1993年6月，金乡县高河乡皮庄村接受台胞皮秀山捐赠的10万元人民币，用于修建皮庄村道路。“捐资助学、回报桑梓”，开始成为许多台胞共同的愿望和追求。1995年6月21日，曲阜师范大学孔子文化学院接受台胞杨清钦捐赠的9.5万元人民币，用于弘扬中华优秀传统文化。1996年，汶上台胞徐镇捐款90万元，用于办学修路；曲阜台胞王乃昌捐款28.2万元，用于购置教学设备。
2002年5月13日，“海峡两岸孟子思想学术研讨会暨祭孟活动”于孟子诞辰2373周年举办，台湾孟氏宗亲会、孔孟学会、山东同乡会和中华齐鲁文经协会组成的代表团，在“立法委员”、山东同乡会会长秦慧珠的率领下出席活动，此次活动是1949年之后两岸联手的第一次祭孟活动。两岸专家学者及孟氏宗亲会会员对此次交流活动十分满意，普遍认为弘扬了中华优秀传统文化，形成了共识，增进了友谊，拓宽了两岸交流渠道。同年8月6—15日，市政协主席韩笔祥赴台进行孔子思想文化交流，参加彰化县师范大学举行的“海峡两岸孔子思想研讨会”，并向彰化县八卦山赠送孔子塑像。2003年，各类到济台胞5329人次，因私赴台53人次。因公赴台交流17起，60人次。2005年，济宁市共有赴台项目14起，46人次，其中自组团组5起，34人次；随团9起，12人次。同年，济宁市组织职业教育交流团，拜访、考察10多所台湾教育机构，接触一批台湾教育界人士。
2006年，到济宁市旅游、观光、考察、参访的台湾同胞7224人次，数量多、团组多、层次高。中国国民党副主席江丙坤、章仁香，国民党原副主席林澄枝，前“行政院”副院长刘兆玄等台湾高层人士先后到济宁考察、交流，交流档次提升。济宁市赴台交流9起，28人次。9月22—28日，举行第一届“两岸孔子文化交流周”活动，全国政协副主席周铁农、海峡两岸关系协会副会长王在希、国家旅游局副局长杜一力、山东省人大常委会副主任朱正昌、副省长张昭福、省政协副主席周鸿兴出席开幕式。台湾以组团形式参会的团组27个，台湾知名人士和文化界、教育界、企业界等客人500多人。“中国国民党祭孔文化参访团”是第一个正式到山东参加交流活动的国民党高层团组。两岸首次实现同步联动祭孔，此次活动层次高、主题鲜明、互动性好，得到各界充分肯定和海内外人士高度评价，产生积极反响，取得明显成效。
2007年，中国国民党副主席林丰正率领的山东参访团，花莲县议会副议长钟逸文、台东县议会副议长饶庆铃、新竹县议会副议长张志宏率领的台湾花莲、台东、新竹县议会参访团，由台湾前“教育部长”杨朝祥、前“国防部长”孙震、台湾省教育会理事长郭添财率领的台湾教育参访团，台湾台东地区资深教师山东访问团，中华两岸事务交流协会参访团，国民党副主席关中夫人张惠君率领的台湾欣欣百货公司参访团，台湾车王电子李火城率领的电电公会汽车机电产业考察团等一大批台湾各界高层人士率领的团组和基层代表到济宁市参访。同年，成功举办第二届“两岸孔子文化交流周”活动。2008年，成功举办第三届“两岸孔子文化交流周”活动。2009年8月初，邀请国民党副主席曾永权到济宁参访。
2010年，由两岸关系杂志社主办、山东省济宁市台办和汶上县人民政府承办的“和光宝相——两岸佛教交流与文化认同研讨会”在汶上县举办。该活动和济宁台湾科技周暨联电大项目奠基、两岸孔子文化交流节等济宁市举办的活动被评为“2010年度山东省优秀对台交流项目”。