1995年9月前，济宁市无卫生检疫机构，出入境人员健康体检、出入境货物及交通工具等的卫生检疫需要到济南等地市办理。1995年9月，中华人民共和国济宁卫生检疫局成立。
出入境人员健康检查及预防接种
1995年9月至1999年“三检合一”前，累计进行出入境人员健康体检2094人次。其中，出国人员1827人，外籍人员167人，发现传染病患者14人。同时，根据出国人员前往国家的不同，有针对性地对黄热病、霍乱、疟疾等传染性强、危害性大的疾病采取疫苗注射、预防性服药的方法进行预防，累计注射黄热病疫苗60人次、霍乱疫苗1798人次，发放抗疟药752盒、脊灰糖丸36人份。
2001年12月1日，济宁出入境检验检疫局首次参加地方组织的艾滋病宣传日活动，制作宣传展牌8块，发放宣传材料300余份、安全套100余盒，对前来参观的群众进行艾滋病预防等有关知识的宣传。此后，每年12月1日，济宁检验检疫局都以会员单位的身份组织检疫人员参加济宁市政府、卫生局、计划生育委员会等部门开展的世界艾滋病日宣传活动。2002年1月11日，济宁出入境检验检疫局投资20万元建立的艾滋病初筛实验室通过国家质检总局专家组的考核验收。2002年3月17日，济宁出入境检验检疫局国际旅行卫生保健中心，在出入境健康体检人员中，开展了近一年的艾滋病相关知识问卷调查活动。2003年8月，济宁出入境检验检疫局艾滋病初筛实验室首次从归国人员中检出1例艾滋病病毒感染疑似病例，经北京国际旅行卫生保健中心艾滋病确认实验室确认，为艾滋病病毒感染者。在全国检验检疫系统艾滋病筛查实验室能力验证2004年度考核中，取得全系统第147名，居全省第1名。
2002年初，自筹资金100余万元，购置大型X光机、洗片机、生化分析、酶标仪、尿液分析仪和离心机等必备仪器设备，建立艾滋病初筛实验室、免疫室、生化实验室和放射科。同年10月，山东检验检疫系统国际旅行卫生保健中心工作会议在济宁召开，济宁检验检疫局作典型发言。
2003年4月27日，济宁检验检疫局成立防治非典型肺炎领导小组，下设5个办事小组，实行24小时值班，加强疫情报告，实行“零报告制度”。5月16日，山东检验检疫局将2台红外线快速体温检测设备捐赠给济宁市。同年9月，市政府为济宁检验检疫局记集体二等功，并被评为防治“非典”工作先进集体。
2005年8月25日，济宁出入境检验检疫局保健中心，按照山东局《关于全省保健中心整合工作的通知》要求，对保健中心进行规范化建设与改造，添置部分仪器设备，配备相应专业技术人员，达到国家局相关标准，顺利通过国家局专家组验收考核，成为济宁、菏泽和枣庄等地区唯一国际旅行卫生保健中心。11月9日，济宁保健中心成为首批达标单位，并正式成为山东国际旅行卫生保健中心济宁分中心。
进出口货物检疫查验
1995年9月至1999年，检疫查验进出口货物6500.95吨，货值756.66万美元。进口主要是食品包装容器、食品工具设备类及进口废纸；出口货物共计671.71吨，以饼干、甜菊糖为主。
济宁国际旅行卫生保健中心服务大厅 （2009年摄）
媒介生物本底调查
1998年，根据上级要求，济宁卫检局对公路、铁路口岸的鼠、蝇密度和种群构成进行调查。1999年，对媒介生物本底调查计划和方案进行完善和补充，因地制宜，因陋就简，开展对蚊虫密度调查工作。制作成蚊标本53只，并对1998年的鼠、蝇密度和种群构成分别制作密种群构成图，进一步充实媒介生物标本室，完善本底调查工作，为内陆直通式口岸开展卫生检疫业务和传染病防治提供科学依据。
卫生除害处理
2000年3月7日，为加强济宁辖区检验检疫卫生除害处理的监管，济宁检验检疫局建立健全卫生除害处理各项管理、规章制度和技术操作规范，对出入境货物卫生除害处理工作进行指导和管理。2003年10月3日，济宁检验检疫局综合技术服务中心经山东检验检疫局考核合格，取得卫生除害处理单位注册证书。2004年7月1日，济宁检验检疫局根据《ISO9001：2000质量管理体系》要求，建立卫生除害处理质量管理体系。2005年3月10日，对辖区内3家生产出境木质包装企业，实施备案管理，并通过山东检验检疫局检查验收，获得出境货物木质包装标识加施资格。
济宁出入境检验检疫局开展《中华人民共和国食品安全法》宣传活动现场 （2009年摄）
