班子建设
1991年后，先后4次组织进行市、县、乡领导班子换届。2010年底，全市共有各级各类干部17.4万多人，其中公务员21747人，参照公务员法管理的群团机关工作人员438人，参照公务员法管理的事业单位工作人员2445人。市级领导班子成员中45岁以下的3人，市委领导班子成员平均年龄51.5岁，市政府领导班子成员平均年龄48.9岁。县（市、区）党政领导班子成员中35岁以下的7人，党委班子成员平均年龄43.6岁，政府班子成员平均年龄43.8岁，大学以上学历的占95.8%。乡镇党政领导班子成员中35岁以下的197人，党委班子成员平均年龄39.3岁，政府班子成员平均年龄38岁，大学以上文化程度的占83.2%。
培养选拔优秀年轻干部、女干部、党外干部和少数民族干部。1991年，制定《关于做好抓紧培养教育青年干部工作的意见》。1994年，从市直机关选派20名35岁以下科级干部到乡镇挂任党委副书记、副（乡）镇长。1995年，制定《关于做好培养选拔优秀年轻干部工作的意见》。2000年，制定《关于实施培养锻炼优秀年轻干部的“四百”人才工程的意见》，选调350多名干部到基层锻炼或到高校培训，选派29名年轻干部到经济发达地区挂职锻炼。2001年，在全市公开选拔12名优秀年轻干部担任县（市、区）长助理，选拔12名优秀年轻干部跨县（市、区）担任乡镇党委书记。2010年，采取公开差额方式选拔11名35岁以下优秀年轻干部跨县（市、区）交流担任乡镇党委书记。至2010年底，市直党政工作部门配备女领导干部的占36.9%，11个县（市、区）党委和10个县（市、区）政府领导班子配备有女干部，党外干部和少数民族干部在各级领导班子中的比例也有不同程度的提高。
加强领导班子思想政治建设。推进学习型党组织建设，健全领导班子中心组学习等制度。1993年，制定《关于加强领导机关作风建设的意见》《市委常委加强思想作风建设的若干规定》等文件。1999年，制定《关于加强思想政治工作的意见》。2009年，制定出台《关于进一步加强和改进领导班子思想政治建设的实施意见》，建立领导干部基层联系点制度和调研制度。
人事制度改革
1992年之后，相继制定《中共济宁市委常委会研究干部任免的程序及有关问题的规定》《中共济宁市委组织部部长办公会研究干部任免工作的暂行规定》等文件。1999年，在市直事业单位全面实行领导干部职务聘任制，对市直党政机关非选任制的领导干部实行试用制。2003年3月，市委出台深化干部人事制度改革“1+X”意见以及相关配套制度。探索市委全委会提名、党委（党组）提名等多种渠道提名推荐干部等途径，2004年开始，对一些岗位的初始提名人选，试行书面署名推荐。探索实行市、县党委常委会决定任用重要干部票决制度，开展县（市、区）党委常委会差额票决干部试点工作。在全省率先开展公推公选乡镇长试点工作和乡镇党政正职“一人兼”试点工作。
在领导干部选拔任用上，引入竞争机制。1990年，首次面向社会公开考选148名市直机关干部。推进公开考选领导干部工作，1999年，公开考选10名副县级领导干部；2001年，面向全国公开考选48名副县级领导干部。2003年3月，制定《济宁市党政机关中层干部竞争上岗暂行办法》。2006年，面向全市公开选拔17名副县级年轻干部和非中共党员干部；2010年，公开选拔县（市、区）团委书记8名、副书记6名。2009年9月，试行采取公开差额的方式选拔领导干部；2010年4月，市委明确提出，除个别职位及特殊情况外，坚持“逢提必争”，尽量采用竞争性方式选拔。
建立党政干部基层培养选拔链。1998年起，连续13年开展新农村建设帮扶工作，数万名机关干部到农村一线锻炼。选调年轻干部到浙江宁波、福建漳州等地挂职锻炼。从2007年开始，分6批选派24名新任职县级干部到群众工作部门挂职。2008年，公开选拔197名优秀年轻干部实行“双向”挂职锻炼；选派201名机关干部到全市14个省级经济园区挂职招商。2010年，选派12名市直部门副职后备干部挂职县（市、区）信访局副局长。
加强干部队伍宏观管理。结合干部工作巡察、干部考察等活动，加强对领导班子、领导干部的经常性考察。规范科级干部选拔任用工作，下发《关于加强市直部门科级干部宏观管理的意见》等文件，实行科级干部调整事前沟通、事后备案制度。推进干部交流，先后出台《关于进一步加强领导干部交流工作的意见》《济宁市党政领导干部交流工作规定》《中共济宁市委组织部关于加强市直部门单位科级干部交流工作的意见》。
干部监督
加强对干部选拔任用工作全过程监督。2009年，对干部选拔任用各个环节实行纪实。2010年，出台《中共济宁市委关于贯彻落实党政领导干部选拔任用工作四项监督制度的实施意见》。实行“双公示”制度，实行干部任前公示个人基本情况和工作实绩。2009年、2010年，开展“科学规范和有效监督县（市）委书记用人行为”试点工作。
加强对下级干部选拔任用工作的经常性监督。1994年，下发《关于市政府各部门及所属单位科级干部任免备案问题的通知》。1996年，下发《关于科级干部管理有关问题的通知》。2000年，出台《关于上级党委组织部门列席下级党组织研究干部任免事项会议的暂行办法》，建立列席监审制度。2003年，制定《党政机关中层干部竞争上岗暂行办法》。2008年，制定《关于实行干部工作巡察制度的暂行办法》，开展干部工作巡察。
严肃整治用人上的不正之风。1994年，市委下发《关于贯彻落实中组部〈关于坚决防止和纠正选拔任用干部工作中不正之风的通知〉精神的通知》。2001年10月，市委组织部、市人事局、市编办联合下发《关于贯彻中央、省进一步加强管理严肃干部人事工作纪律的几点意见》。2008年，认真贯彻落实中央纪委、中组部《关于深入整治用人上不正之风进一步提高选人用人公信度的意见》。2010年，运用违规违纪用人典型案件开展警示教育。
加强干部日常管理监督制度体系建设。1991年，转发《中共山东省委组织部关于在干部工作中重视计划生育工作的通知》，下发《关于党员、干部在计划生育工作中发挥模范带头作用的通知》。同年，印发《乡镇党委书记管理办法》，将乡镇党委书记职务收归市委管理。1994年，加强对有关系统干部的监督管理。1997年，出台《关于对市委管理的领导干部实行待岗制度的暂行规定》。2001年，下发《关于认真落实〈中共山东省委组织部关于加强组织部门干部监督工作的实施意见（试行）〉的通知》。2003年，出台《济宁市党政领导干部辞职暂行办法》和《济宁市调整不胜任现职党政领导干部暂行办法》。2007年，出台《关于加强对市管领导干部党内监督的试行办法》。2008年，出台《关于加强市管干部日常监督管理的暂行办法》。
做好领导干部谈话、诫勉、函询、个人有关事项报告、经济责任审计等工作。1996年，建立党政机关县（处）级领导干部收入申报制度。1997年，制定出台《关于实行领导干部回复组织函询制度的暂行规定》。1998年，出台《关于对市委管理的领导干部实行谈话打招呼制度的暂行规定》和《关于对市委管理的领导班子和领导干部实行诫勉制度的暂行规定》。1999年9月，制定实施《济宁市机关事业单位领导干部任期经济责任审计暂行规定》和《济宁市国有企业及国有控股企业领导人员任期经济责任审计暂行规定》。2007年，出台《济宁市党员领导干部报告个人有关事项实施细则》。2008年，出台《关于实行领导干部谈话制度的暂行规定》《关于实行领导干部函询制度的暂行规定》《关于实行领导班子和领导干部诫勉制度的暂行规定》。2010年开始，组织市管县（处）级干部报告上一年度个人有关事项和收入情况。
构建大监督格局。1992年，出台《关于建立工作联系制度的意见》，初步建立干部监督工作联系制度。2004年，下发《关于及时报送干部监督重要信息的通知》。2005年，制定《中共济宁市委组织部干部监督工作部内分工协作暂行办法》。2008年，出台《济宁市干部监督工作联席会议制度实施意见》和《济宁市干部监督信息沟通暂行办法》，完善干部监督工作协调配合机制。同年，印发《关于进一步做好领导干部重要情况报告工作的通知》，健全及时报送干部监督重要信息制度。
建立群众监督工作机制。2003年，出台《关于建立干部监督工作督查员制度的暂行办法》。2004年3月，开通“12380”专用举报电话。2010年5月，开通“12380”举报网站，健全“12380”举报电话、举报网站和信访“三位一体”的监督举报平台。完善立案核查制度，实行“一个案子、一个班子、一套方案、一查到底”。同年，新华社《国内动态清样》和中组部《组工通讯》刊发有关经验做法，中共中央政治局委员、中央组织部部长李源潮作出批示。
干部教育
20世纪90年代后，干部教育突出理论教育和市场经济知识培训。1994年，市委提出“发展社会主义市场经济，培训人才必须先行”。为解决企业领导干部短缺问题，举办5期企业后备干部培训班、1期企业厂长（经理）专修班。1997年起，连续三年实施“百名现代企业管理人才工程”，选拔企业青年骨干到中国人民大学进行工商管理硕士课程培训。1998年起，连续两年在副县级以上领导干部中开展以“讲学习、讲政治、讲正气”为主要内容的“三讲”教育活动。1999年，在所有主体班次增设反对伪科学专题讲座。2000年，“三个代表”重要思想提出后，在各主体班次安排专题培训。
党的十六大后，干部教育培训工作进入大发展时期。2002—2003年，实施“WTO知识百千万人才培训工程”，组织100名高层次人才、1000名领导干部和业务骨干、数万名各类人才进行培训。2003年起，对全市县级领导干部、乡镇（街道）党（工）委书记进行“三个代表”重要思想轮训。2004—2006年，实施“百名MBA人才工程”，分三批组织177名年轻干部到北京理工大学进行MBA培训。
党的十七大后，干部教育培训逐步系统化、规模化、专题化。2007年，出台《关于学习贯彻〈干部教育培训工作条例（试行）〉的实施意见》《关于实施领导干部素质提升工程的意见》，建立干部教育培训学分制、点名调训制等制度。2007年起，连续五年实施“双高双强”（高层次、高素质、业务能力强、领导能力强）干部培训，每年选拔100名左右干部到国内知名高校开展培训。2010年，在复旦大学举办现代城市管理专题培训班，培训县（市、区）党政正职、市直有关部门主要负责人。开展“名师送教”行动，对市管企业经营管理人员和曲阜、泗水等6个县（市、区）2200多名基层党员干部进行培训，把优质培训资源送到基层。
干部考核
1991年，制定出台《关于市直机关1991年度全方位目标管理责任制总结考核奖惩工作的意见》。市委设立考核工作临时机构，成立全方位目标管理责任制领导小组，在市人事局设立考评办公室，市委组织部、市直机关工委、市人事局作为具体负责考核工作的责任部门。1994年，成立市党政机关考核委员会，出台《关于全市党政机关年度考核工作的意见》。1999年，出台《关于济宁市机关事业单位年度考核的试行办法》。2000年，制定《县（市、区）经济社会发展综合评价考核办法》。2001年，出台《关于济宁市机关事业单位年度考核的意见》。2002年，把“万名代表评机关、评行风”纳入对市直部门的考核内容。2003年以后，出台《关于利用考评结果对领导班子和领导干部实施奖惩的意见》《关于全市党政机关领导班子、领导干部年度考核的试行意见》等文件。2007年，出台《关于建立和完善全市党政机关领导班子和领导干部综合考核体系的实施意见》，首次提出建立综合考核体系的工作理念。2008年，成立市督查考核委员会，由市委书记兼任督查考核委员会主任，办公室设在市委组织部，正式成立考核工作专业机构。制定《关于建立和完善全市党政机关事业单位领导班子领导干部督查考核体系的实施意见》《全市重点工程、重大项目、重要事项督查考核暂行办法》《济宁市级领导联系包保重点项目考核奖惩暂行办法》等文件。2009—2010年，健全完善日常考核、年终考核、民主评议、量化考核、定性考核、群众满意度调查相结合的考核机制。
干部援疆工作
1999年始，选派干部到新疆工作。1999—2000年，分两次选派省第三批援疆干部24名。其中，党政干部4名，教师13名，医生6名，农技人员1名。2002年6月，选派省第四批援疆干部19名，其中党政干部5名，教师6名，医生8名，这两批干部主要在喀什地区及岳普湖县、巴楚县开展援助工作。2005年6月，开始对口支援新疆英吉沙县，选派第五批援疆干部25名。其中，党政干部3名，教师10名，医生12名；2007年初，轮换8名援疆医生。2008年5月，选派第六批援疆干部21名。其中，党政干部2名，农技人员2名，医生8名，教师9名。2010年7月，选派13名干部，成立援疆指挥部赴新疆开展工作。11月，选派第七批援疆干部26名。其中，党政干部4名，农林水和城建类专业技术人员4名，教师16名，医生2名。
选调生工作
1992年，恢复实施选调生工作。1992—2010年，接收省委组织部选调生19批844人。其中，综合类选调生648人，团委系统选调生24人，公安系统选调生44人，法院系统选调生62人，检察院系统选调生66人；博士研究生1人，硕士研究生79人，大学本科759人，大学专科5人；男583人，女261人。2009年，制定出台《济宁市选调生管理暂行办法》。至2010年，全市选调生实有767人，其中担任厅级领导职务的4人，担任县级职务的31人，担任科级职务的299人。