1991—2010年，市委党校贯彻“四个服务（为推进党的理论创新服务，为党委、政府决策服务，为提高党校教学质量服务，为社会主义经济建设、政治建设、文化建设、社会建设、生态文明建设和党的建设服务）”的方针，努力发挥科研工作的基础性作用。1995年4月24日，经山东省新闻出版局批准，《济宁党校学刊》更名为《济宁论坛》，由市委党校（主管）、济宁行政学院、济宁市社会主义学院主办。
制度建设
1991年1月制定《市委党校科研成果奖励实施细则》，1992年10月制定《市委党校关于科研改革的初步方案》，1995年5月制定《市委党校教研人员科研与调查研究考核实施办法》，1997年6月制定《市委党校科研成果评奖实施细则》，1999年3月制定《市委党校科研工作先进处室评选标准及办法》，2000年3月制定《市委党校关于对教研人员实行最低科研工作量制度的意见》，2000年4月制定《市委党校学术委员会暂行条例》，2010年3月制定《市委党校关于成立教学科研工作指导委员会的决定》。
理论研讨活动
1992年5月，召开全市党校系统党性教育和干部成长规律理论研讨会；1993年12月，召开全市党校系统纪念毛泽东诞辰100周年理论研讨会；1994年8月，举办纪念邓小平诞辰90周年暨建设有中国特色社会主义理论研讨会；1995年8月，举办全市党校系统纪念抗日战争胜利50周年理论研讨会；1997年11月，与市委宣传部、市社联、济宁日报社共同举办学习贯彻中共十五大精神及香港回归“双喜双庆”理论研讨会；1999年10月，与市委宣传部、市社联、市党史委共同举办新中国成立50周年理论研讨会；2001年7月，与市委宣传部、市社联、市党史委共同举办纪念建党80周年理论研讨会；2009年10月，与市社联联合举办“贯彻落实科学发展观”“庆祝建国60周年”理论研讨会。
1991—2010年，市委党校教职人员共完成科研成果2062项。其中，国家级论文120篇，省级论文823篇，出版专著49部，主编、参编教材、工具书171部，获市级奖励398项，省级及以上奖励126项。