全市事业单位机构编制管理工作，在集中统一领导下实行分级管理和分类管理。市级事业单位机构编制管理工作，由市机构编制部门具体负责；县（市、区）事业单位机构编制管理工作，由各县（市、区）机构编制部门具体负责。
对不同性质、不同类型的事业单位，采取不同的管理办法。对全额预算事业单位机构编制管理，按照统筹规划、合理布局、精简效能、协调发展的原则和编制定员标准严格控制。对差额预算事业单位机构编制管理，总体上依据编制标准，按照适当宽于全额预算管理事业单位的原则掌握。对自收自支事业单位，属业务服务性自收自支事业单位的，在机构编制管理上适当放宽，只要有利于国民经济和社会事业发展，就支持其发展，按照实际需要批给；属兼有执法监督、行政管理和行业管理等项职能，以收取管理费、工程费、项目费以及其他各种规费，实现经费自理的监督管理性自收自支事业单位，原则上参照全额预算事业单位的管理办法进行严格管理。已经采用和可以采用企业管理体制，执行企业会计制度和财务管理办法，独立核算、自主经营、自负盈亏、照章纳税。不需财政拨付经费的事业单位，其人员编制和内部机构设置放开，由各单位根据工作需要和经营效益情况自主确定。
1992年10月，市编制委员会为加强事业单位管理，印发《关于审定市直部分事业单位机构编制的方案》。从1992年11月至1993年6月，审定市直未定建制级别、人员编制、内设机构和领导干部职数、人员结构比例的事业单位机构编制。1993年6月，市事业单位登记管理办公室设立，与市编办事业机构编制科合署办公。1993年10月，市编委、市财政局联合印发《关于事业单位实行分类管理的通知》，集中2个月时间，按照企业化经营、自收自支、差额预算管理、全额预算管理四种类型，对全市事业单位进行分类划定，自1994年起，事业单位财政经费预算按照新的管理类别要求核定。1994年9月，市编委印发《关于转发省编委〈关于乡镇农村养老保险与民政工作机构编制问题的通知〉的通知》，要求各乡镇建立农村养老保险管理所，同时挂民政事务办公室牌子，为乡镇党委、政府所属事业单位，推进建立农村养老保险制度，加强基层民政工作。1995年2月，建立济宁行政学院，为市委直属事业单位，与济宁市委党校合署，一个机构，两个牌子。1997年10月，市编办印发《关于转发省编委办公室省技术监督局〈关于在事业单位登记管理中做好统一代码标识工作的通知〉的通知》，规定市、县（市、区）编办按照各自管理权限，分别负责实施本行政区人民政府管辖范围内事业单位的代码赋予工作。1998年6月，市编办等9部门联合转发《关于〈山东省事业法人登记证〉〈山东省事业单位登记证〉使用问题的通知》，推动事业单位“两证”推行与使用。1999年5月，为加快旅游事业发展，市旅游局与市外事办分离，为市政府直属县级事业单位。2001年1月，市编办明确山东中昊律师事务所、山东汇贤律师事务所、市会计师事务所、市审计师事务所、市地价评估所、市专利事务所、山东济宁拍卖行等1个单位不再列入事业机构序列，注销事业法人登记。2001年2月，市编办印发《关于开展事业单位登记检验工作的通知》，对1998年之后办理设立登记、变更登记期满两年的市直事业单位开展登记检验。2001年12月，市事业单位登记管理办公室单独设置，为科级事业单位，隶属市编办管理。2002年7月，市编办印发《关于转发〈关于开展全国统一的事业单位法人登记工作有关问题的通知〉的通知》，同年7—8月集中开展全市事业单位法人初始登记工作。2003年6月，市工业学校成建制并入济宁职业技术学院，保留济宁市工业学校牌子；市第六中学并入济宁师范专科学校附属中学，设立“济宁师范专科学校附属中学分校”，进行改革试验；市第十二中学成建制移交市中区政府。2003年11月，对山东省机电学校、济宁商业学校、济宁贸易学校（山东贸易职工大学）、曲阜师范学校、金乡师范学校、济宁一中、育才中学、济宁第一职业中专学校的内部机构进行调整，核定科级领导职数。2004年11月，市编办印发《关于转发山东省机构编制委员会办公室〈转发中央编办关于施行国务院第411号令有关问题的通知〉的通知》，对全市事业单位登记管理机构名称进行统一规范，推进事业单位登记管理工作制度化、规范化。2005年6月，市委、市政府成立市事业单位改革工作领导小组，领导小组办公室设在市人事局（编办），加强对全市事业单位改革工作的领导。2005年11月，全市事业单位改革工作会议召开，市委、市政府印发《关于推进事业单位改革的实施意见》，整顿规范行政支持类事业单位，整合搞活社会公益类事业单位，推动经营开发服务类事业单位进入市场。2006年2月，根据中央编办、省编办部署要求，建立事业单位登记管理工作定期上报制度和监督检查制度。2006年12月，市委办公室、市政府办公室印发《转发市编办等五部门〈关于市属经营开发服务类事业单位转企改制的实施意见〉的通知》，规定对确定为经营开发服务类事业单位，由市编办按规定程序撤销事业单位建制，注销事业单位法人，同时由工商行政管理、社团登记主管机关办理企业、社团法人登记。2007年10月，市编办印发《关于转发省编办〈关于转发国家事业单位登记管理局事业单位登记管理档案管理办法的通知〉的通知》，要求县（市、区）编办做好事业单位登记管理档案工作的硬件配置、资料收集、档案整理工作，提高全市事业单位登记档案管理整体水平。2008年5月，市编办、市财政局、市人事局、市劳动局、市质监局联合印发《关于对全市事业单位法人登记情况进行联合检查的通知》，对全市各级各类事业单位的法人登记情况、组织机构代码办理情况、养老医疗保险缴纳情况等，开展为期3个月的集中监督检查。2009年9月，根据省编办部署，组织县（市、区）和市直部门（单位）开展政务和公益专用中文域名注册工作。