1993年6月，市纪委与市监察局合署办公，成立党风廉政建设室。至2010年，经过近20年的发展，形成比较完善和规范的党风廉政建设工作机制，工作成效较为明显。
领导干部廉洁自律
1993年，根据中央纪委《关于党政机关县（处）级以上领导干部廉洁自律“五条规定”的实施意见》和省纪委关于贯彻执行《党政机关县（处）级以上领导干部廉洁自律“五条规定”的实施意见》，县（市、区）和市直县级以上领导班子召开专题民主生活会，围绕领导干部廉洁自律有关问题进行自查自纠。重点对领导干部在各类经济实体中兼职、高息集资、违规购买轿车等问题进行清理。1994年，重点把县（处）级领导干部购买更新豪华小汽车、个人借欠挪用公款和节日期间党风廉政建设等问题列入领导干部廉洁自律的重要内容进行检查。1995年，根据中共中央办公厅有关文件精神，市委制定《济宁市领导干部生活重大事项申报制度》《济宁市领导干部公务活动中接受礼品登记制度》《民主评议领导干部廉洁自律情况制度》等三项制度规定，领导干部廉洁自律对象扩大到县（市、区）直属机关的科级干部、乡镇领导干部和基层站所负责人，以及国有企事业单位领导干部。1996—1997年，重点查处超标准住房、多占住房、违规购车、收受礼品等问题，压缩和取消会议和检查评比、达标活动，减少公款招待和公款出国，三项制度得到较好落实。1998年，重点落实中央《关于党政机关厉行节约制止奢侈浪费行为的若干规定》《中国共产党党员领导干部廉洁从政若干规定（试行）》。市纪委会同市经贸委制定《国有企业领导干部廉洁自律工作意见》，此后每年坚持促进国有企业领导干部的廉洁自律。2000年，围绕中央纪委提出的领导干部廉洁自律“六个不准”，对厅级领导干部的配偶、子女经商办企业情况和担任外商独资企业或中外合资企业由外方委派、聘任的高级职务问题，用公款为领导干部住宅配备电脑的问题和党政机关借用小汽车问题进行清理。结合警示教育，制发《党员领导干部廉洁自律行为规范》警示牌和《国有企业领导干部廉洁自律行为规范》警示牌，制定《关于加强领导干部“八小时以外”活动监督的意见》，强化对领导干部“八小时以外”活动的监督。2001年，继续加大监督检查力度。认真落实领导干部不准收受有关单位和个人的现金和有价证券的规定、领导干部参加健身活动的规定、领导干部出国访问的规定、领导干部离退休后从业行为的规定、领导干部配偶、子女从业规定和领导干部乘车规定等。2002年，根据省纪委的统一部署，全市党政机关工作人员借用公款问题进行全面清理，会同财政、审计等部门制定下发《加强个人借用公款管理暂行规定》。同时，针对基层党风廉政建设的实际，制定印发《济宁市乡镇党员领导干部廉洁从政若干规定（试行）》和《济宁市村级干部廉洁自律若干规定（试行）》，有效解决乡镇干部“走读”问题。2003年，认真落实中央纪委二次全会提出的“不准领导干部干预和插手工程项目招投标、经营性土地挂牌出让和房地产开发等市场经济活动”的规定。督促有关部门严格执行招投标法和国有土地使用权招标拍卖挂牌出让制度。继续对市区内各大商场进行明查暗访，代币购物券（卡）问题进行清查。开展清理违规用公款为个人购买商业保险工作。2004年，根据中央纪委关于下“重药”狠刹几股歪风的要求，市纪委印发《关于严肃纪律狠刹几股歪风的通知》，对奢侈浪费、收送钱物、党员干部参与赌博和婚丧嫁娶大操大办、借机敛财进行重点整治。按照中央纪委、中央组织部的统一部署，对全市科以上党政干部兼任企业职务的问题进行清理。2005年，市委、市政府下发《关于切实解决领导干部廉洁自律方面突出问题的规定》，即“十个不许”的规定，节日期间，市纪委抽调专人组成检查组，对县（市、区）和贯彻落实“十个不许”规定的情况进行专项检查。按照省纪委的统一安排，集中三个月时间，对全市党政机关、事业单位虚报冒领工资补贴问题进行清理，对相关违纪人员进行处理。2006年，继续对违反领导干部廉洁自律有关规定的问题进行查处。对全市国家机关工作人员和国有企业负责人投资入股煤矿问题和对领导干部违规建购干部职工住房问题进行清理纠正。2007年，认真落实《关于严格禁止利用职务上的便利谋取不正当利益的若干规定》和《济宁市党员领导干部廉洁从政十条规定》，推进公务用车定编配备和使用管理以及市级机关公务通讯费管理方式改革，纠正党政机关违规建设办公楼等楼堂馆所问题，继续清理公务员在企业兼职问题。2008年，印发《关于进一步落实党风廉政建设责任制的通知》，制定《济宁市党风廉政建设责任制责任追究办法》，与县级领导班子签订责任书，建立领导干部廉政档案。由市委常委带队对落实党风廉政建设责任制情况进行检查考核。继续加大落实廉洁从政规定的监督检查工作力度，对各类违规行为进行查处。2008年2月，出台《济宁市国家工作人员十个不准》和《济宁市国家工作人员十个不准实施细则》，规范行为，严格督导落实。2009年，组织开展廉洁自律专项清理，对公务用车、公款消费、因公出国等“三公问题”进行了重点清理。2010年，认真落实领导干部报告个人有关事项的规定。按照党政机关厉行节约有关要求，严把公务用车审批。对党政机关事业单位、国有企业和社会团体“小金库”开展专项治理。
2007年4月20日，全市工商行政管理系统党风廉政工作暨“二十条规定”落实年动员会议召开。
基层党风廉政建设
2006年，市纪委、监察局制定《关于充分发挥职能作用为建设社会主义新农村提供服务和保障的意见》，严厉查处农村基层领导干部违纪违法案件。加强对国有企业反腐倡廉工作的组织协调和监督检查。2008年，召开农村基层党风廉政建设现场会，强化对农村集体资金、资产、资源的管理，推行驻村廉政监督员、农村财务委托代理和村级重要经济事项招投标制度，查处农村基层党员干部违纪违法案件379件。2009年，开展“农村基层党风廉政建设示范村”创建活动。出台《市管企业负责人薪酬管理暂行办法及实施细则》和《市管企业国有资产损失责任追究暂行办法》。2010年，开展示范村创建活动，创新农村集体资产、资金、资源监管模式。
党风廉政建设责任制
1999年，中共中央出台《关于实行党风廉政建设责任制的规定》，济宁市研究制定《关于落实党风廉政建设责任制的实施细则》《党风廉政建设责任制考核办法》《领导班子、领导干部党风廉政建设责任制考核标准》《中共济宁市委关于建立党政机关县（处）级领导干部民主评廉制度的（试行）意见》，市直部门单位和12个县（市、区）也都制定落实党风廉政建设责任制的实施细则或办法。2000年1月，对全市145个单位的1476名县（处）级领导干部，第一次组织进行“1999年度落实责任制情况考核”，对1476名县（处）级领导干部廉洁自律情况进行评议，对6名考核为“不合格”的领导干部分别进行诫勉、组织处理或调查处理，对2个“差”档次的领导班子分别实行集体诫勉，对被评议为“差”档次的6名领导干部进行组织处理，对被评议为“一般”及以下档次的6名领导干部，按照规定取消评先树优资格。此后每年由市纪委组织对全市县级领导班子和县处级领导干部落实党风廉政建设责任制的情况进行考核，对违反党风廉政建设责任制规定的领导干部进行责任追究。考核结果作为领导班子和领导干部评先树优、提拔重用的重要依据。
2008年2月19日，兖矿集团公司党风建设和反腐倡廉工作会议召开。
党内监督和民主监督
2003年，按照中央纪委二次全会要求，制定《关于建立党政主要领导述职述廉制度的意见（试行）》，在全市逐步开展领导干部述职述廉工作，全市共有党政“一把手”1109人进行述职述廉。市纪委常委同12个县（市、区）党政主要负责同志和市直部门主要负责人共34人进行廉政谈话，组织对确定提拔和调整职务的1078人进行任前廉政谈话。此后每年坚持执行廉政谈话、诫勉谈话、述职述廉、民主评廉等制度，有效增强领导干部的廉洁自律意识，促进领导干部的廉洁从政。
干部作风建设
2008年，召开全市干部作风建设大会，对全年党员干部作风建设工作进行安排部署，并确定“深化‘三学三创’、干部作风建设年”的活动主题。开展十佳十差中层干部评选活动。此后每年年初召开全市党员干部作风建设大会，2009年、2010年分别组织开展“跨越发展从我起步、转变作风从我做起”主题活动和开展“效能建设年”主题活动。经过3年坚持不懈的整改，济宁市干部作风明显好转，行政效能明显提升，发展环境进一步优化。