1991—1992年，行政机构编制管理工作主要任务是遏制机构编制无序膨胀。1991年2月，市编制委员会、市委组织部、市人事局印发《关于转发〈关于制止和纠正把机构编制作为业务工作检查评比条件的通知〉的通知》，规定业务部门不得把机构编制事项作为检查评比条件。1991年9月，根据省委、省政府《关于切实加强机构编制管理、严格控制机构编制膨胀的通知》，对党政群机构编制实行冻结，停止增设机构、提高机构规格、增加人员编制和领导职数。1991年12月，市编制委员会印发《关于市直机关事业单位工作人员实行人员编制卡片管理的通知》，规定由市编制委员会办公室对市直机关事业单位人员编制卡片实行统一管理。1992年10月，市编制委员会、市财政局印发《关于实行人员编制与经费预算结合管理的通知》，确定在市党政群机关事业单位实行人员编制与经费预算结合管理的办法。其间，根据工作需要，设立市委对外宣传办公室、市政府新闻办公室（一个机构、两块牌子），市高新技术产业开发区管理委员会办公室、市政府文教卫生办公室等机构；将市经济技术协作委员会与市对外经济贸易委员会分设；市城乡建设委员会、市市政建设管理局、市房地产管理局合并为新的市城乡建设委员会；在县（市、区）建立政府研究机构、国有资产管理机构，明确各县（市、区）委老干部局人员编制核定标准和市直单位设立老干部科的条件。
1993—1995年，主要开展县乡机构改革，并为市级机构改革工作做准备。1993年8月，市委、市政府印发《关于县乡党政机构改革的实施意见》，开始实施县乡党政机构改革。1993年9—12月，市编委以济编〔1993〕63号和71～80号文件批复邹城市、金乡县、微山县、兖州市、梁山县、汶上县、鱼台县、市郊区、泗水县、嘉祥县、曲阜市党政机构改革实施方案，印发《对县级机构改革中几个问题的处理意见》，撤并职能交叉、业务相近以及职能任务单一的党政工作机构，对部分涉农、涉工等专业经济管理部门进行改革，成建制转为经济实体或服务实体，其行政职能并入有关政府部门。经过此次机构改革，县（市、区）党政机关工作部门由874个精简至381个，精简幅度56.4%；乡镇机构由4130个精简至1093个，精简幅度73.5%。其间，市编委先后批复鱼台县、金乡县、邹城市调整政府组成部门设置方案；撤销市对外贸易经济委员会、市对外贸易局，建立新的市对外贸易经济委员会；将市政府研究室合并至市政府办公室；建立市外国专家局，与市人事局合署。
1996—1997年，组织实施市级政府机构改革。1996年5月，开始实施市级政府机构改革，重点是加强政府宏观管理职能，弱化微观管理职能；落实企业经营自主权，促进企业经营机制转换；合理配置和界定各部门职责分工，合理划分市与区、县（市）的职权关系。此次调整后，市委设工作机构8个，另设部门管理机构2个。市政府设工作机构42个，为市政府组成部门，高新技术产业开发区管理委员会为市政府派出工作机构（不占机构限额）；另设部门管理机构8个，部门内设机构3个。1997年3月，市编委组织进行市级机构改革工作总结检查验收，市级机构改革任务基本完成。其间，市编委印发民建、民盟、九三学社、工商联机关机构设置和人员编制方案，联合市纪委、监察局制定《关于市直纪检监察机构设置和人员编制的通知》，明确市直机关纪检监察机构设置、人员编制和领导职数。
1998—2000年，对社会保障管理和药品监督管理职能及其机构、人员进行调整，将人事部门承担的机关事业单位社会保险职能、民政部门承担的农村社会保险职能、卫生部门承担的社会医疗保险职能划归劳动部门统一管理；将市卫生局承担的药政、药检职能划归市医药管理局，市医药管理局改为市药品监督管理局。其间，将市政府民族宗教事务局更名为市民族宗教事务局；在市法制局加挂市政府行政复议办公室牌子；明确市国资办与市国有资产管理局合署，一个机构两块牌子；开展市直行政事业单位人员编制情况核查；将任城区柳行镇机构、编制、人员划转高新区；核定下达全市地税系统基层人员编制和全市工商所人员编制，明确编制性质为行政编制。
2001—2002年，实施市县乡机构改革。2001年6月，市委印发《中共济宁市委机构改革实施意见》；市委、市政府印发《关于济宁市人民政府机构改革的实施意见》，启动党政机构改革。2001年11月，市委、市政府印发《关于印发〈济宁市乡镇党政机构改革实施意见〉和〈济宁市乡镇事业单位机构改革的意见〉的通知》，同月召开全市县乡机构改革工作会议，至2002年底，乡镇机构改革工作基本结束。此次改革调整后，市级党政机构由55个减至49个，精简幅度11%；县（市、区）党政机构由500个减至383个，精简幅度23%；乡镇党政机构由1097个减至497个，精简幅度55%。其间，市编委将市安全生产委员会办公室改建为市安全生产监督管理局；在市中小企业办公室加挂市民营经济发展委员会的牌子；对市纪委、监察局派驻市直机关的纪检、监察机构和编制进行调整；将工业、内贸的行政管理职能划入市经济贸易委员会，完成市直8个行政性公司的改革工作；对县乡机关事业单位挂牌情况进行集中检查清理；2002年11月，济宁市被省编办确定为全省清理整顿行政执法队伍实行综合行政执法工作试点单位。
2004—2005年，开展市县乡政府机构改革和市人大、市政协、市纪委及群众团体机关改革。2004年10月，市编办印发《关于县（市、区）政府机构改革有关问题的通知》，明确县（市、区）机构改革的时间安排、机构改革方案的内容以及县（市、区）政府工作机构限额。2004年11月，省委办公厅、省政府办公厅印发《济宁市人民政府机构改革方案》。2005年8月，市编办、市委组织部、市财政局、市人事局制定《关于配套推进乡镇机构改革试点工作的意见》，确定曲阜市、邹城市和嘉祥县为全市配套推进乡镇机构改革试点单位，2005年12月底前，基本完成试点工作。此次改革调整后，市政府设置市政府办公室和工作部门34个，直属特设机构1个，部门管理机构2个，议事协调机构的常设办事机构1个，派出机构1个。其间，开展综合行政执法试点、区国土资源部门机构编制和人员上收交接等工作；进一步明确市直有关部门食品安全、水上交通安全、民用爆炸物品安全等监管职责分工等。市政府办公室印发市安监局、市发展改革委、市国资委等部门“三定”方案。市委办公室印发市人大机关、政协机关、纪委机关、总工会机关、团市委机关、妇联机关、科协机关、文联机关、社科联机关、侨联机关、工商联机关“三定”方案。市编委印发《关于印发〈济宁市行政机构设置和编制管理规定〉〈济宁市事业单位机构编制管理暂行规定〉的通知》，市编办印发《济宁市机构编制委员会办公室工作制度》，加强和规范行政机构设置和机关事业单位机构编制管理。市编办、市委组织部、市财政局、市人事局联合印发《关于在乡镇机关事业单位实行编制实名制管理的意见》，在乡镇机关事业单位推行工作人员编制实名制管理。
2006—2008年，根据工作需要，将市计划生育委员会更名为市人口和计划生育委员会；在市信访局加挂市委群众工作领导小组办公室牌子，在市委机要局加挂市国家密码管理局牌子；明确放射源安全监管部门职责分工；将市建委（市市政管理局）承担的指导全市城市公共客运工作和负责市规划区内城市公共客运的职能划归市交通局；加强县（市、区）食品药品安全监管工作；明确森林公安机构实行林业和公安部门双重领导体制。其间，市编委向县（市、区）和市直部门集中下达一批行政编制，用于解决公务员登记中涉及的党政机关和政法机关使用自定编制问题；印发《关于转发中共中央办公厅、国务院办公厅〈关于进一步加强和完善机构编制管理严格控制机构编制的通知〉的通知》，规定除法律法规和党中央、国务院有关文件规定外，各级各部门不得将行政职能转由事业单位承担。机构编制部门不再批准设立承担行政职能的事业单位和从事生产经营活动的事业单位。
2009—2010年，开展市县政府机构改革。2009年12月，全市市县政府机构改革工作会议召开。市委、市政府印发《关于济宁市人民政府机构改革的实施意见》《关于县（市、区）政府机构改革的指导意见》，进一步转变政府职能，完善管理体制。2010年2—3月，各县（市、区）人民政府机构改革方案印发实施。2010年9月，市委、市政府印发《关于进一步深化乡镇机构改革的实施意见》；2010年10月，全市乡镇机构改革工作会议召开；2010年12月，各县（市、区）、济宁高新区乡镇（街道）机构改革方案印发实施。市政府机构改革后，设置工作部门36个，部门管理机构2个，派出机构1个；至2010年底，38个部门和部门管理机构“三定”规定印发实施。县（市、区）政府机构改革后，共设置工作部门280个。乡镇机构改革后，乡镇（街道）共设置党政工作机构670个。其间，实施机关工勤人员管理体制改革，核销政府部门工勤编制；调整济宁高新区、济宁北湖省级旅游度假区管理体制；理顺城市管理体制，开展自行设立的城管、国土、环保、文物等专门公安机构的清理规范等工作；印发《济宁市机构编制委员会工作规则》等。
第二节 行政机构编制管理
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1991—1992年，行政机构编制管理工作主要任务是遏制机构编制无序膨胀。1991年2月，市编制委员会、市委组织部、市人事局印发《关于转发〈关于制止和纠正把机构编制作为业务工作检查评比条件的通知〉的通知》，规定业务部门不得把机构编制事项作为检查评比条件。1991年9月，根据省委、省政府《关于切实加强机构编制管理、严格控制机构编制膨胀的通知》，对党政群机构编制实行冻结，停止增设机构、提高机构规格、增加人员编制和领导职数。1991年12月，市编制委员会印发《关于市直机关事业单位工作人员实行人员编制卡片管理的通知》，规定由市编制委员会办公室对市直机关事业单位人员编制卡片实行统一管理。1992年10月，市编制委员会、市财政局印发《关于实行人员编制与经费预算结合管理的通知》，确定在市党政群机关事业单位实行人员编制与经费预算结合管理的办法。其间，根据工作需要，设立市委对外宣传办公室、市政府新闻办公室（一个机构、两块牌子），市高新技术产业开发区管理委员会办公室、市政府文教卫生办公室等机构；将市经济技术协作委员会与市对外经济贸易委员会分设；市城乡建设委员会、市市政建设管理局、市房地产管理局合并为新的市城乡建设委员会；在县（市、区）建立政府研究机构、国有资产管理机构，明确各县（市、区）委老干部局人员编制核定标准和市直单位设立老干部科的条件。
1993—1995年，主要开展县乡机构改革，并为市级机构改革工作做准备。1993年8月，市委、市政府印发《关于县乡党政机构改革的实施意见》，开始实施县乡党政机构改革。1993年9—12月，市编委以济编〔1993〕63号和71～80号文件批复邹城市、金乡县、微山县、兖州市、梁山县、汶上县、鱼台县、市郊区、泗水县、嘉祥县、曲阜市党政机构改革实施方案，印发《对县级机构改革中几个问题的处理意见》，撤并职能交叉、业务相近以及职能任务单一的党政工作机构，对部分涉农、涉工等专业经济管理部门进行改革，成建制转为经济实体或服务实体，其行政职能并入有关政府部门。经过此次机构改革，县（市、区）党政机关工作部门由874个精简至381个，精简幅度56.4%；乡镇机构由4130个精简至1093个，精简幅度73.5%。其间，市编委先后批复鱼台县、金乡县、邹城市调整政府组成部门设置方案；撤销市对外贸易经济委员会、市对外贸易局，建立新的市对外贸易经济委员会；将市政府研究室合并至市政府办公室；建立市外国专家局，与市人事局合署。
1996—1997年，组织实施市级政府机构改革。1996年5月，开始实施市级政府机构改革，重点是加强政府宏观管理职能，弱化微观管理职能；落实企业经营自主权，促进企业经营机制转换；合理配置和界定各部门职责分工，合理划分市与区、县（市）的职权关系。此次调整后，市委设工作机构8个，另设部门管理机构2个。市政府设工作机构42个，为市政府组成部门，高新技术产业开发区管理委员会为市政府派出工作机构（不占机构限额）；另设部门管理机构8个，部门内设机构3个。1997年3月，市编委组织进行市级机构改革工作总结检查验收，市级机构改革任务基本完成。其间，市编委印发民建、民盟、九三学社、工商联机关机构设置和人员编制方案，联合市纪委、监察局制定《关于市直纪检监察机构设置和人员编制的通知》，明确市直机关纪检监察机构设置、人员编制和领导职数。
1998—2000年，对社会保障管理和药品监督管理职能及其机构、人员进行调整，将人事部门承担的机关事业单位社会保险职能、民政部门承担的农村社会保险职能、卫生部门承担的社会医疗保险职能划归劳动部门统一管理；将市卫生局承担的药政、药检职能划归市医药管理局，市医药管理局改为市药品监督管理局。其间，将市政府民族宗教事务局更名为市民族宗教事务局；在市法制局加挂市政府行政复议办公室牌子；明确市国资办与市国有资产管理局合署，一个机构两块牌子；开展市直行政事业单位人员编制情况核查；将任城区柳行镇机构、编制、人员划转高新区；核定下达全市地税系统基层人员编制和全市工商所人员编制，明确编制性质为行政编制。
2001—2002年，实施市县乡机构改革。2001年6月，市委印发《中共济宁市委机构改革实施意见》；市委、市政府印发《关于济宁市人民政府机构改革的实施意见》，启动党政机构改革。2001年11月，市委、市政府印发《关于印发〈济宁市乡镇党政机构改革实施意见〉和〈济宁市乡镇事业单位机构改革的意见〉的通知》，同月召开全市县乡机构改革工作会议，至2002年底，乡镇机构改革工作基本结束。此次改革调整后，市级党政机构由55个减至49个，精简幅度11%；县（市、区）党政机构由500个减至383个，精简幅度23%；乡镇党政机构由1097个减至497个，精简幅度55%。其间，市编委将市安全生产委员会办公室改建为市安全生产监督管理局；在市中小企业办公室加挂市民营经济发展委员会的牌子；对市纪委、监察局派驻市直机关的纪检、监察机构和编制进行调整；将工业、内贸的行政管理职能划入市经济贸易委员会，完成市直8个行政性公司的改革工作；对县乡机关事业单位挂牌情况进行集中检查清理；2002年11月，济宁市被省编办确定为全省清理整顿行政执法队伍实行综合行政执法工作试点单位。
2004—2005年，开展市县乡政府机构改革和市人大、市政协、市纪委及群众团体机关改革。2004年10月，市编办印发《关于县（市、区）政府机构改革有关问题的通知》，明确县（市、区）机构改革的时间安排、机构改革方案的内容以及县（市、区）政府工作机构限额。2004年11月，省委办公厅、省政府办公厅印发《济宁市人民政府机构改革方案》。2005年8月，市编办、市委组织部、市财政局、市人事局制定《关于配套推进乡镇机构改革试点工作的意见》，确定曲阜市、邹城市和嘉祥县为全市配套推进乡镇机构改革试点单位，2005年12月底前，基本完成试点工作。此次改革调整后，市政府设置市政府办公室和工作部门34个，直属特设机构1个，部门管理机构2个，议事协调机构的常设办事机构1个，派出机构1个。其间，开展综合行政执法试点、区国土资源部门机构编制和人员上收交接等工作；进一步明确市直有关部门食品安全、水上交通安全、民用爆炸物品安全等监管职责分工等。市政府办公室印发市安监局、市发展改革委、市国资委等部门“三定”方案。市委办公室印发市人大机关、政协机关、纪委机关、总工会机关、团市委机关、妇联机关、科协机关、文联机关、社科联机关、侨联机关、工商联机关“三定”方案。市编委印发《关于印发〈济宁市行政机构设置和编制管理规定〉〈济宁市事业单位机构编制管理暂行规定〉的通知》，市编办印发《济宁市机构编制委员会办公室工作制度》，加强和规范行政机构设置和机关事业单位机构编制管理。市编办、市委组织部、市财政局、市人事局联合印发《关于在乡镇机关事业单位实行编制实名制管理的意见》，在乡镇机关事业单位推行工作人员编制实名制管理。
2006—2008年，根据工作需要，将市计划生育委员会更名为市人口和计划生育委员会；在市信访局加挂市委群众工作领导小组办公室牌子，在市委机要局加挂市国家密码管理局牌子；明确放射源安全监管部门职责分工；将市建委（市市政管理局）承担的指导全市城市公共客运工作和负责市规划区内城市公共客运的职能划归市交通局；加强县（市、区）食品药品安全监管工作；明确森林公安机构实行林业和公安部门双重领导体制。其间，市编委向县（市、区）和市直部门集中下达一批行政编制，用于解决公务员登记中涉及的党政机关和政法机关使用自定编制问题；印发《关于转发中共中央办公厅、国务院办公厅〈关于进一步加强和完善机构编制管理严格控制机构编制的通知〉的通知》，规定除法律法规和党中央、国务院有关文件规定外，各级各部门不得将行政职能转由事业单位承担。机构编制部门不再批准设立承担行政职能的事业单位和从事生产经营活动的事业单位。
2009—2010年，开展市县政府机构改革。2009年12月，全市市县政府机构改革工作会议召开。市委、市政府印发《关于济宁市人民政府机构改革的实施意见》《关于县（市、区）政府机构改革的指导意见》，进一步转变政府职能，完善管理体制。2010年2—3月，各县（市、区）人民政府机构改革方案印发实施。2010年9月，市委、市政府印发《关于进一步深化乡镇机构改革的实施意见》；2010年10月，全市乡镇机构改革工作会议召开；2010年12月，各县（市、区）、济宁高新区乡镇（街道）机构改革方案印发实施。市政府机构改革后，设置工作部门36个，部门管理机构2个，派出机构1个；至2010年底，38个部门和部门管理机构“三定”规定印发实施。县（市、区）政府机构改革后，共设置工作部门280个。乡镇机构改革后，乡镇（街道）共设置党政工作机构670个。其间，实施机关工勤人员管理体制改革，核销政府部门工勤编制；调整济宁高新区、济宁北湖省级旅游度假区管理体制；理顺城市管理体制，开展自行设立的城管、国土、环保、文物等专门公安机构的清理规范等工作；印发《济宁市机构编制委员会工作规则》等。