1991年，开展创建农村党的建设先进县（市、区）活动、党支部达标升级活动和“争先创优”活动。1992年5月，成立济宁市高新技术产业开发区党工委。1994年始，连续两年开展“村级组织建设年”活动，连续三年整顿软弱涣散和瘫痪状态村党支部班子，共整顿1005个，调整村党支部书记681名。1995年，实施以“让支部班子强起来，让共产党员红起来，让农民群众富起来”为内容的“三让”工程。至1996年底，全市共有基层党委549个，党组361个，党总支1451个，党支部1.64万个。
中共十五大后，进入推动建设中国特色社会主义事业跨世纪发展的关键时期。1997年，开展创建“六好乡镇党委”和争创“五好村党支部”活动。1998年，市委决定，连续三年每年选派万名机关干部集中驻村加强基层组织建设。2001年开始，分两批组织开展农村“三个代表”重要思想学习教育活动，深入开展“三级联创”活动。出台《关于加强乡镇党委建设的意见》和《关于加强村级组织建设的意见》。2001年底，全市共有基层党委554个，党组295个，党总支1608个，党支部1.71万个。
中共十六大后，加大党的基层组织建设力度。2002年起，利用两年时间实施以“强班子、强队伍，富群众、富集体”为主要内容的“双强双富”工程。2003年，成立济宁市城市新型经济社会组织联合党委，开展“新型经济社会组织党的基层组织建设年”活动。2006年，重点对村级组织活动场所、农村基层干部补贴报酬等进行规范。市委印发《关于进一步加强农村党的基层组织建设推进社会主义新农村建设的意见》，部署开展新一轮包驻村、联系村工作。2006年底，全市共有基层党委607个，党组342个，党总支1591个，党支部1.79万个。
中共十七大后，党的基层组织建设呈现新气象。2008年，实施以“党内活动规范化、党建考核标准化”为主要内容的基层党建“两化”工程，出台抓基层党建工作责任制的意见和考核办法，在全省率先开展基层党建工作检查考核。2008年2月，设立济宁北湖省级旅游度假区党工委。2009年，组织开展“城乡联建创五好”活动。2009年3月至2010年2月，分两批开展学习实践科学发展观活动。2010年4月起，在全市开展以创建先进基层党组织、争当优秀共产党员为主要内容的“创先争优”活动。成立市社会组织党工委和市非公有经济组织党工委。至2010年，全市共有基层党委681个，党组430个，党总支1532个，党支部1.86万个。
中国共产党济宁摩天建设集团第一次代表大会召开 （2005年5月30日摄）
