1991年1月，市政府办公室设综合科、秘书科、信息科、查办科、文教科、人事科、保卫科、老干部科、房管基建科、行政科、财务科、车队；隶属市政府办公室管理的单位：市级机关接待处、市政府调查研究室（内设综合科、经济科、社会科）、山东省无线电管理办公室济宁管理处（济宁市无线电管理办公室）、市直机关幼儿园、市地方史志编纂委员会办公室。
1992年3月，将市政府办公室信息科成建制移交市政府调查研究室，8月撤销文教科，11月撤销督办科，设立督查室。1993年9月，市政府研究室合并到市政府办公室，市政府办公室设综合科、秘书科、督查科、调研科、值班接待科、信息科、人事监察科、财务科、保卫科、行政科。1994年6月，设立外资企业投诉中心，副县级事业单位，隶属市政府办公室管理。1995年2月，设立市政府办公区管理科，市政府驻北京联络处由市经济技术协作委员会划归市政府办公室管理；1996年5月，济宁市地方史志编纂委员会办公室降格为副县级事业单位，隶属市政府办公室管理，并更名为市地方史志办公室；12月市级机关接待处由市委代管。1997年4月，撤销市政府办公区管理科，职能并入行政科，秘书科更名为文秘科（秘书一科、秘书二科），撤销值班接待科，职能并入综合科，建立政府机关服务中心，为副县级事业单位，隶属市政府办公室管理；12月，山东省无线电管理办公室济宁管理处更名为市无线电管理办公室。1998年7月，组建市政府调查研究室，为副处级行政单位，由市政府办公室管理，撤销调研科，市政府驻北京联络处升格为正县级差额拨款事业单位；8月撤销外资企业投诉中心，11月市政府研究室设立综合科、经济科、社会科。2001年6月，调查研究室升格为正县级单位。12月，市政府办公室设综合科（市政府值班室）、文秘科、秘书一科、秘书二科、秘书二科、信息科、人事科、保卫科、行政科、市政府督查室，10个职能科室和市打击走私综合治理领导小组办公室、离退休干部科，市政府调查研究室为市政府办公室内设机构，暂定为正处级规格，设综合调研科、经济调研科、社会调研科3个职能科。2002年6月，设立市行政审批服务中心管理办公室，正县级全额事业单位。2003年7月，市政府办公室文秘科加挂电子政务管理科牌子。2004年3月，市政府采购中心由财政局管理改为委托市政府办公室管理，副县级全额事业单位；5月济宁市无线电管理委员会办公室内设综合科；2006年5月，设立市政府应急管理办公室，为市政府办公室副处级内设机构；11月，市打击走私综合治理领导小组办公室升格为办公室副处级内设机构，增设市长公开电话办公室。2008年8月，市政府驻北京联络处改为财政拨款事业单位；9月设立市政府金融工作办公室，行政支持类正县级事业单位。2009年3月，济宁市政府机关后勤服务中心由政府办公室管理整建制划转济宁市市级机关事务管理局、市政府采购中心整建制划转市招标投标监督管理委员会办公室管理。
2010年4月，市政府办公室设综合科、文秘科、综合调研科、经济调研科、社会调研科、秘书一科、秘书二科、秘书三科、信息科、督查室、市长公开电话办公室、电子政务科、人事科、保卫科、行政科、市政府应急管理办公室、市打击走私综合治理办公室、离退休人员服务科18个职能科室，市政府研究室的具体工作由综合调研科、经济调研科、社会调研科承担。隶属市政府办公室管理的单位有市政府驻北京联络处、市行政审批服务中心管理办公室、市政府金融工作办公室、市地方史志办公室、市无线电管理办公室、市直机关幼儿园，市政府调查研究室更名为市政府研究室，具体工作由综合调研科、经济调研科、社会调研科承担；7月，市行政审批服务中心管理办公室更名为济宁市行政服务中心。