中共中央总书记胡锦涛作出关于中华文化标志城规划建设的重要批示后，山东省和济宁市积极行动。
成立领导机构
成立山东省中华文化标志城筹备建设领导小组和办公室，省长韩寓群任组长，常务副省长、宣传部部长、分管建设与文化的副省长任副组长，省政府办公厅、省委宣传部，省发改委、财政、国土、建设和济宁市等10个部门单位为成员单位，领导小组下设办公室，办公室设在省政府办公厅。济宁市也成立中华文化标志城筹备建设领导小组，由市委书记、市长任主任（组长），市委副书记、常务副市长、常委宣传部部长、分管副市长任副主任，市委办公室、市政府办公室等20多个部门为成员单位，并下设办公室。
专家论证和研讨
一些国内外的知名专家和学者积极献言献策，对中华文化标志城建设提出建议和设想。济宁市积极主动对接一些专家学者、知名大学和研究设计单位，倾听他们的声音、吸收他们的智慧，并把他们请到济宁实地考察体验。其中，全国人大常委会副委员长许嘉璐分别于2004年3月、2005年6月听取山东省和济宁市的专题汇报。2005年6月29日，济宁市在北京召开中华文化标志城创意征集高层专家研讨会，邀请全国人大常委会副委员长许嘉璐等近百名文化、规划、建设、环保等领域的专家学者围绕在济宁市建设中华文化标志城的创意方案进行研讨。2005年8月6日，全国人大常委会副委员长许嘉璐一行第一次到济宁视察中华文化标志城筹建工作，听取汇报并实地到九龙山区考察。2005年11月6—7日，全国人大常委会副委员长许嘉璐率领国家发改委、建设部、文化部领导到济宁市视察中华文化标志城选址地。2005年12月17日，济宁市邀请全国人大常委会副委员长许嘉璐在北京主持召开《中华文化标志城创意方案征集书》论证会，邀请50多位专家参与论证。
委托专业设计单位进行规划设计
2006—2007年，先后委托中国国际工程咨询公司编制《中华文化标志城建设项目论证报告》，委托复旦大学编制《中华文化标志城战略规划》，委托中国人民大学编制《中华文化标志城创意规划方案》，委托山东省城乡规划设计院编制《中华文化标志城概念规划》，委托北京华建景观设计公司编制《中华文化标志城概念规划设计方案》《九龙山区地质环境调查及恢复治理初步规划》等。2008年1月，组织山东省内23名有关行业专家在济宁召开研讨会，在充分研讨的基础上形成关于中华文化标志城规划建设方案的综合建议。
国家部委给予积极支持
2007年4月，国家发改委会同建设部、文化部、国家文物局组成中华文化标志城联合调研组，到济宁市调研中华文化标志城建设工作。2007年7月，国家发改委印发《关于中华文化标志城项目有关意见的通知》，明确由山东省负责中华文化标志城规划建设工作。中华文化标志城的实施应分两步进行。第一步，在国家历史文化名城保护规划、世界文化遗产保护规划和全国重点文物保护规划的基础上，开展历史文化遗产保护，做好古建筑、古遗址的文物本体维修、环境整治和基础设施建设。同时，进一步做好九龙山山体保护和生态环境恢复工作，抓紧开展主建区创意规划征集和论证工作，并在此基础上开展建设项目的可行性研究，国家发改委将会同建设部、文化部等部门积极协助做好规划论证工作。第二步，在完成主建区创意规划征集和充分做好可行性研究的基础上，落实好建设资金，待相关条件具备后，适时启动项目建设。
在北京召开创意征集新闻发布会
2008年3月1日，在北京举行的中华文化标志城新闻发布会，面向全球，开展中华文化标志城创意方案征集活动。至2009年3月，收到279个机构和自然应征人的315份应征方案，经过专家组初审和复审，评出一等奖1名，二等奖2名，三等奖6名，入围奖41名。以此为基础，山东省中华文化标志城办公室开始委托有关机构编制中华文化标志城规划大纲，并进行多次论证，为进一步深化设计打下基础。
中华文化标志城的专家支撑
山东省成立中华文化标志城专家咨询委员会，许嘉璐为主任委员，国内学术、文化、旅游、建设、宗教界的知名专家学者共30多人为委员。制定《中华文化标志城专家咨询委员会章程》，中华文化标志城建设的重要事项都提交专家咨询委员会讨论确定，原则上每两年举行一次会议。2008年4月，在北京举行专家咨询委员会第一次会议。2009年6月，在济宁召开专家咨询委员会第二次会议。