一、国家重点保护植物
根据国家林业局、农业部《国家重点保护野生植物名录》，徂徕山维管束植物中，有国家I、II级重点保护植物5种，其中银杏、水杉为国家Ⅰ级重点保护植物，野大豆、黄檗、紫椴为国家II级重点保护植物。
二、濒危野生植物
根据《濒危野生动植物种国际贸易公约》，徂徕山列入《濒危野生动植物种国际贸易公约》的植物有兰科植物3属（无柱兰属、绶草属、羊耳蒜属）、3种（无柱兰、绶草、羊耳蒜），均为列入《濒危野生动植物种国际贸易公约》的Ⅱ级濒危野生植物。
三、中国珍稀濒危植物
徂徕山列入《中国珍稀濒危植物红皮书》的植物有刺楸、胡桃楸、蒙古栎、杜仲4种。
四、山东稀有濒危植物
徂徕山列入《山东稀有濒危保护植物》的植物有20种，其中渐危种11种，稀有种9种。