1988年3月，政协第七届济宁市委员会常务委员会第二次会议决定设置提案工作委员会、学习委员会、文史资料研究委员会、工作组委员会、祖国统一联络委员会、办公室。1988年6月，政协第七届济宁市委员会常务委员会第三次会议决定将提案工作委员会、学习委员会、文史资料研究委员会、工作组委员会、祖国统一联络委员会改为提案委员会、学习文卫委员会、文史资料委员会、经济科技委员会、祖国统一联谊委员会，并增设经济科技咨询服务部（副县级）。1991年2月，政协第七届济宁市委员会常务委员会第十三次会议决定增设研究室（正县级）。
1993年3月，政协第八届济宁市委员会常务委员会第一次会议决定设置提案委员会、学习文卫委员会、文史资料委员会、经济科技委员会、祖国统一联谊委员会、办公室、研究室。1997年7月，政协第八届济宁市委员会常务委员会第二十次会议决定将提案委员会、学习文卫委员会、文史资料委员会、经济科技委员会、祖国统一联谊委员会调整为提案委员会、经济委员会、科教文卫体委员会、学习和社会法制委员会、文史资料委员会、台港澳侨联谊委员会。
1998年4月，政协第九届济宁市委员会常务委员会第一次会议决定设置提案委员会、经济委员会、教科文卫体委员会、学习和社会法制委员会、文史资料委员会、港澳台侨委员会、办公室、研究室。2000年5月，政协第九届济宁市委员会常务委员会第十三次会议决定增设人口资源环境委员会。
2003年5月，政协第十届济宁市委员会常务委员会第一次会议决定设置提案委员会、经济委员会、人口资源环境委员会、教科文卫体委员会、社会法制和民族宗教委员会、港澳台侨委员会、文史资料委员会、办公室、研究室、委员活动工作室。2006年4月，政协第十届济宁市委员会常务委员会第十八次会议又对专门委员会进行重大调整，决定设置提案委员会、经济委员会、人口资源环境委员会、教科文卫体委员会、社会法制和民族宗教委员会、港澳台侨委员会、文史资料委员会。各专门委员会设相应的工作室（正县级）：提案委员会工作室、经济委员会工作室、人口资源环境委员会工作室、教科文卫体委员会工作室、社会法制和民族宗教委员会工作室、港澳台侨委员会工作室、文史资料委员会工作室与办公室、研究室、委员活动工作室作为政协机关内设机构。
2008年2月，政协第十一届济宁市委员会常务委员会第一次会议决定设置提案委员会、经济委员会、人口资源环境委员会、教科文卫体委员会、社会法制委员会、港澳台侨外事和民族宗教委员会、文史资料委员会。政协机关内设机构为办公室、研究室、委员活动工作室、提案委员会工作室、经济委员会工作室、人口资源环境委员会工作室、教科文卫体委员会工作室、社会法制委员会工作室、港澳台侨外事和民族宗教委员会工作室、文史资料委员会工作室。2009年8月，委员活动工作室、提案委员会工作室、经济委员会工作室、人口资源环境委员会工作室、教科文卫体委员会工作室、社会法制委员会工作室、港澳台侨外事和民族宗教委员会工作室、文史资料委员会工作室分别更名为委员工作室、提案工作室、经济工作室、人口资源环境工作室、教科文卫体工作室、社会法制工作室、港澳台侨外事和民族宗教工作室、文史资料工作室。至2010年底，市政协机构设置未变。