1996年前，济宁市无出入境动植物检疫管理机构。1996年12月26日，中华人民共和国济宁动植物检疫局成立，主管济宁市出入境动植物检疫工作。至1999年11月16日“三检合一”，累计完成动植物及其产品检疫3373批，检疫货值1.05亿美元，对济宁辖区110家内从事动植物产品生产、加工存放企业进行检疫注册，对473个批次、3.7万吨货物进行检疫处理。共检出不合格货物75批、2698吨，不合格木包装4批计517件。从进境货物中检出“吉丁虫幼虫”“白蚁”等12种害虫。出境货物主要集中在大蒜、花生、淀粉、粉丝等产品上，从出境货物中检出“韭蛆”“齿虫目”“印度谷蛾”等17种害虫。1999年“三检合一”后，动植物检验检疫业务统一由济宁出入境检验检疫局管理。
2000—2010年，检疫进境木质包装3461批、5.41万件，检出不合格721批。其中，对一批不合格的木质包装因携带步甲、薪甲、郭公虫、蜘蛛、家蝇、霉菌和旧木质包装等进行熏蒸处理或焚烧处理；对79批无IPPC标识的木质包装进行焚烧处理，并对相关企业进行行政处罚。其中，2000年2月14日，对来自日本的2个集装箱的无木质包装货物检疫时发现大量针叶类木质包装和隐翅甲，检疫人员对污染环境进行全面消毒。对企业提交有关证单审核时，发现企业补交的日本官方“热处理证书”日期（2月12日）晚于到青岛港日期（2月9日），对企业进行行政处罚，其案例作为山东局优秀案例展览。2003年，从印尼进口的一个集装箱的货物木包装中截获滑刃线虫，这是济宁检验检疫局首次从木质包装中截获活体线虫，对木包装进行焚烧处理。2005年4月1日，济宁检验检疫局制定《出境货物木质包装检疫处理管理办法》，对出境货物木质包装处理开发研制出电子远程监控，达到省级先进水平，受到省局表彰。2006年1月1日起，济宁检验检疫局根据质检总局〔2006年〕第2号公告精神，加大对进境木质包装IPPC标识规范性查处和处罚力度。2007年，从来自马来西亚的一批141.12吨天然橡胶中，检出一头二类检疫对象双钩异翅长蠹，对该批货物严格实施卫生除害处理。
进出境动物及其产品检验检疫
济宁进出境活动物，主要有供港澳活牛、进口种鸡、种鸭等。种鸡进口主要是济宁祖代鸡厂进口祖代鸡苗，种鸭主要由济宁市罐头食品总厂进口英国樱桃谷父母代种鸭。出口产品主要有肉类、水产品、蛋品、肠衣等。2000—2004年，检验检疫港澳活牛414批、8161头，货值447.23万美元，为山东出口活牛第一大市。肉类主要有猪肉、牛肉、羊肉、兔肉、鸡肉、鸭肉等肉类，主要市场为东欧、东南亚、中东、日本及中国香港。兖州肉联厂20世纪90年代对俄罗斯出口“春宝”牌猪肉，年出口量7000多吨，用火车专列发货，俄罗斯兽医官常往返中俄为中国出口肉类兽医卫生证书“背书”。泗水三英肉制品有限公司作为江北第一家乳猪生产企业，获得新加坡出口资格并出口。1998年，泗水圣昌肉制品有限公司代表中国兔肉行业通过欧盟复关检查，当年实现出口兔肉7000多吨，创历史奇迹。1998年后，曲阜恒达食品有限公司出口对朝援助四分体、二分体猪肉。兖州嘉隆食品有限公司是济宁市鸡肉的主要出口企业，济宁市汇发畜禽有限公司是济宁市第一家鸭肉出口企业。20世纪90年代初，济宁有多家肠衣供货企业，1997年兖州豪联肠衣有限公司成功在欧盟注册并一直稳定出口，最高年份出口380吨。济宁市出口俄罗斯羊肉，在没有证书模版，双方国家没有协定的情况下，济宁检验检疫局一个一个字母地敲出了证书模版，使泗水馨佳食品有限公司当年出口羊肉3400吨，开创中国出口羊肉的历史。济宁市出口的水产及制品有淡水小龙虾、田螺肉、山根鱼、麦穗鱼、斑点叉尾鮰鱼、泥鳅、黑鱼等，深海捕捞加工水产主要是鳕鱼、螃蟹等，主要市场为欧盟、日本、美国等；小龙虾出口年份最高4800多吨，4家在欧盟、美国注册企业，成为全省出口高端淡水产品的亮点。扶持曲阜恒运食品有限公司开展远洋捕捞产品加工，成为全国首家加工深海水产品的内陆企业，年加工出口鳕鱼、鱿鱼、红鱼等价值3000多万美元产品。“青岛皮蛋济宁产”，著名的青岛皮蛋因从青岛装船出口而得名。微山、鱼台、梁山是青岛皮蛋的主要产地，最多时出口加工厂13家。
济宁市出口动物产品主要有肉类、水产品、蛋品、肠衣等。图为济宁出入境检验检疫局工作人员现场指导肠衣生产企业出口。（2010年摄）
出境植物及其产品检验检疫 济宁市出口植物产品主要品种为大蒜、洋葱、花生及制品、脱水蔬菜、冷冻果蔬、牛蒡、莲藕、木制品、柳草及制品等。1995年后，济宁市出口大蒜一直位居全国首位，占全国出口量的50%，高峰时期年出口量超过82万吨。大蒜的主要产地为金乡县，带动山东、河南、江苏、云南、安徽、新疆等地大蒜出口。花生曾是济宁市重要出口产品，高峰年份出口量7万多吨，主要出口单位有济宁粮油进出口公司、泗水外贸公司、兖州源泉花生厂、邹城大厂花生加工厂、泗水慧丰花生有限公司等，主要对俄罗斯、欧盟、日本出口花生仁、花生果、脱皮花生仁等。2003年前，大蒜、洋葱的检验主要在田间地头、开放式敞棚、马路两侧。2003年后，济宁市检验检疫局开始接受出口蔬菜加工企业申请。2003年6月22日，经过检验检疫人员培训，济宁首批11家出口保鲜菜卫生登记企业通过评审，结束了济宁局出口保鲜菜加工无固定加工地点的局面。同时，出口大蒜等保鲜菜基地通过备案。2004年5月，济宁检验检疫局对出口保鲜菜改革检验检疫模式，建立出口大蒜风险分析制度，根据不同加工企业情况，分A、B、C、D类。2005年9月，印度农业部发布通知，称在进口中国大蒜中发现真菌，为防止真菌扩散和避免由此造成的损失，印度政府决定停止进口中国大蒜。2005年10月，国家质检总局正式印发《关于对出口蔬菜种植基地实行检验检疫备案管理的通知》，决定对出口蔬菜种植基地正式实施检验检疫备案管理。2006年，组织大蒜葱地种蝇和花生黄曲霉毒素田间调查，首次监控到国家重点实蝇检疫对象。从212批进境动植物及产品中38次检出一般性害虫，检出率18%。2008年，简化济宁大蒜、洋葱企业备案条件，促进当地大蒜企业的发展，出口大蒜洋葱企业达125家。影响大蒜出口主要因素为害虫、熏蒸、反倾销等因素。2004年，济宁市9家企业出口胶合板、木制筷子、牙签家具、木地板、木拖鞋货值1382多万美元。出口到美国、日本和欧洲。2007年，出口竹木草制品企业26家，出口额2060.5美元，主要出口产品有胶合板、木门、画框、木屏风和草柳编等。其中输美胶合板出口占92%，2家企业出口柳编制品货值3.7万美元。出口到美国、欧盟等地。2010年，出口企业42家，出口胶合板、草柳制品、家具、画框、木地板等产品，主要出口到欧盟、美国、东南亚和中东地区，出口货值3620万美元。其中，7家草柳制品企业出口920万美元。 深加工产品（食品）检验检疫 济宁市动植物深加工产品出口主要有味精、粉条、方便面、罐头、浓缩骨汤、果蔬汁、白酒及食用酒精。味精出口始于1999年，逐渐成为全国味精出口前三名。粉条出口韩国等20多个国家或地区，泗水淀粉厂（后改为泗水利丰食品有限公司）占领韩国40%以上的进口市场。方便面主要市场为俄罗斯，年出口约1500吨。罐头出口主要有蘑菇、芦笋、黄白桃、山楂等种类，主要市场为日本、欧盟、中东、美国等，最高年份出口近1万吨。梁山天威食品有限公司出口的浓缩牛骨汁（含牛肉罐头）深受韩国客商欢迎，2003—2008年，最高年出口量479.6吨，后因个别企业产品被检出克伦特罗，韩国对中国全面封关而暂停。金乡金德果蔬有限公司高峰年份出口日本胡萝卜汁800多吨，成为该产品对日本最大出口商。低度白酒主要出口韩国、美国市场，主要由孔府家酒、孔府酒坊出口，最高年份出口400多吨，出口量位居全国第一。
出境植物及其产品检验检疫 济宁市出口植物产品主要品种为大蒜、洋葱、花生及制品、脱水蔬菜、冷冻果蔬、牛蒡、莲藕、木制品、柳草及制品等。1995年后，济宁市出口大蒜一直位居全国首位，占全国出口量的50%，高峰时期年出口量超过82万吨。大蒜的主要产地为金乡县，带动山东、河南、江苏、云南、安徽、新疆等地大蒜出口。花生曾是济宁市重要出口产品，高峰年份出口量7万多吨，主要出口单位有济宁粮油进出口公司、泗水外贸公司、兖州源泉花生厂、邹城大厂花生加工厂、泗水慧丰花生有限公司等，主要对俄罗斯、欧盟、日本出口花生仁、花生果、脱皮花生仁等。2003年前，大蒜、洋葱的检验主要在田间地头、开放式敞棚、马路两侧。2003年后，济宁市检验检疫局开始接受出口蔬菜加工企业申请。2003年6月22日，经过检验检疫人员培训，济宁首批11家出口保鲜菜卫生登记企业通过评审，结束了济宁局出口保鲜菜加工无固定加工地点的局面。同时，出口大蒜等保鲜菜基地通过备案。2004年5月，济宁检验检疫局对出口保鲜菜改革检验检疫模式，建立出口大蒜风险分析制度，根据不同加工企业情况，分A、B、C、D类。2005年9月，印度农业部发布通知，称在进口中国大蒜中发现真菌，为防止真菌扩散和避免由此造成的损失，印度政府决定停止进口中国大蒜。2005年10月，国家质检总局正式印发《关于对出口蔬菜种植基地实行检验检疫备案管理的通知》，决定对出口蔬菜种植基地正式实施检验检疫备案管理。2006年，组织大蒜葱地种蝇和花生黄曲霉毒素田间调查，首次监控到国家重点实蝇检疫对象。从212批进境动植物及产品中38次检出一般性害虫，检出率18%。2008年，简化济宁大蒜、洋葱企业备案条件，促进当地大蒜企业的发展，出口大蒜洋葱企业达125家。影响大蒜出口主要因素为害虫、熏蒸、反倾销等因素。2004年，济宁市9家企业出口胶合板、木制筷子、牙签家具、木地板、木拖鞋货值1382多万美元。出口到美国、日本和欧洲。2007年，出口竹木草制品企业26家，出口额2060.5美元，主要出口产品有胶合板、木门、画框、木屏风和草柳编等。其中输美胶合板出口占92%，2家企业出口柳编制品货值3.7万美元。出口到美国、欧盟等地。2010年，出口企业42家，出口胶合板、草柳制品、家具、画框、木地板等产品，主要出口到欧盟、美国、东南亚和中东地区，出口货值3620万美元。其中，7家草柳制品企业出口920万美元。 深加工产品（食品）检验检疫 济宁市动植物深加工产品出口主要有味精、粉条、方便面、罐头、浓缩骨汤、果蔬汁、白酒及食用酒精。味精出口始于1999年，逐渐成为全国味精出口前三名。粉条出口韩国等20多个国家或地区，泗水淀粉厂（后改为泗水利丰食品有限公司）占领韩国40%以上的进口市场。方便面主要市场为俄罗斯，年出口约1500吨。罐头出口主要有蘑菇、芦笋、黄白桃、山楂等种类，主要市场为日本、欧盟、中东、美国等，最高年份出口近1万吨。梁山天威食品有限公司出口的浓缩牛骨汁（含牛肉罐头）深受韩国客商欢迎，2003—2008年，最高年出口量479.6吨，后因个别企业产品被检出克伦特罗，韩国对中国全面封关而暂停。金乡金德果蔬有限公司高峰年份出口日本胡萝卜汁800多吨，成为该产品对日本最大出口商。低度白酒主要出口韩国、美国市场，主要由孔府家酒、孔府酒坊出口，最高年份出口400多吨，出口量位居全国第一。