济宁海关成立之初，主要办理转关进出口业务，企业要在货物进境口岸海关和属地海关分别办理申报手续，所需时间较长，程序较为复杂。为提高通关效率，济宁海关积极参与海关通关业务改革，先后启动了口岸直通等通关管理模式。
口岸直通
口岸直通是一种依托内陆海关监管场站，将口岸海关未通关货物先分流到内陆场站，在内陆海关直接办理通关手续，然后企业在内陆场站提取货物的一种通关监管模式。1998年，济宁海关充分利用济宁铁路二类口岸（济宁西站）和济宁二类公路口岸（联运场站）的既有条件，继济南海关后在山东省第二家开通了口岸直通业务。经青岛海关验收审批同意后，济宁—青岛口岸直通式海关监管模式于1998年5月10日正式开通运行。口岸直通减少了通关环节，降低通关成本，提高了通关效率，促进了监管业务量的迅速增长。1998年，济宁海关监管进出口货物9.68万吨，比1997年增长550%；监管进出口货值5.81亿元，比1997年增长134%。2000年，青岛海关和山东省口岸办公室在济宁海关召开现场会，在全省积极推广应用口岸直通模式。
通关模式
“属地申报、口岸验放”是海关在转关、直通模式的基础上，依托信息化作业系统，打破监管地域限制，实现内陆企业快速通关的一种新型通关模式。在这种模式下，企业可以从内陆海关办理进出口申报，在口岸办理实货放行，减少申报环节，免去从属地到口岸之间人员往返和资料传输的不便，真正实现“把济宁推向口岸，把口岸建在济宁”，受到辖区进出口企业广泛欢迎。2004年2月，济宁海关作为首批试点单位，与黄岛海运口岸之间运行“属地报关，口岸验放”业务，实现济宁海关通关模式上的一次飞跃，促进了税收和监管业务量大幅增长。2005年，济宁海关监管进出口货值4.45亿美元，货运量31.4万吨，同比分别增长59%、154%。
“多点报关、口岸验放”通关模式是“属地报关、口岸验放”通关模式的延伸和拓展，在这一模式下，企业在青岛关区任意一个海运口岸进出口的货物，可以选择关区内任一海关报关，由申报地海关办理接单审核、征收税费等通关手续，口岸海关对货物进行实货验放。2006年5月，济宁海关派员参与《青岛海关“多点报关、口岸验放”操作规程（草案）》及《操作指引》的起草。2006年6月，济宁海关正式适用海运货物“多点报关、口岸验放”；2009年12月，根据青岛海关统一部署，济宁海关开通空运货物的“多点报关、口岸验放”。
无纸通关
无纸通关是利用中国电子口岸及现代海关业务信息化管理系统功能，改变海关验凭进出口企业递交书面报关单及随附单证办理通关手续的做法，直接对企业联网申报的进出口货物报关电子数据进行无纸审核、验放处理的通关方式。济宁海关从2005年起开始推广应用无纸通关，到2010年，济宁海关无纸通关率83.9%。
货物查验
2009年10月，济宁海关正式实施分类通关改革。分类通关是指以企业守法管理为核心，综合企业类别、商品归类、价格、许可证件、贸易国别、航线、物流信息等各类风险要素，海关作业系统对报关单电子数据进行实时风险分析，对报关单实施分类，根据风险类别分别实施“低风险快速放行”“低风险单证审核”“高风险重点审核”三种通关模式。在分类通关模式下，低风险无证无税报关单可以由计算机自动放行，海关监管场所凭报关单电子放行信息或纸面单证直接办理出口装运手续；对于符合条件的低风险进出口货物，还可以适用“事后交单”模式，即先凭电子信息放行，事后在规定时间内向海关提交有关纸质单证。分类通关是以风险管理为基础的一次通关监管模式的重大改革，既提高了进出口货物通关效率，又实现了海关监管资源的合理化配置，促进了监管与服务的有机统一。
通过深入推广通关业务改革，引导支持企业属地申报，济宁海关年监管货运量由成立之初的21.54吨增长到2010年的181.15万吨，货值从3.27亿元增长到32.89亿元，年审放进出口报关单从380票增长到3.22万票，主要业务指标增长过百倍，逐步成长为业务规模较大、监管水平较高、具有一定区域影响力的鲁西南内陆海关。
第二节 通关监管
视图
济宁海关成立之初，主要办理转关进出口业务，企业要在货物进境口岸海关和属地海关分别办理申报手续，所需时间较长，程序较为复杂。为提高通关效率，济宁海关积极参与海关通关业务改革，先后启动了口岸直通等通关管理模式。
口岸直通
口岸直通是一种依托内陆海关监管场站，将口岸海关未通关货物先分流到内陆场站，在内陆海关直接办理通关手续，然后企业在内陆场站提取货物的一种通关监管模式。1998年，济宁海关充分利用济宁铁路二类口岸（济宁西站）和济宁二类公路口岸（联运场站）的既有条件，继济南海关后在山东省第二家开通了口岸直通业务。经青岛海关验收审批同意后，济宁—青岛口岸直通式海关监管模式于1998年5月10日正式开通运行。口岸直通减少了通关环节，降低通关成本，提高了通关效率，促进了监管业务量的迅速增长。1998年，济宁海关监管进出口货物9.68万吨，比1997年增长550%；监管进出口货值5.81亿元，比1997年增长134%。2000年，青岛海关和山东省口岸办公室在济宁海关召开现场会，在全省积极推广应用口岸直通模式。
通关模式
“属地申报、口岸验放”是海关在转关、直通模式的基础上，依托信息化作业系统，打破监管地域限制，实现内陆企业快速通关的一种新型通关模式。在这种模式下，企业可以从内陆海关办理进出口申报，在口岸办理实货放行，减少申报环节，免去从属地到口岸之间人员往返和资料传输的不便，真正实现“把济宁推向口岸，把口岸建在济宁”，受到辖区进出口企业广泛欢迎。2004年2月，济宁海关作为首批试点单位，与黄岛海运口岸之间运行“属地报关，口岸验放”业务，实现济宁海关通关模式上的一次飞跃，促进了税收和监管业务量大幅增长。2005年，济宁海关监管进出口货值4.45亿美元，货运量31.4万吨，同比分别增长59%、154%。
“多点报关、口岸验放”通关模式是“属地报关、口岸验放”通关模式的延伸和拓展，在这一模式下，企业在青岛关区任意一个海运口岸进出口的货物，可以选择关区内任一海关报关，由申报地海关办理接单审核、征收税费等通关手续，口岸海关对货物进行实货验放。2006年5月，济宁海关派员参与《青岛海关“多点报关、口岸验放”操作规程（草案）》及《操作指引》的起草。2006年6月，济宁海关正式适用海运货物“多点报关、口岸验放”；2009年12月，根据青岛海关统一部署，济宁海关开通空运货物的“多点报关、口岸验放”。
无纸通关
无纸通关是利用中国电子口岸及现代海关业务信息化管理系统功能，改变海关验凭进出口企业递交书面报关单及随附单证办理通关手续的做法，直接对企业联网申报的进出口货物报关电子数据进行无纸审核、验放处理的通关方式。济宁海关从2005年起开始推广应用无纸通关，到2010年，济宁海关无纸通关率83.9%。
货物查验
2009年10月，济宁海关正式实施分类通关改革。分类通关是指以企业守法管理为核心，综合企业类别、商品归类、价格、许可证件、贸易国别、航线、物流信息等各类风险要素，海关作业系统对报关单电子数据进行实时风险分析，对报关单实施分类，根据风险类别分别实施“低风险快速放行”“低风险单证审核”“高风险重点审核”三种通关模式。在分类通关模式下，低风险无证无税报关单可以由计算机自动放行，海关监管场所凭报关单电子放行信息或纸面单证直接办理出口装运手续；对于符合条件的低风险进出口货物，还可以适用“事后交单”模式，即先凭电子信息放行，事后在规定时间内向海关提交有关纸质单证。分类通关是以风险管理为基础的一次通关监管模式的重大改革，既提高了进出口货物通关效率，又实现了海关监管资源的合理化配置，促进了监管与服务的有机统一。
通过深入推广通关业务改革，引导支持企业属地申报，济宁海关年监管货运量由成立之初的21.54吨增长到2010年的181.15万吨，货值从3.27亿元增长到32.89亿元，年审放进出口报关单从380票增长到3.22万票，主要业务指标增长过百倍，逐步成长为业务规模较大、监管水平较高、具有一定区域影响力的鲁西南内陆海关。