2006年5月，济宁市人民政府设立应急管理办公室，为市政府办公室内设机构。主要职责为应急管理工作，及时向市政府领导报告重要情况；协助市政府领导组织处理需由市政府直接处理的突发事件。
应急管理体制
至2010年，全市12个县（市、区）和高新区、北湖度假区均成立了应急工作领导小组和专职办事机构，市公安局、市民政局、市卫生局、市安监局分别作为突发社会安全事件、自然灾害、突发公共卫生事件和事故灾难类突发公共事件的牵头部门，明确了专门的应急管理办事机构、职能科室、专职工作人员等，市教育局等20余个政府部门也都明确办事机构和专兼职工作人员。全市155个乡镇（街道）均成立应急领导机构和管理机构，各个村居也明确应急联络员。绝大部分企事业单位、高等学校也成立应急机构，明确人员，以分类管理、分级负责、条块结合、属地管理为主的应急管理体制日趋完善。
工作制度与硬件建设
至2010年，市政府应急办建立健全《处置突发事件工作流程》《值班信息报告制度及程序》《值班人员首问负责制》《交接班制度》《电话记录制度》等12项规章制度，精心编排《市应急管理工作动态》、《日常政务值班信息快报》和《突发应急信息快报》。建立完善新闻发言人制度，及时通报突发公共事件和回复人民群众所关心的社会热点问题。市政府办公室印发了《济宁市突发事件信息接报及处置规程》，从突发事件的接报、情况的处置、现场的协调、事后的总结等方面进行详细的规定。并特别规定中央、省驻济单位在政务要情、突发事件的报送上要在第一时间上报市政府应急办。
至2010年，市政府应急办加大办公硬件设施投入，配备了2辆越野车、7台多媒体电脑、2部卫星电话、1部保密电话以及传真机、复印机、彩色打印机、高精度扫描仪、照相机等先进的自动化办公设备；各县（市、区）和有关部门、单位也十分重视设备的配备，保证了应急工作需要。
管理队伍与物资储备
2009年6月2日，依托济宁消防支队组建济宁市应急救援支队，成立市政府应急管理专家组和应急自愿者队伍，在微山岛组建济宁市水上救援基地。形成了以公安、消防、军队为突击力量，以公安消防、抗洪抢险、抗震救灾、矿山救护、水上搜救、医疗急救、卫生防疫、动物疫情防治、市政抢险、有害生物防治、民政救助等专业队伍为基本力量，以企事业单位专兼职队伍以及志愿者队伍为辅助力量的应急救援队伍体系。
至2010年，12个县（市、区）相继组建了应急综合救援大队。聘请公安、安监、卫生等有关方面专家，成立了30人的市政府应急管理专家组。组建了由市应急办管理的120人的抢险救援、医疗救治、心理调适和应急机动4支应急志愿者服务队。成立了由专业技术人员组建的抢险抢修、医疗救护、消防、治安、防化、通信、运输、引偏诱爆、伪装设障、特种搜救、信息防护、平战转换、心理防护等13种专业应急救援队伍。因地制宜，在微山岛建立了济宁市水上应急救援队，在曲阜、邹城、泗水组建了民兵森林防火队，在曲阜、邹城、兖州组建了高速公路救援队，在梁山、汶上、微山、鱼台等县组建了民兵防汛分队，在任城区组建了抗震救援专业分队，在市中区建立了化学品泄漏救援分队，在曲阜机场驻地嘉祥县组建了反劫机防恐分队，在兖矿集团组建了矿山救护队。各专业应急救援队均可参与全市范围内相关突发事件的应急救援。
2006—2010年，全市依托市民政、水利、建设、卫生、粮食、供水集团、瑞中医药有限公司等部门常年贮备了一定数量的救灾物资，应急保供企业、应急医疗药品、应急粮食、应急资金储备制度初步建立，全市已普查登记应急物资储备库126个。
应急预案
2006—2010年，全市修订完善了《济宁市人民政府突发公共事件总体应急预案》及《济宁市自然灾害应急预案》《济宁市事故灾难应急预案》《济宁市突发公共卫生事件应急预案》《济宁市突发社会安全事件应急预案》4个专项预案。12个县（市、区）及高新区、北湖度假区均制定了本地区总体应急预案，市政府有关部门修订完善部门应急预案。全市形成了以全市总体预案为总纲，以市直各部门预案、各县（市、区）总体预案为主干，以各类专项预案为分支，以各企事业单位、乡镇社区预案为枝叶的上下关联、互相衔接、较为完善的应急预案体系。全市编制、修订、完善各级各类应急预案9800余件，基本覆盖全市社会经济生活的各个领域。有效整合资源，建成济宁市应急指挥中心，地震局、城市执法局、公路局、航运局、安监局、煤炭局、电力公司等子系统平台现均已建成。出台了《济宁市市级应急管理示范点建设标准》，确定了申请省级基层应急管理示范点5个：济宁监狱金桥分监狱、梁山县拳铺镇、山东裕隆矿业集团有限公司单家村煤矿、任城区石桥中心小学、邹城市钢山街道后八村。2009年，全市开展较大规模的综合性演练30余次。2010年，全市开展较大规模的综合性演练10余次，各县（市、区）开展不同规模的应急预案演练100余次。
应急管理培训和宣传
2009年，编制手足口病、甲型“H1N1”流感防治常识和公共安全教育读本20万册，免费发放到群众手中。深入开展应急管理进机关、进企业、进学校、进镇村、进社区的“五进”活动。2010年，全市共完成党政领导干部、应急管理人员和一般工作人员培训1.98万余人次。市应急办牵头，红十字会对全市的高危行业的应急救护进行了培训，同时组织各县（市、区）和市直有关部门单位编制应急预案简本，深入机关、厂矿、学校、镇村、社区开展应急知识“五进”活动。11月1日，《突发事件应对法》实施3周年，市政府应急办采用上街宣传、发放宣传材料、大屏幕播放和设备演示等形式开展宣传活动。