1991年12月前，市委党校为正县级建制。1991年12月，山东省委干部教育工作领导小组、山东省委组织部、山东省编制委员会批准其为大学专科体制，列为比市地、厅局低半格的单位，校长、党委书记为副厅级，副校长、副书记、纪委书记为正县级，内设中层机构为副县级。1992年6月，市委按大专体制配备校级领导班子，设立常务副校长（副厅级）主持党校日常工作，校长由市委书记兼任。1994年1月，市委党校设办公室、行政处、政治处、教务处、学员管理处、社会教育处、哲学教研室、经济管理教研室、行政管理教研室、科学社会主义教研室、党史党建教研室、文史教研室、科研处、图书馆。2008年9月，市委党校设办公室（挂党校工作处牌子）、政治处、教务处、公务员管理处、学员管理处、社会教育处、科研处、后勤处、基础教研部、基本理论教研部、经济学教研部、管理学教研部、法学教研部、党史党建教研部、信息工作处、图书馆。
1991年10月，济宁市社会主义学院成立，由市委党校兼办，一个机构，两块牌子，主要培训民主党派领导干部、无党派人士、统战干部、非党中青年干部。
1995年2月，济宁行政学院成立，与市委党校合署办公，一个机构，两块牌子，主要培训全市各级各类公务员。1996年10月23日正式挂牌。自此，形成“一校两院”（以下简称市委党校）的办学格局。
1991年10月，济宁市社会主义学院挂牌成立。
