国民经济核算体系实施
20世纪90年代，国家统计局遵照国务院《关于加强统计工作的决定》，制定《中国国民经济核算体系（1992）》（试行方案），济宁市统计局实施省统计局制定的《国内生产总值统计报表制度》，分年报和季报表两部分。2002年，国家统计局正式发布实施《中国国民经济核算体系（2002）》。2003年一季度起，配合新的国民经济行业分类的实施，对2003年国内生产总值季度报表制度作出相应调整，部分行业统计口径发生变化。农林牧渔业、工业和农林牧渔服务业执行新的国民经济行业分类，其他行业仍维持原有行业名称及分类标准不变，三次产业名称及所属行业也维持不变。2004年，国内生产总值指标，省、市、县统一更改为地区生产总值指标名称。
农林牧渔业统计
20世纪90年代，为适应社会主义市场经济体制需要，国家统计局要求贯彻执行新国民经济核算体系，农村统计报表又有新的变化，在原有农业生产和基本情况报表的基础上，统计部门新增加农村统计综合年报8种，报表名称：《现价农村社会总产值》《农业增加值》《农业净产值》《农村经济收入分配和效益》《县（市）农村社会经济基本情况年报》《沿海开放县和农副产品出口生产基地农村社会经济卡片》。2000—2010年，增加《乡村社会经济基本情况年报》，其中《乡、建制镇基本情况》含乡镇基本情况、人口与就业、农业生产情况、企业情况、乡镇机构、财政收支与债务、固定资产投资额等7大类60个指标；《村基本情况年报》含村基本情况、耕地与农业用地情况、村集体资产情况、社会保障情况4大类30多个指标。
工业统计
20世纪90年代，伴随国民经济迅速发展和经济体制改革的深化，国家统计局要求建立第三产业产值统计，在工业统计年报中建立工业增加值统计。在工业定期月报统计方面，增加经济效益指标，工业增加值、净产值、工业企业按总产值、固定资产原值、利税总额和职工人数分组等报表指标体系，并采用微机处理，实行超级汇总，年报开始使用1990年不变价格；从1998年起，国家统计局开展全国5000户联网直报工作，选择济宁市兖矿集团、如意科技集团、山推股份有限公司、太阳纸业股份公司、菱花集团、鲁抗集团、中银电化股份有限公司等37家重点企业加入全国5000户联网直报行列。2000年3月，根据统计改革和发展需要，市统计局开发联网直报软件，先后对济宁市直属企业和市中区、曲阜市、邹城市、嘉祥县、泗水县5县（市、区）规模以上工业企业开展联网直报培训，开始实行企业联网直报试点。2005年10月，国家及山东省统计局布置在全国大中型企业中开展工业企业联网直报工作，在原来37家的基础上，扩大到159家大中型企业执行联网直报制度。
能源统计
能源统计工作从1990年开始。能源统计报表有季报、半年报、年报；报表主要内容有工业企业能源购进、消费及库存，重点工业企业能源加工转换，工业企业取水量，重点工业企业单位产品能源消耗量等。从2005年起，编制地区能源平衡表列入能源统计制度，每半年上报一次地区能源平衡表。2005年，开展节能降耗统计工作，济宁市有9家企业进入全国1000户重点用能企业的监测范围，72家企业进入全省1000户重点用能企业的监测范围，济宁市统计局、济宁市经贸委定期对县（市、区）及重点用能企业实行能源公报制度，为全市节能降耗工作服务。
固定资产投资统计
1991年后，固定资产投资统计报表制度更加完善，形成以投资效果为中心，全面反映投资过程和结果的指标体系。其内容包括固定资产建设项目、固定资产投资价值量、新增生产能力（或效益）、房屋建筑面积、投资效果等各个方面。1993年，各级综合统计部门将基层单位上报的数据全部输入电子计算机储存，运用计算机超级汇总，以电传或报送磁盘的方式取代了综合统计表式报表，并可根据需要，通过计算机加工整理各种数据，随时提取。2001年，减少了基本建设大中型和更新改造限额以上项目指标。2003年，投资报表范围由县以上扩大到农村计划总投资50万元以上项目。2008年，增加期末项目建设、城乡分组和农村项目类别指标。
房地产开发统计
1995年，房地产开发统计正式列入统计年报。2005年前，统计报表制度中，房地产开发统计报表制度不是独立的，包含在固定资产投资统计报表制度中。2005年，国家统计局正式建立房地产开发统计制度。基层年报表有《法人单位基本情况》《产业活动单位基本情况》《房地产开发企业（单位）财务状况》《房地产开发企业（单位）投资、资金和土地情况》《房地产开发企业（单位）施工、销售和空置情况》及《联网直报房地产企业法人单位基本情况》6种。
国内贸易统计
1992年，商业统计形成更加完善的统计指标体系，贸易统计形成包括商品流转、商业经济效益和商业机构人员3部分，共22种统计报表的一套统计指标体系，分为综合统计报表和企业统计报表两部分。此后，各类报表的上报方式均采用电子邮件上报。1998年，国家统计局对限额标准再次调整，批发业年销售额2000万元及以上，零售业年销售额500万元及以上，餐饮业年营业额200万元及以上纳入统计范围。2003年，增加《限额以上批发零售贸易企业主要经济指标》（季报）。2004年，年报表式均以《第一次全国经济普查方案》为准，即以经济普查的数据代替年报数据。2009年，随着成品油消费的快速增长，成品油消费正式纳入报表制度。
外经外贸统计
1991年后，国际经济交往进一步扩大，三资企业发展迅速，引进项目成倍增加，外经统计工作取得突破性进展。1992年起，济宁市执行山东省统计局制定的《外向型经济统计报表制度》，分利用外资、对外贸易、国际旅游3部分。1996年起，《外商投资企业主要经济指标》（季报）取消主营业务成本、营业税金及附加费、应交增值税、增加资产总额、负债总额、实交税金及附加费。1998—2010年，除2002年增加《世界500强在鲁直接投资企业主要经济指标》（年报、综合表、基层表）外，利用外资、对外贸易、国际旅游、外商投资企业统计等其他报表仍继续沿用，未作改动。
劳动工资统计
1991年，济宁市劳动工资统计以国家统计局颁发《关于工资总额组成的规定》，作为工资总额统计范围的主要依据。1998年，在劳动统计领域实施方法、制度改革，把月报、季报、年报，改为季报、年报；调查方法由全面报表制度，改革为年报，实行全面统计，季报实行“全面布置、抽样汇总、满足三级需要”。2005年，按省统计局统一部署，劳动统计方法制度进一步改革，劳动统计的范围为城镇全部独立核算单位，即国有单位、城镇集体单位和股份合作、联营、有限公司、股份公司以及三资企业等其他类型的混合型单位，2008年扩大到民营单位。
科技统计
1991年，为了实现政府统计部门与业务主管部门科技统计数据兼容，提供全社会综合的科技投入产出数据，组织实施了科技统计年报表制度，由大中型工业企业、高等院校、科委系统、国防科工委系统执行，报表内容包括县属以上科学研究与开发机构、人员、经费、课题与项目、成果、科技概况等。2004年，工业企业科技统计列入全国第一次经济普查，2005年，以政府统计部门为主体的科技统计体系逐步建立、完善。执行的科技统计报表制度有《科技综合统计制度》《规模以上工业企业科技活动统计报表制度》《软件开发单位科技统计报表制度》《重点企业科技活动情况年快报制度》《高新技术产业综合统计报表制度》《重点企业科技活动情况年快报》。