权限。五项职责：贯彻落实党的路线、方针及国家政策法规；制订并组织实施医院发展规划；领导和协调医院各项工作的运行；实行科学管理，不断提高医院服务水平和服务质量；加强经营管理，实现国有资产保值增值和医院发展。五项权限：对医院行政和业务的决策权；对医院行政和业务工作的指挥权；对医院各类专业技术人员及中层干部的聘任权；对干部职工的奖惩权；对医院资金、物资的管理使用权。同年，市卫生局印发《关于医疗单位实行院长任期目标责任制意见》，提出对医疗卫生单位领导干部实行任期制，医院院长每届任期三年。1992年，市直医疗卫生机构全部实行院（站、校、所）长负责制。市直医疗卫生机构实行综合目标管理责任制，签订目标责任书。1994年始，市直医疗卫生机构中层领导干部实行竞争上岗，由院长聘任，聘期一般2～3年。2000年，市卫生局制订实施《医疗机构专业技术职务评聘分开及竞争上岗的意见》，《意见》要求，实行专业技术职务评、聘分开。凡符合晋升专业技术职务条件的人员，经单位推荐，可参加晋升高一级专业技术职务的评审，不受专业技术岗位数额的限制。对专业技术职务实行竞争上岗，双向选择，聘约化管理。在医疗机构推行院、科两级负责制。科主任对所在科室的行政和业务工作负总责，并拥有行政业务决策权、指挥权、人员支配权、奖金分配权等。推行公开竞争选拔院长制。凡医疗卫生单位领导班子出现职位空缺或新增职位时，采用公开选拔、竞争上岗的办法补充人选。新建机构领导班子的正副职干部同样采取竞争上岗办法产生。对公开招考、竞争上岗的领导干部实行试用制，试用期1年。试用期满经考核胜任的按干部管理权限正式任命，不胜任的回原单位或另行安排。2001年始，医疗卫生机构实行后勤管理与服务职能分离，先在市中心医院、市妇幼保健院试点，之后全面推开，将后勤服务部门从医疗卫生机构中分离出来，推向社会。至2002年，全市县级以上的卫生单位都程度不同地进行后勤服务社会化改革。其中，市直医疗卫生机构的食堂、洗衣房、保洁等后勤部门逐步从单位分离出来。