金贞祐二年（1214） 金廷因受蒙古所迫，由中都（今北京）迁往河南开封，山东大乱，徂徕成为众多豪强拥兵据守之地：泰安崔家庄人严谨率众据天平寨，抗击蒙古军。后金将蒙古纲封其为怀远将军；泰安徂阳人朱玉据守本里，后归严实，充都总领，管辖军民勾当；泰安天保（今新泰市天宝镇）人时珍与其叔时遇、时正等，据守天保寨，先附宋，后率众归附严实，累官左副元帅；泰安人司仙统万馀户据守徂徕山，后通过五翼军都总领信亨祚之关系，归附严实。因兵乱不止，徂徕之佛道祠宇多遭焚掠。
蒙古太祖二十年（1225） 全真道士丁志年（号古阳子）游徂徕，居葛氏岩下炼神庵废址（为全真教派入居徂徕之始）。志年尝师益都名道真常子范志敦，得其传，及居徂徕，致力兴复，数年间“殿堂室馆庖厨咸有伦序”。蒙古太宗十二年（1240）工告成，泰定军节度使时珍命工刻石于葛氏岩壁，以纪始末。海迷失后二年（1250）十二月，经东平府路道录司具奏元廷，赐志年以金襕紫服，并授以和光大师之号。此后，徂徕山炼神庵道人重修上清观，东平官吏信世昌（信亨祚之子）为题额“重修上清之观”。
蒙古太宗五年（1233） 河内（今河南沁阳）名儒许衡为避兵乱，隐居徂徕山中，攻读三国名儒王弼《易注》，其居室匾曰“鲁斋”。后迁居泰安东馆镇（今地不明），教授弟子。居泰前后三载，学者称其为鲁斋先生。
蒙古定宗元年（1246） 襄溪（今湖北襄阳）道人鹿善森“岁在癸巳（1233）来寓钜平（泰安），后改蔀徂徕”，于乳山下作二圣堂，祀老子、孔子。泰定军节度使、开国侯时珍（今新泰市天宝镇人）父子襄助其工，俾终底成。四月，时珍幕客高翿为撰《贫乐岩二圣堂记碑》。贞祐之变中，徂徕光化寺殿宇堂庑尽为灰烬。时珍及其子时宥先后延请僧晖公、昧公师弟来驻光化，支倾起废，重建寺宇。同年四月，高翿为撰记碑。
蒙古宪宗五年（1255） 泰安道姑毛氏筑庵徂徕山，修持三十余年，至是年十一月十九日卒，临化留颂有“如今脱下皮囊日，拍塞虚空永自然”之语。前泰定军节度使征行千户时宥为刊石于其墓前，后世遂称其地为“毛老谷”。
蒙古宪宗九年（1259）三月 泰定军节度使时珍以徂徕二圣观道众不能安集，乃定议将其青石泺祖业地尽行施与。珍卒，其子宥遵遗命行之。道人刊石纪其盛德。
元中统元年（1260）七月 诗人杜仁杰游徂徕，题名勒白鹤湾东崖：“长清杜仁杰与严忠范游徂徕，观水于白鹤湾，松崖临壑，高深难量，□□鹤回翔□□”。又撰《贫乐岩铭》，东平行台严忠济之弟严忠范为书刻于二圣观中。
至元五年（1268） 泰山、徂徕等地大举开山造田，造成严重水土流失，“故所谓山坡杂木怪草盘根之固土者，今皆垦为熟地，由霖雨时降，山水涨逸，冲突沙土，卒灌汶河，年复若是”，导致洸河淤湮，影响运河水道。
元大德四年（1300）十月 竹溪庵主□道源及进徒刘进童重整庵宇，“虽未能复还旧基，而殿廊斋舍，抑次第而合时完矣”。后得奉符尹刘□之捐助，“未阅月，工已告厥成”。泰安州儒学教授时震立《竹溪庵记》记其始末（今碑在玉帝阁下）。
元皇庆二年（1313） 僧众在徂徕山竹溪庵故址建法云寺，后于明嘉靖三年（1524）迁建于许家庄，亦名许庄寺。