1991—2010年，市委党校业余函授教育在校内办学点相继举办市委党校业余大专班，省委党校业余大专专业证书班、省续读大专班、业余大专班、业余本科班、在职研究生班，中央党校函授大专班、函授高中起点本科班、函授本科班，辽宁刊授党校马克思主义理论教育大专班等10个班次，毕业学员20380人。
市委党校业余函授大专班
经山东省委干部教育工作领导小组批准，1988年9月开始举办，学制3年。招收机关、企事业单位高中（中专）学历的党员干部。学员考试和考查合格，颁发经省委干部教育工作领导小组验印的济宁市委党校业余大专毕业证书，国家承认与国民教育大专生同等学历。该班次1996年停止招生，共举办16届，毕业学员2577人。
省委党校业余函授班次
业余大专班 1993年开办，学制3年。招生对象是机关、企事业从事党政工作和经济工作的高中（中专）毕业或同等学历，有三年以上工作经历的党员干部或入党积极分子，本人自愿报名，所在单位同意，经考试录取。该班次共举办35届，毕业学员3424人。
业余本科班 1993年开始招生，招生条件与专科基本相同，学历为大学专科起点。学制2.5年。该班次共举办26届，毕业学员3641人。
在职干部研究生班 1994年开始招生，招收党政机关、企事业单位的具有大学本科学历，科级及以上党员领导干部。学制两年半（政治学、经济学专业为3年）。该班次共举办23届，毕业学员996人。
2009年2月24日，济宁市委党校举行春季开学典礼。
大专专业证书班 主要招收党政机关、企事业单位的具有高中（或相当）学历，科级及以上党员领导干部。学制1.5年。学员学习期满经考试合格，由省委党校颁发经省委干部教育工作领导小组验印的“干部大专专业证书班毕业证”，承认其在所学专业上达到大学专科水平，作为干部任职提拔和评聘专业技术职务的依据之一。该班次共举办3届，毕业学员408人。
续读大专班 1993年9月，开始举办省委党校大专专业证书班毕业学员和辽宁刊授党校学员续读大专班。学制3年。该班次共举办3届，毕业学员1447人。
中央党校业余函授班次
函授大专班 招收党政机关和企事业单位从事党务、思想政治、行政管理等工作并具有高中学历（或相当于高中学历）的党员干部。1985年开办，学制3年。该班次共举办10届，毕业学员1292人。
函授高中起点本科班 招收党政机关和企事业单位从事党务、思想政治、行政管理等工作并具有高中学历（或相当于高中学历）的党员领导干部。2005年开办，学制5年。该班次共举办7届，毕业学员429人。
函授本科班 1989年开办，招收党政机关和企事业单位从事党务、思想政治、行政管理等工作并具有大学专科学历的党员干部。学制2.5年。该班次共举办48届，毕业学员5305人。
社会联合办学学历班次
市委党校在兴办业余函授教育的同时，大力开拓办学渠道，积极为社会培养人才。至2010年底，先后联合举办辽宁刊授党校马克思主义理论大专班、山东大学函授大专班、曲阜师范大学函授大专班、山东师范大学自学考试助学班、山东工业大学自学考试助学班、山东经济学院自学考试助学班、中国人民大学MPA函授硕士班、中国科技大学MBA函授硕士班、济宁商业学院商业中专班等40余班次，培训学员近9000人。