1990年后，伴随着工业化、城市化进程的加快，济宁城市供水事业进入快速发展期。
供水工程建设
1992年建成南水厂，供水能力为5万立方米/日，建设配水厂1座，铺设配套管网15.6千米，打深水井18眼，总投资1322万元。对东水厂、西水厂的供水设备进行更新改造，补打深水井8眼，日增加供水能力2.5万立方米。1997年建设日供水10万立方米的济宁高新水厂（吴泰闸水厂），打深水井45眼，铺设输配水管道12.8千米，架设输配电线路9.7公里，新增装机容量1885千瓦，新增日供水能力10万立方米，新增用户3.5万户。高新水厂实现了变频调速和智能马达控制器互补节能装置在给水系统中的应用，节能率达到15%以上，年节电量80万千瓦时，成为山东省供水行业内具有现代化水平的制水厂，被评为省“十佳水厂”。“十五”期间，先后建设贾村水源地、王回庄水源地、西部供水加压站和长江水厂，新增日供水能力13万立方米，完成张山后备水源地的勘察、钻探工作，打基岩井7眼。建设327国道、吴泰闸路、洸河东路、柳行路、火炬路、五台山路、东二路、同济路等供水管线工程，实施城区西部管网改造，安装DN100毫米以上供水管线120公里，新增用户3.6万户。完成苏庄输水、凯赛给水、里能二期、里能三期、曲阜圣城热电厂、济宁学院以及城区西部供热管线等社会工程建设。至2010年，济宁城区正在运行的深水井81眼、供水管网580公里，形成30万立方米的日供水能力，建成1座日处理污水20万立方米的污水处理厂和57公里的城市排污管网。水质综合合格率99.6%（国标97.2%），水质达标率100%，城市污水处理率达到95%。
供水工程施工现场 （2007年5月摄）
供水水质管理
“八五”期间，建成水质检测中心，并在全省17市率先通过省技术监督局和省建委的质量认证。加强水源地防护和日常监督管理，对水源地进行不间断巡查，避免了有毒有害物质污染城市供水水源。加强对各类生产设备的检查、维修，对发现的安全隐患及时整改，确保了恒压供水，避免了大面积停水事故的发生。2005年6月1日，建设部颁布实施《城市供水水质标准》，济宁市按照国家规定的检测项目、检测频率和行业标准，加强水源水、出厂水、管网水以及管网末梢水的水质检测，确保水质达标。坚持24小时值班制度，根据应急预案，认真落实值班、报告、处理制度，形成一整套高效的预警和应急处置机制，一旦城市供水出现险情，做到反应迅速，处理及时，确保安全稳定供水。至2010年，城市供水水质持续符合国家规定标准，在优质服务和内部管理方面位居全省17市前列，满足了工业生产和居民生活需要。
供水企业改革改制
济宁集中供水始于1967年济宁市自来水厂成立，济宁市自来水厂于改革开放初期改称为济宁市自来水公司。1993年，为增强企业抗风险能力，为主业提高建设资金，分流部分富余人员，公司非水产业起步，成立济宁供水集团装饰材料公司、济宁圣公山天然矿泉水有限公司、济宁市给水工程设计研究所（2001年更名为济宁正源给排水勘察设计有限责任公司）、济宁供水商贸有限责任公司、济宁圣公电子公司等经济实体，公司实力得到迅速提升。1993年6月，实施集约化管理和规模化经营，以济宁市自来水公司为主体组建成立济宁供水集团总公司，是山东省供水行业最早实施集团化的水务企业。
鲁抗中和环保公司高浓废水处理设施 （2009年12月摄）
1999年10月，济宁供水集团总公司成立金水科技发展有限公司（后更名为济宁金水科技有限公司），从事智能水表、热量表、自来水收费软件、调度系统的研究、生产及销售、污水处理设备的生产及销售等业务。2001年10月，成立济宁正通给排水工程有限公司（后更名为济宁正通建设工程有限公司），从事市政公用工程施工、房屋建筑工程施工、城市道路工程施工等业务。2001年，济宁供水集团总公司在全省率先实施供排水一体化改革。2002年3月，市政府将济宁市污水处理厂、济宁市排水管理处并入济宁供水集团总公司，实行供水、排水、城区河道管理、污水治理一体化运营管理。后以原供水集团为母公司，以济宁正通给排水工程有限公司、济宁正源给排水勘察设计有限公司、济宁清蓝污水净化有限公司、济宁畅通排水有限公司、济宁金水科技有限公司等专业化分工、多元化经营的公司为子公司，初步建立起产权关系明晰、主营业务突出、经营管理规范的母子公司集团体制。通过实施城区的供排水一体化运营，公司资产规模迅速扩大，核心竞争力明显增强，这一模式被国内同行称为“济宁模式”。
2005年12月，济宁供水集团总公司经市政府授权由市国资委进行监管。同年，山东省政府下发《关于加强城市污水处理工作的通知》，鼓励对城市水务行业资源整合，组建具有一定规模的跨区域性城市供排水企业集团。集团公司随即提出构建区域性水务集团的工作目标。2006年4月，集团公司成立济宁水司水质监测中心（后更名为济宁国信环境监测有限公司），是全省第一家水质检测机构计量认证单位，水务相关产业链得到进一步拉伸。2009年，国际金融危机爆发，经济形势持续恶化，集团公司克服重重困难，成功实现与中山公用事业集团的合资合作，引入资金3亿多元。
2010年4月，集团公司以经营战略转型为主线，成立山东公用投资管理有限公司（后变更为山东公用集团有限公司），经营范围为公用事业投资、建设和管理，房地产开发、建造、销售，房地产租赁，投资咨询与策划等业务。同年，以整体收购的方式参与邹城污水处理厂项目合作，对邹城污水处理厂进行改制，成立山东公用邹城水务有限公司。为迎接国家淮河流域水污染防治检查工作，公司对下属济宁市污水处理厂和邹城市污水处理厂进行一级A升级改造暨中水回用工程建设。同年11月，山东公用投资管理有限公司收购济宁四和供热有限公司73.68%股权，公司经营领域拓展到集中供热行业，市政公用产业服务水平得到进一步优化。2010年年底，济宁供水集团总公司拥有15个子公司，全年供水总量4338万立方米，总资产17.37亿元，实现收入3.99亿元，利税4376.36万元，利润3247.62万元。
1991—2010年，济宁供水集团总公司先后获得全国建设系统精神文明建设先进单位、全国模范职工之家、山东省文明单位、山东省管理示范企业、山东省“富民兴鲁”先进单位等荣誉称号，所属正通建设工程有限公司获全国先进集体称号，被授予全国“五一劳动奖状”。
市委副书记、市长张振川（前左一）到市污水处理厂调研 （2007年4月14日摄）
城市排水及污水处理
2002年，济宁市将污水处理厂、排水管理处分别改制为济宁清蓝污水净化有限公司、济宁畅通排水有限公司，专门负责城市污水处理、污水设施建设维护、城市排污等工作。
济宁市污水处理厂为1992年3月经国家计委批准立项的省、市重点工程项目，该项目总投资4.04亿元，厂区占地330亩，设计日处理污水20万立方米，包括4座污水提升泵站，57公里污水管网，服务面积47平方公里，是利用德国政府贷款的环保工程。该工程采用AB法二级生化处理工艺，1999年7月开工建设，2002年7月完成水区工程建设，2005年1月完成泥区工程建设。2005年12月，在完成中、西部截污管网建设的基础上，建成11公里的城区东部截污管网，每天汇集该区域10平方公里内的6万立方米污水。2010年，济宁污水处理厂日处理污水近19万立方米，城市污水处理率达到95%以上，处理后的水质达到国家二级排放标准。
