1977年4月，中华人民共和国青岛进出口商品检验局济宁商品检验处（简称济宁商检处）开始筹建。1978年1月，济宁商检处正式对外办理商检业务，是山东省继青岛、济南、烟台之后设立的第四个进出口商品检验机构，主管济宁地区、菏泽地区、枣庄市三地市的进出口商品检验工作。1985年11月，更名为济宁进出口商品检验局，简称济宁商检局。
济宁出入境检验检疫局开展“实验室开放日”活动。图为群众代表在医学实验室参观。 （2010年摄）
1995年9月，济宁卫生检疫局成立，主要负责出入境人员、交通工具、集装箱及可能传播疫病的行李、货物、邮包的卫生检疫和处理等工作。1996年12月，济宁动植物检疫局成立，主管济宁市出入境动植物检疫工作。1999年11月，原济宁进出口商品检验局、济宁动植物检疫局、济宁卫生检疫局合并组建济宁出入境检验检疫局，内设办公室、政工科、财务科、检务科和卫检科、动植检科、机电轻纺化矿科等7个科室及2个实验室，主要负责济宁地区的出入境货物、人员及其交通工具的检验检疫和监督管理工作，实行由山东检验检疫局直接领导的垂直管理体制。2010年，济宁出入境检验检疫局内设办公室、综合业务科、检务科、食品卫生与动物检疫科、植物检疫科、机电化矿科、轻工纺织科、政工科、财务科等9个行政科室和综合技术服务中心、国际卫生旅行保健中心、机关服务中心等3个事业单位。建有农畜食品、羽绒、艾滋病初筛和医学实验室等4个专业实验室，其中，农畜食品和艾滋病初筛实验室为省检验检疫局重点实验室。