1991年，济宁市环境保护局设办公室、组织宣传科、环境管理一科、环境管理二科、综合计划科、收费监理科、法制科7个科室，编制12人。下属山东省南四湖水质监测中心站（加挂济宁市环境保护监测站牌子，副县级全额拨款事业单位）、济宁市城市环境管理监察大队（科级事业单位）、山东省南四湖东平湖环境管理委员会办公室。1994年，撤销济宁市城市环境管理监察大队，成立济宁市环境监理站，为科级事业单位，编制20人，隶属市环境保护局领导。1997年，山东省南四湖环境管理委员会更名为山东省南四湖东平湖环境管理委员会，委员会办公室设在市环保局。2000年，济宁市环境信息中心设立（正科级全额拨款事业单位）。2006年，济宁市环境监理站更名为济宁市环境监察支队，同年11月升格为副县级事业单位。2006年，设立济宁市南四湖人工湿地管理处，编制7人，隶属市环保局领导，与山东省南四湖东平湖环境管理委员会办公室合署办公。同年，设立济宁市环保局高新技术产业开发区分局，副县级事业单位，编制6人，实行双重领导，以市环保局管理为主。
2007年，济宁市环境信息中心更名为济宁市环保宣传与信息中心。2008年，设立济宁市污染物排放总量控制中心，编制10人，为市环保局所属正县级事业单位。同年，济宁市环境监察支队列入参照公务员法管理事业单位序列。
2010年，济宁市环境保护局设办公室、规划财务科、政策法规科（挂环境监测科牌子）、人事科、科技与辐射安全管理科、污染防治与应急管理科、环境影响评价科（挂行政许可科牌子）、自然生态保护科8个职能科室，核定编制27人，下辖济宁市环境监察支队（编制35人，参照公务员法管理副县级事业单位）、济宁市环境保护监测站（加挂山东省南四湖水质监测中心站牌子，编制60人，副县级全额拨款事业单位）、济宁市环保宣传与信息中心（编制5人，正科级全额拨款事业单位）、山东省南四湖东平湖环境管理委员会办公室（加挂济宁市南四湖人工湿地管理处牌子，编制12人，全额拨款事业单位）、济宁市污染物排放总量控制中心（加挂济宁市危险废物与环境应急管理中心牌子，编制13人，市环保局管理县级事业单位）、济宁市环保局高新技术产业开发区分局（编制6人，副县级事业单位）、济宁市环境保护科学研究所（编制14人，正科级自收自支事业单位）7个事业单位。
第四节 济宁市环保局
1991年，济宁市环境保护局设办公室、组织宣传科、环境管理一科、环境管理二科、综合计划科、收费监理科、法制科7个科室，编制12人。下属山东省南四湖水质监测中心站（加挂济宁市环境保护监测站牌子，副县级全额拨款事业单位）、济宁市城市环境管理监察大队（科级事业单位）、山东省南四湖东平湖环境管理委员会办公室。1994年，撤销济宁市城市环境管理监察大队，成立济宁市环境监理站，为科级事业单位，编制20人，隶属市环境保护局领导。1997年，山东省南四湖环境管理委员会更名为山东省南四湖东平湖环境管理委员会，委员会办公室设在市环保局。2000年，济宁市环境信息中心设立（正科级全额拨款事业单位）。2006年，济宁市环境监理站更名为济宁市环境监察支队，同年11月升格为副县级事业单位。2006年，设立济宁市南四湖人工湿地管理处，编制7人，隶属市环保局领导，与山东省南四湖东平湖环境管理委员会办公室合署办公。同年，设立济宁市环保局高新技术产业开发区分局，副县级事业单位，编制6人，实行双重领导，以市环保局管理为主。
2007年，济宁市环境信息中心更名为济宁市环保宣传与信息中心。2008年，设立济宁市污染物排放总量控制中心，编制10人，为市环保局所属正县级事业单位。同年，济宁市环境监察支队列入参照公务员法管理事业单位序列。
2010年，济宁市环境保护局设办公室、规划财务科、政策法规科（挂环境监测科牌子）、人事科、科技与辐射安全管理科、污染防治与应急管理科、环境影响评价科（挂行政许可科牌子）、自然生态保护科8个职能科室，核定编制27人，下辖济宁市环境监察支队（编制35人，参照公务员法管理副县级事业单位）、济宁市环境保护监测站（加挂山东省南四湖水质监测中心站牌子，编制60人，副县级全额拨款事业单位）、济宁市环保宣传与信息中心（编制5人，正科级全额拨款事业单位）、山东省南四湖东平湖环境管理委员会办公室（加挂济宁市南四湖人工湿地管理处牌子，编制12人，全额拨款事业单位）、济宁市污染物排放总量控制中心（加挂济宁市危险废物与环境应急管理中心牌子，编制13人，市环保局管理县级事业单位）、济宁市环保局高新技术产业开发区分局（编制6人，副县级事业单位）、济宁市环境保护科学研究所（编制14人，正科级自收自支事业单位）7个事业单位。