1991年7月，按照全国统一部署，在全市开展无线电台（站）设备清查整顿工作，凡在济宁市区域设置使用的无线电通讯设备（无线电台、无线电话机、对讲机、无绳电话机、无线寻呼机、广播电台、调频台、电视台、差转台、微波站、卫星地面站、无线报警器、无线遥控、遥测）等均属于清查整顿范围。规定短波固定无线电台呼号为BLO76～BLO99，陆地移动电台呼号为3NT81～3NT99。9月底清查整顿活动结束。
1992年9月，开始将个人业余无线电台纳入日常管理。1993年6月，经市政府批准决定对无线电管理费收取实行银行同城委托收款结算。1995年，先后印发《关于加强对无线电发射设备报废、封存管理的通知》《关于加强无绳电话机管理的通知》《贯彻国家无线电管理委员会、公安部关于坚决取缔私设电台并查处有关人员等问题的通知》《关于加强对无线报警、电视监控装置管理的通知》，防止大功率无绳电话机（俗称黑珍珠、二哥大）对电视节目的干扰。1996年4月，对兖矿集团等18家单位开展执法大检查。共检查各类无线电台站设备270部。其中，微波收发信机14部，短波电台10部，超短波固定电台47部，手持式对讲机194部；取缔违章设台22部，查处无证使用电台13部，纠正丢失电台执照单位2个，清理乱占乱用国家无线电频率5条。1997年4月，开展查处非法设置使用无线电台活动，共查处非法设置使用电台18部，对讲机17部，收缴大功率无绳电话机21部，拆除大功率无绳电话天馈线122副，对查获的设备统一销毁处理。1998年，无线电台站数量快速增长，各类无线电台站总数10.67万部，比1996年增加3倍。其中，公众移动通信用户9.48万户，无线寻呼用户26.55万户，广播电视台110个，微波站122副，卫星地球站15个，各种超短波电台1.07万个。
2000年8月，对辖区内9家无线寻呼台107个寻呼基站开展全面检查、测试和频率核查工作，对查出的发射功率超标、频率漂移、杂散发射指标不合格等问题进行限期整改，并全市通报，取缔高山设台。2002年5月，开展全市广播、电视无线电台站核查，共检查广播、电视无线电发射机50部。其中，电视发射机16部、差转台9部、广播发射机17部，广播转播发射机5部，微波3套，有电台执照的48台，无电台执照2台。2003年7月，开展保护民用航空无线电专用频率专项整顿活动，这是济宁历史上第一次将民用航空无线电专用频率纳入重点保护。8月，在各县（市、区）无线电管理办公室和全市各大设台单位设立无线电管理专管员。
2006年，开展无线电频率台站清理登记工作。共清理登记台站资料3796份，设台单位75个，各类无线电台（站）5387个。其中，各类广播电视台站45个、VHF/UHF超短波台站2160个、GSM基站843个、CDMA基站350个、PHS小灵通基站1911个、卫星地球站4个、微波站55个、集体业余电台（中转台）1个、业余无线电台18个。2007年8月，在全市开展无线电对讲机清理整顿工作，共检查单位217个，查处擅自设置使用无线电对讲机的单位79个；清理登记无线电对讲机1039部，对其中48部给予没收处罚，有31个单位补办对讲机设台手续，报废对讲机136部，收回频率22个。2008年，根据省无线电管理办公室有关文件要求，先后印发《关于集中查处非法生产和使用卫星电视无线电干扰器，进一步规范广播电视台站管理的通知》《关于加强对保密会议移动通信干扰器管理的通知》，建立健全多部门联动的监管组织体系。
2010年，全市共有各类无线电台（站）5135个，公众移动手机用户340余万户。移动GSM蜂窝基站1565个，TD-SCDMA蜂窝基站103个，CDMA蜂窝基站396个，WCDMA蜂窝基站136个，PHS（小灵通）基站1495个，各类微波（扩频）站31个，各类广播电视（差转）发射台40个，VHF/UHF电台1093个，业余电台347个。