1995年，中共中央总书记、国家主席江泽民在对台关系八项主张中首次提出“中华各族儿女共同创造的五千年灿烂文化，始终是维系全体中国人的精神纽带”，这成为提出“中华文化标志城”的思想基础。1998—1999年，中共中央政治局委员、国务院副总理钱其琛为贯彻江泽民“文化纽带思想”，倡导实施“华夏文化纽带工程”。1998年，中国社会科学院批准实施“华夏文化纽带工程”。全国八个民主党派和国家有关部委等为“华夏文化纽带工程”的指导单位，并成立“华夏文化纽带工程”组委会和秘书处，全国人大常委会副委员长王光英、程思远、吴阶平、何鲁丽、丁石孙、成思危、许嘉璐、蒋正华和全国政协副主席阿沛·阿旺晋美、罗豪才、李贵鲜、张克辉、周铁农为组委会主任委员。1999年5月31日，钱其琛在《人民日报》撰写《增强中华民族的文化凝聚力——为“华夏文化纽带工程”而作》的文章，标志着“华夏文化纽带工程”正式启动。
2000年3月15日，华夏文化纽带工程组委会发布公告，提出拟建造一座文化标志工程项目，开始征集总体设计和策划方案。济宁市委、市政府高度重视此次机遇，市领导带队赴京向华夏文化纽带工程组委会提交争取在山东省济宁市建设“中华文化标志城”的申请报告，并得到省委、省政府的高度重视和支持。2001年，济宁市成立“中华文化标志城”筹建工作领导小组，并派出专人住北京开展工作。山东省济宁市申请建设“中华文化标志城”，受到社会各界的广泛关注，中央党校学术委员会副主任邢贲思、北京大学国学大师张岱年等一批专家学者纷纷发表文章表示支持，并建议组织专家对该项目进行研究。
2001年7月初，由中组部知识分子工作办公室推荐组成的包括7位院士在内的考察论证专家团一行40多人，在济宁进行为期7天的考察，形成《关于在山东省济宁市建设中华文化标志城的考察报告》，认为山东省济宁市具备建设该工程的基本条件。此后，在党和国家领导人的亲切关怀下，在国家有关部委、各民主党派的大力支持下，在各行各业专家学者、海内外华人华侨和新闻媒体的积极支持和呼吁下，在华夏文化纽带工程组委会的积极组织协调下，通过山东省和济宁市的不懈努力，在山东省济宁市筹建中华文化标志城的舆论基础基本形成。
2004年3月22日，中共中央总书记胡锦涛在由12位代表呈送的《关于在山东省济宁市建设中华文化标志城，以增强中华民族文化凝聚力的建议报告》上作出重要批示，指出：弘扬中华民族优秀传统文化是一件具有深远历史意义的大事。有关工程建设，要着眼长远，统筹规划，量力而行，精心实施。要求有关部门协助山东做好科学论证工作。3月23日，中共中央政治局常委、国务院总理温家宝批示国家发展改革委、建设部、文化部协助山东搞好科学论证。副总理曾培炎、国务委员陈至立也相继作出批示。
2004年6月18日，省政府办公厅收到国务院办公厅转发的胡锦涛等党和国家领导人关于“中华文化标志城”的重要批示后，省委副书记、省长韩寓群，省委常委、常务副省长林廷生也先后作出批示。随后，山东省、济宁市就项目的可行性研究、规划设计的一系列工作陆续展开。