1990—1992年，按照省纪委提出的“突出查处违纪案件，全面履行纪检职能”的要求，重点查处违反政治纪律的案件，查处贪污盗窃、索贿受贿、走私贩私、投机倒把等经济违纪案件，查处嫖娼卖淫等腐化堕落、道德败坏的案件。突出查处违反计划生育政策的案件。3年共受理群众来信来访1.72万件，立查各类党内违纪案件1.12万起，其中涉及县处级干部案件26起、科级干部案件250起；违反计划生育政策案件9457起，占立查案件总数的84%。
1993年，市纪检监察机关合署办公，济宁市纪委、监察局成立纪检监察一室、纪检监察二室和纪检监察三室。按照各级党委和省、市纪委对反腐败工作要求，着重查处领导机关、领导干部以及经济管理、执法监督部门及其工作人员的以权谋私、贪污受贿、走私贩私、腐化堕落等行为，当年共立查各类违纪案件681起，涉及县处级以上干部案件4起、乡科级干部69起；共给予党纪处分617人，给予行政处分7人，移交司法机关处理38人。
1994—1995年，突出查处大案要案，共立查各类违纪违法案件1471起；其中大要案54起，涉及县处级领导干部的案件18人，万元以上重大经济案件113起；立查团伙作案5起；挽回经济损失1668万元；共给予党纪处分2099人，给予行政处分371人，移送司法机关处理71人。
1996—1997年，在继续突出查处大案要案，增强震动性和威慑力的基础上，向为改革发展稳定服务、增强社会效果和教育功能方面深化。两年共立查各类违纪违法案件1663件，其中涉及县处级以上领导干部案件27起、科级以上干部案件195起，万元以上经济案件123起，移送司法机关处理128起，挽回经济损失2353.45万元。
1998—2000年，共立查各类案件2628起，处理党员干部2471人，其中县处级以上干部39人，科级干部216人，移送司法机关处理86人，挽回经济损失2701.61万元。
2001—2003年，市纪委常委会提出查办案件工作逐步实现“由数量规模型向质量效果型的转变”的工作思路，更加注重办案的质量和办案效果。3年共立查各类违纪违法案件2748起，处分党员干部2422人，其中县处级以上干部38人，移送司法机关处理74人。
2004—2005年，按照建立健全教育、制度、监督并重的惩治和预防腐败体系的要求，注重发挥办案的治本功能，实行并完善“一案双报告制度”，查办案件工作向发挥综合效能方面深化。2年共立查各类违纪违法案件1850起，给予党纪处分1769人，行政处分224人，其中涉及县处级干部30人，移送司法机关35人。
2006—2008年，把查办案件作为重中之重，着力查办一批有影响的大案要案。3年共立查各类违纪违法案件2861起，给予党纪处分2952人、政纪处分271人；其中涉及县处级干部271人，移送司法机关126人。3年间，全市立查商业贿赂案件297起，给予刑事处理76人，涉案金额3629万元，公开通报12起典型案件。
2009—2010年，共立查违纪案件2164件，其中涉及县处级干部案件8起、乡科级干部案件153起，共处分党员干部2310人，移送司法机关35人，挽回经济损失1565万元。2年共查办商业贿赂案件28起，给予刑事处理14人，涉案金额182.35万元。出台《办案人员十不准》《陪护人员工作职责》《办案场所安全规定》《“两规”期间安全事故应急处理预案》等制度，组建“办案人才库”和“陪护人员库”。