1990年1月至2010年12月，经历第七、八、九、十、十一届济宁市纪委换届选举，并进行几次较大的机构变革，机构设置更加合理。
1993年6月，市纪委、监察局合署办公，实行一套机构、两个机关名称的体制。原内设机构16个部门，合署后设12个室。具体设置是：将两机关职能相近的13个部门合并组建为办公室、研究室、案件审理室、信访室（举报中心）、纪检监察一、二、三室7个部门；保留干部管理室（原干部科）、执法监察室（原执法监察科）、宣传教育室（原教育室）3个部门；新设立监察综合室、党风廉政建设室2个部门。增设秘书长1人；原设在市纪委的济宁市党风廉政建设领导小组办公室和设在市监察局的市政府纠正行业不正之风办公室继续保留，其工作由党风廉政建设室承担。
2008年9月7日，济宁市纪念党的纪律检查机关恢复重建30周年大型文艺晚会举行。
1998年7月6日，设立济宁市行政机关办事效率投诉中心。投诉中心为副县级全额拨款事业单位，编制10人，设主任1人、副主任2人，隶属市监察局领导。内设投诉一科、投诉二科。主要受理、调查和处理对全市行政机关、司法机关及其工作人员有关依法办事、工作作风、办事效率问题的投诉等工作。设立济宁市纪委机关后勤服务中心，为科级事业单位，编制4人，配备科级干部1人。主要负责机关后勤服务等工作。 2004年12月，设立政策法规室，与案件审理室一室两牌，增配副主任1名。 2005年8月，在市行政机关办事效率投诉中心加挂“市纠正部门和行业不正之风室”的牌子，同时为政府纠正部门和行业不正之风工作领导小组的办事机构，增加全额预算管理事业编制3人，主任由监察局长兼任，配备副主任2人（副县级）。 2006年8月，市委办公室、市政府办公室印发《中共济宁市纪律检查委员会机关济宁市监察局主要职责、内设机构和人员编制方案》，对市纪委、市监察局的主要职责、内设机构和人员编制进行重新确定，设办公室、监察综合室、研究室、干部管理室、宣传教育室、案件审理室、信访室、党风廉政建设室、执法监察室、纪检监察一、二、三室等12个职能室以及济宁市行政机关办事效率投诉中心和市纪委机关后勤服务中心两个事业机构。 2009年11月，济宁市印发《关于对市纪委（监察局）派驻机构实行统一管理的实施意见》，就派驻纪检监察机构统一管理、干部任免交流等工作作出规定，除公检法司等少数部门继续保持原有派驻模式外，对派驻市直66个部门的纪检监察机构实行收归市纪委监察局集中统一管理的模式。共设立8个派驻纪检组（监察室），单列编制72人，每个纪检组（监察室）设组长兼主任1人，由正县级领导干部担任；设副组长兼副主任3人，由副县级领导干部担任；配备正副县级、正副科级纪律检查员，纪检组、监察室合署办公。市纪委监察局对派驻机构的业务工作、机构编制、干部管理、办公场所、财政经费和后勤保障实行统一管理。其他没有实施统一管理的部门、单位，纪检监察体制不变。 2010年8月，市纪委（监察局）纪检监察三室加挂案件管理室牌子。10月，正式设立案件监督管理室，配备主任、副主任各1人。市纪委（监察局）纪检监察三室不再保留原加挂的案件管理室牌子。同年，原来合署办公的市行政机关办事效率投诉中心与市纠正部门和行业不正之风室分设，市行政机关办事效率投诉中心加挂市行政效能监察室牌子，市纠正部门和行业不正之风室更名为市纠正部门和行业不正之风办公室，承担市政府纠正部门和行业不正之风工作领导小组的日常工作，内设纠风科，不再保留综合科、投诉一科、投诉二科。
1998年7月6日，设立济宁市行政机关办事效率投诉中心。投诉中心为副县级全额拨款事业单位，编制10人，设主任1人、副主任2人，隶属市监察局领导。内设投诉一科、投诉二科。主要受理、调查和处理对全市行政机关、司法机关及其工作人员有关依法办事、工作作风、办事效率问题的投诉等工作。设立济宁市纪委机关后勤服务中心，为科级事业单位，编制4人，配备科级干部1人。主要负责机关后勤服务等工作。 2004年12月，设立政策法规室，与案件审理室一室两牌，增配副主任1名。 2005年8月，在市行政机关办事效率投诉中心加挂“市纠正部门和行业不正之风室”的牌子，同时为政府纠正部门和行业不正之风工作领导小组的办事机构，增加全额预算管理事业编制3人，主任由监察局长兼任，配备副主任2人（副县级）。 2006年8月，市委办公室、市政府办公室印发《中共济宁市纪律检查委员会机关济宁市监察局主要职责、内设机构和人员编制方案》，对市纪委、市监察局的主要职责、内设机构和人员编制进行重新确定，设办公室、监察综合室、研究室、干部管理室、宣传教育室、案件审理室、信访室、党风廉政建设室、执法监察室、纪检监察一、二、三室等12个职能室以及济宁市行政机关办事效率投诉中心和市纪委机关后勤服务中心两个事业机构。 2009年11月，济宁市印发《关于对市纪委（监察局）派驻机构实行统一管理的实施意见》，就派驻纪检监察机构统一管理、干部任免交流等工作作出规定，除公检法司等少数部门继续保持原有派驻模式外，对派驻市直66个部门的纪检监察机构实行收归市纪委监察局集中统一管理的模式。共设立8个派驻纪检组（监察室），单列编制72人，每个纪检组（监察室）设组长兼主任1人，由正县级领导干部担任；设副组长兼副主任3人，由副县级领导干部担任；配备正副县级、正副科级纪律检查员，纪检组、监察室合署办公。市纪委监察局对派驻机构的业务工作、机构编制、干部管理、办公场所、财政经费和后勤保障实行统一管理。其他没有实施统一管理的部门、单位，纪检监察体制不变。 2010年8月，市纪委（监察局）纪检监察三室加挂案件管理室牌子。10月，正式设立案件监督管理室，配备主任、副主任各1人。市纪委（监察局）纪检监察三室不再保留原加挂的案件管理室牌子。同年，原来合署办公的市行政机关办事效率投诉中心与市纠正部门和行业不正之风室分设，市行政机关办事效率投诉中心加挂市行政效能监察室牌子，市纠正部门和行业不正之风室更名为市纠正部门和行业不正之风办公室，承担市政府纠正部门和行业不正之风工作领导小组的日常工作，内设纠风科，不再保留综合科、投诉一科、投诉二科。