明宣德四年（1429）十一月 宣宗允准总兵官、平江伯陈瑄奏请：“徂徕诸山泉源所出旧有湖塘，今多淤塞，乞加修浚，庶有停蓄，得以（运河）通利往来”。
明天顺二年（1458）四月 英宗允准太监阮安（一作阮通）奏请：“山东徂徕等处泉源，旧差（工部）主事一员管理，以济徐、吕二洪，景泰间裁革，今宜复差。”
明天顺五年（1461） 总兵官武兴奏请：“山东徂徕等处泉源，接济济宁运河，原有郎中史鉴提督，近俱裁革。缘前系紧要去处，令……山东令管河参政孙子良、副使袁文华管理。”
明成化九年（1473）一月 总督漕运平江伯陈锐奏请：济宁南北闸河，则赖徂徕、沂、泗、泰山、曲阜等处诸泉源，近所司视为泛常，不为疏浚修筑，是致水利不通，粮运有阻，应委副使督理其事。
明弘治十六年（1503） 僧成宽“发心修盖”徂徕山南麓清云寺（又名旧寺，今岱岳区房村镇黑石埠村）。康熙五十五年（1716）孙家疃村信士郑印等重修，道光二十二年、光绪二十年、光绪三十年皆有信众重修。光绪间泰安知县李于锴并出判保护寺产。为徂徕古刹之一。
明万历四十三年（1615）夏 泰安大旱，汶水绝流，宫山火炽。徂徕山等处民众“愍不畏法，日甚一日”，“动皆千百成群”，“一日数惊”。
明万历年间 汶上道士于蚖虚辟室于徂徕山礤石峪隐仙观，栖神玄默，寿至八旬。后卒葬峪中贵人峰下，世称于仙墓。隐仙观自此渐兴，后相继建成玉帝阁、三清殿等，被称为“徂徕第一奥区”。
明崇祯六年（1633）三月 泰安州南境民变迭起。“徂徕山有贼首姓赵，不知名，居住磁窑（今宁阳县磁窑镇），纠合庄贼党约二三百，有时相聚于徂徕，有时出没于午山”。明思宗为此传旨严饬各官：“严缉逋渠，解散余党，务绝根株，毋得玩绁。”
明崇祯十六年（1643）二月 清军进入泰安州境，五日，山东总兵刘泽清之弟副将刘源清率部援青州，进至徂徕山附近，“撞遇虏贼大队”，众寡不敌，兵溃被杀，失亡士马千计。事后署泰安州事、布政司照磨程日升收得其尸，申报于朝。