2002年6月18日，市行政审批服务中心正式对外办公，分A、B、C三个厅，进驻39个部门、单位，4家中介组织，325项审批及行政收费、服务事项，开设61个服务窗口，窗口工作人员126人。
2003年，设立“政策超市”，开辟法律服务窗口，引进会计事务所、房地产评估所等部分中介机构，整合建设、规划、国土、环保、人防、文物等部门窗口，组建建设审批大厅，制定集中办理行政审批项目名录，将列入名录的项目全部进驻服务中心，做到行政审批项目应进足进，基本形成“一条龙”服务体系。出台联办件管理办法，制定具体项目的实施方案和并联审批服务手册，按照“一门受理、抄告相关、联合会审、同步审批、限时办结”的要求，探索企业注册、外商投资企业设立、工程建设等事项的并联审批机制。对重大审批事项，实行审批项目代办制度、预约办理制度和绿色通道制度。推行一审一核制，压减审批环节，即办件比例80%以上，75%的承诺件承诺时限缩短在5天以内，平均办结时限为2天左右，提前办结率在90%以上。形成流动红旗窗口和服务标兵季评制度，设立投诉箱和投诉电话，建立投诉查处档案。邀请人大、政协领导视察工作，聘请社会特约监督员，对服务中心工作进行监督。济宁市纪委、市委组织部、市监察局联合出台《关于严明纪律保证审批服务中心规范运行的通知》，市行政审批服务中心制定《窗口成员单位和工作人员考核办法》，严格责任追究，实行考核一票否决制。成立党总支，下设4个党支部，各窗口党员党组织关系转到服务中心党总支，由服务中心党总支统一管理。
2004年8月25日，市行政审批服务中心获得中国质量认证中心和世界认证机构联合组织“国际互认联盟”颁发的ISO9001：2000质量管理体系认证证书，成为全国首家同时获得国内、国际两个证书的审批服务中心。2003年、2004年山东省人民政府分别在全省政府工作提速经验交流会、省政府全体（扩大）会议上推广济宁市行政审批服务中心的做法。
2005年，结合济宁市政府出台的“联合审批”“集中年检”“项目授权”3项制度，市行政审批服务中心制定一系列配套措施。推行联合审批联系单和网上控制系统，全面铺开固定资产投资、企业注册和外资企业设立3条主线。市直11个部门、单位的32项年检事项，进入中心开展集中年检、联合年检，所有联合年检事项通过服务中心网站和《济宁日报》向社会公告，接受社会监督，承诺件的办理时间压缩在2天以内，提前办结率98%。
2007年，对30余项原有的规章制度进行修订完善，新建规章制度5项，市行政审批服务中心被山东省批准为首批行政服务标准化试点单位。开展特色服务，推行公开办理制、首问责任制、预约办理制，实行登门现场办理、证件寄送、陪同办理等便民措施，以“在阳光下体验公平，在服务中享受温馨”为服务理念，打造“和谐政务”服务品牌，2007年，“和谐政务”被评为“山东省服务名牌”；2008年，市质监局窗口获得“全国青年文明号”。开发考勤机数据分析软件，建成具有实时监控、预警纠错、绩效测评、信息服务、投诉处理等功能、涵盖全部市直部门的行政审批电子监察系统，全市保留的许可、非许可及公共服务项目全部纳入全市统一的审批信息数据库，实现对审批环节、审批违规、审批绩效、审批投诉等事项的实时监察。改建容纳50余人的多功能联审会议室，对门户网站进行升级改版，实现审批流程、申请表格和格式范本在线查阅与下载。形成“部门围着窗口转、窗口围着群众转、中心围着项目转”的良性循环格局。
2009年，全市承担行政审批的部门、单位有58个。其中，43个进驻市行政审批服务中心，进驻行政审批项目150项，行政服务项目105项；8个部门的审批项目纳入服务中心网络办理平台；4个部门的办事大厅与服务中心实现网络连接。对全市纳入集中办理的行政审批项目，按照电子监察系统建设需要，逐项进行细化分解，形成578项利于管理、方便申请人申报的行政审批小项，并按照受理、审查、审批、收费、办结等环节逐一规范，明确责任人、收费标准、申报材料、办结时限等，信息全部固化在网络管理系统中，提高审批过程透明度；完善联合审批制度，形成内资企业注册、外资企业设立、项目核准立项、工程规划许可、工程施工许可联合审批“五条线”制度。增设服务满意度评议器，群众对窗口人员进行“一事一件一评价”，并将评价结果纳入年终的考核体系。提出行政审批“三集中、三到位”（部门行政审批向一个科室集中，行政审批科室向服务中心集中，进驻服务中心的项目向网络系统集中；审批项目进驻服务中心到位，审批授权到位，窗口人员到位），防止“两头办理”“两头跑”和“体外循环”现象发生，实现“进一个门，办所有事”。
2009年11月，市行政审批服务中心顺利通过山东省标准化委员会组织的考核验收。2010年，按照市政府统一部署，在市行政审批服务中心设立房地产项目联审办公室，全市房地产项目的行政审批工作实行“一费制”收费。
2010年7月，市行政审批服务中心更名为济宁市行政服务中心；同年设立北湖新区行政服务中心，隶属市行政服务中心管理。北湖新区行政服务中心进驻行政审批部门、单位13个，公共服务单位6个，工作人员35人，进驻行政审批项目103项、公共服务项目6项，实行审批一窗受理、网上办理、一站式服务、“封闭运行”的工作机制。