干部管理
对选派进疆的干部实行双重管理，以新疆地方党委管理为主。进疆时，只转组织和行政关系，不转户口和工资关系。进疆干部在疆工作期间，需提拔任职的，新疆维吾尔自治区组织人事部门按照干部管理权限，征得派出省市同意后，办理任职手续。
1999年6月至2010年12月，先后选派四批党政干部和专业技术人才到新疆工作，各批次根据援疆人员分布情况，分别建立完善管理体制。济宁市第一批援疆工作队将援疆干部按工作地域分成4个小组，分别由县级干部担任组长，对本组援疆干部的学习、思想、工作负全责。济宁市第二批援疆工作队19名干部，工作在喀什地区2个县和3个地直部门（单位），为便于管理，分成3个援疆分队（巴楚县、岳普湖县、地直），实行分队管理体制。济宁市第三批援疆工作队根据工作性质和工作区域划分为英吉沙县、喀什二中、喀什地区人民医院3个分队，选好负责人，明确职责，严格教育、严格要求、严格管理、严格监督。济宁市第四批援疆干部工作队，根据人员分布情况，划分为喀什、英吉沙县2个管理分队，将喀什分队划分为教师组、医生组2个管理小组，明确管理负责人，签订分级管理工作责任书，层层落实管理责任。
按照《山东援疆干部守则》要求，制定完善学习制度、思想汇报制度、谈心制度、请销假制度、好人好事制度、违纪情况登记通报制度、例会汇报制度、论文或调研报告写作制度等，规范进疆干部的学习、工作和生活，保证援疆各项工作顺利开展。
2010年6月14日，济宁市党政代表团赴新疆看望慰问援疆干部座谈会现场。
干部考核
进疆干部的年度考核，由新疆自治区按照干部管理权限，同当地干部年度考核一并进行，考核结果每年抄送派出干部的省、市组织人事部门；干部在疆工作期满后，由派出干部的省、市组织人事部门，会同新疆维吾尔自治区组织人事部门共同考核，考核结果作为使用干部的重要依据。
作风建设
济宁市援疆干部面对艰苦的工作生活环境，坚持把讲政治、讲学习放在首位，充分认识援疆工作的重要意义，增强政治责任感和使命感。掌握少数民族语言，熟悉当地风土人情，始终保持政治上的敏锐性，以实际行动促进民族团结、维护祖国统一，真正做到同各族人民同呼吸、共命运、心连心。加强干部廉洁自律，做到自重、自省、自警、自励，清正廉洁，克己奉公，勤政为民。牢固树立“五种意识（前线意识、安全意识、纪律意识、大局意识、团结意识）”，努力做到“四多四少（多调研、少表态，多请示、少做主，多讲大局、少搞特殊，多做贡献、少提要求）”、“五要五不要（要参与不要干预，要参谋不要决策，要指导不要指挥，要到位不要越位，要建功不要抢功）”，教育引导队员全面加强自身建设。