第十二届人民政府
1995年4月5日，市政府印发《关于切实抓好减轻农民负担工作的通知》，强化农民负担监督管理机制。
第十三届人民政府
1998年4月22日，市政府印发《关于加强农村集体资产管理工作的通知》，健全完善农村集体资产管理体系，开展农村集体资产清查核资和资产评估工作，加强对农村集体经济的审计工作，健全农村集体资产管理各项制度。1999年4月21日，市政府印发《济宁市实施村民会议和村民代表会议制度办法》，对村民会议、村民代表会议的组成、议事程序、村务公开形式等作出规定。2000年3月29日，市政府印发《关于加强土地一级市场管理严禁土地非法交易的通告》，要求加强土地资产管理，政府控制垄断土地一级市场，严禁非法占用农民集体土地进行房地产开发等。2000年7月31日，市政府印发《济宁市土地管理若干意见》，要求加强土地权属登记管理；严格执行土地利用总体规划，加强土地用途管制；依法加强耕地保护，努力实现耕地总量动态平衡；严格控制占用农用地；加强土地交易管理，防止土地资产流失；依法开展监督检查，严厉查处土地违法行为。2002年10月22日，市政府印发《关于加快实施农业标准化建设的意见》，明确农业标准化建设的目标任务，推行市场准入制度，加大对农业标准化建设的扶持力度。
第十四届人民政府
2004年5月26日，市政府印发《关于加快培育发展农村经济协会的意见》，强化服务管理，加大扶持力度，为农村经济协会创造良好的发展环境。2005年5月27日，市政府印发《关于对农村部分计划生育家庭实行奖励扶助制度的通知》，自2005年起，对农村部分计划生育家庭实行奖励扶助制度，逐步建立完善农村社会养老保障机制，解除群众实行计划生育的后顾之忧。2005年10月13日，市政府印发《关于大力发展循环经济建设节约型社会的实施意见》，推行循环经济模式，提高资源利用效率。2006年12月19日，市政府印发《关于加快农业机械化发展的意见》，调整优化农业机械化发展结构和布局，加快农机服务产业化发展步伐。2007年8月10日，市政府印发《关于进一步加快济宁市农业高新技术示范园发展的意见》，从规划范围与管理、科技管理、经济管理、国土资源管理、区域管理五方面赋予农高园更大的自主权。
第十五届人民政府
2009年12月8日，市政府出台《关于促进农村土地承包经营权流转工作的意见》，在坚持家庭承包经营制度不变的前提下，按照依法、自愿、有偿的原则，因地制宜、分类指导，有序流转、规模经营。2010年12月31日，市政府办公室印发《关于加强基本农田保护工作的意见》，进一步明确基本农田保护的任务，完善基本农田保护措施，加大对违法占用基本农田的处理力度，落实基本农田保护责任。