1991年，市政府根据国务院《行政复议条例》，出台《济宁市人民政府实施〈行政复议条例〉的规定》和《济宁市行政复议工作的若干规定》，对行政复议的管辖、申请与受理、审理与决定等作出具体规定，全市共受理行政复议案件70件，其中维持原具体行政行为的26件，撤销16件，变更18件，终止复议审查10件。1995年，组织行政复议应诉工作人员培训考试，报请省法制局为全市行政复议应诉工作人员颁发山东省行政复议应诉人员业务资格证书。
1999年，《中华人民共和国行政复议法》颁布施行，市政府印发《济宁市人民政府关于认真做好〈中华人民共和国行政复议法〉实施工作的通知》，在各级各部门行政复议机构开展行政复议规范化建设活动。全市政府法制机构共办理行政复议案件286件，办理行政应诉案件523件。
2004年，《山东省行政复议条例》施行后，市、县两级行政复议机构组织集中宣传活动，召开行政复议应诉案例分析研讨会，依法办理行政复议应诉案件。市政府法制办公室被省人事厅、省政府法制办评为“全省行政复议应诉工作先进单位”。
2005年，市政府法制办公室在全省率先采用“调解”方式办理复议案件，省政府法制办在济宁市召开现场会推广经验，《法制日报》以典型案例的方式进行宣传报道。全年培训行政复议应诉人员836人。全市政府法制机构共办理行政复议案件398件，其中市政府受理行政复议案件58件；办理行政应诉案件410件；办理涉及政府的经济案件38件，市政府法制办公室出庭应诉23件，挽回直接经济损失5200万元。2006年9月，市政府办公室印发《关于进一步加强行政复议行政应诉工作的通知》，要求各级各部门建立健全行政复议机构，把行政复议、行政应诉工作列入行政执法责任制重要内容。
2007年，国务院《行政复议法实施条例》施行，全市各级行政复议机关及其行政复议机构履行法定职责，依法办理行政复议案件，建立行政复议工作责任制，将行政复议工作纳入本级政府目标责任制。全年共受理行政复议案件398件。其中，市政府受理85件，经审理撤销7件，维持31件，申请人撤回复议申请28件，责令行政机关履行法定职责的7件，未审结12件。市政府法制办公室办理行政应诉案件28件，办理涉及政府的民事诉讼案件，挽回直接经济损失3500万元。
2008年，制定《行政复议工作规程》《行政应诉文书立卷归档管理规定》等34项行政复议应诉制度，健全完善了行政复议简易程序、实地调查、公开听证、专家咨询和行政应诉的工作机制。全市共受理行政复议案件372件，其中市政府受理93件；各级政府法制机构办理行政应诉和涉及政府的民事诉讼案件69件。市政府被评为“全省行政复议应诉工作先进单位”。
2010年，省政府批复同意济宁市政府开展集中行政复议权工作，作为山东省第一批行政复议委员会试点单位，市政府开始在集中行政复议权和确立行政复议委员会制度机制方面的创新实践。全市共受理行政复议案件1397件，其中市政府受理行政复议案件93件，行政复议决定撤销、变更和认定违法的12件；全市政府法制机构共办理行政应诉案件115件。