第一批
1999年5月7日，济宁市召开为新疆选派干部工作会议，安排部署济宁市第一批（山东省第三批）援疆干部选派工作，5月25日完成17名援疆干部选派。2000年8月又选派7人。24人分别来自济宁市11个县（市、区）和3个市直单位，有党政干部4人，专业技术干部20人。其中，教师13人，医生6人，高级农艺师1人。有女同志1人。年龄最大的48岁，最小的32岁。分布在喀什地区一市两县和3个地直单位工作。其中，喀什市2人，喀什地委组织部1人，地区第二中学9人，地区卫生学校附属医院2人，巴楚县7人，岳普湖县3人。
第二批
2002年6月2日，市委组织部、市人事局、市财政局、市卫生局、市教育局印发《关于做好为新疆选派干部工作有关问题的通知》，开始第二批（山东省第四批）援疆干部选派工作。按照要求，济宁市需选派19人到新疆喀什地区工作。经宣传发动、组织报名、资格审查，确定初步人选。从市组织、人事、卫生、教育4部门抽调人员组成4个考察组，采取个别谈话、查看个人档案、查阅有关资料、与干部本人面谈等形式，对选派人员的政治素质、工作能力、业务水平、自律意识、家庭和健康状况等进行严格资格审查。考察组先后到11个县（市、区）、6个市直部门、6所中学、6家医院，与19名援疆干部初步人选逐个见面，个别谈话200余人，查阅干部档案60余份，对每个考察对象形成考察材料。6月24日，选派工作结束，确定济宁市第二批援疆人员名单。19人分别来自济宁市11个县（市、区）、4个市直部门（单位）和1个省直单位，有党政干部5人，专业技术干部14人。其中，教师6人，医生8人；女同志1人；年龄最大的49岁，最小的27岁。19人分布在喀什地区两县和3个地直部门（单位）工作。其中，地区外经局（招商局）1人，地区第一人民医院3人，地区第二中学1人，巴楚县7人，岳普湖县7人。2002年7月27日，在济宁运河宾馆召开济宁市第二批援疆干部欢送会。2003年7月，市援疆干部1名同志家属患重病需照顾，经山东省委组织部、喀什地委组织部同意，市委组织部另选派1名同志接替工作。至此，济宁市第二批援疆干部累计至20人。
2008年7月26日，省第六批援疆干部欢送会举行。
第三批
2005年6月20日，市委组织部、市人事局、市财政局印发通知，对第三批（山东省第五批）援疆干部选派工作进行安排部署。根据山东省委组织部援疆计划，济宁市共选派25名同志到新疆喀什地区工作。其中，党政干部3人，1人任喀什地委组织部副部长兼援疆办主任，2人分别任英吉沙县县委副书记、副县长。专业技术干部22人，其中，教师10人（喀什地区第二中学9人、英吉沙县第二中学1人），医生12人（地区第一人民医院10人、英吉沙县人民医院2人）。按照济宁市第三批（山东省第五批）援疆医生轮换规定，2007年1月8日，济宁市12名医生完成一年半的援疆任务返回。有4名医生主动申请并经双方组织批准，作为新一批援疆干部留在喀什继续从事援疆工作。根据工作需要和喀什地区援疆医生专业调整要求，经个人申请、单位推荐、组织考察等程序，新选派医生8人。2007年3月5日，济宁市新一轮12名援疆医生进疆投入工作，至此，济宁市第三批援疆医生累计人数达到33人。
2010年4月17日，济宁市领导赴疆慰问援疆干部座谈会现场。
2010年1月16日，喀什地区第六批轮换援疆干部欢送会举行。
第四批
2008年5月16日，市委组织部、市人事局、市财政局联合印发通知，对第四批（山东省第六批）援疆干部选派工作进行安排部署。根据省委组织部援疆计划，济宁共选派21人到新疆喀什地区工作。其中，党政干部2人（英吉沙县委副书记1人、副县长1人），农机人员2人（英吉沙县农办技术人员），医生8人（喀什地区第一人民医院副院长1人、医生5人，英吉沙县人民医院医生2人），教师9人（喀什地区二中高中）。承担选派援疆干部任务的县（市、区）、市直部门和援疆干部派出单位，层层进行发动，做好选派工作。5月30日，济宁市援疆干部初步人选确定。经单位推荐、组织考察，6月20日援疆人员名单确定，并报省委组织部。根据省第六批援疆医生轮换规定，2010年2月，除担任喀什地区第一人民医院副院长人员继续援疆外，其他7名医生完成援疆任务按期返回。根据工作需要和新疆喀什地区援疆医生专业调整要求，经个人申请、单位推荐、组织考察等程序，济宁市研究确定中间轮换医生人选。2010年3月5日，济宁市召开全市援疆医生座谈会，返回的援疆医生与新选派援疆医生进行工作对接。