济宁市药品检验所承担辖区内的药品质量检验，并承担净化室（区）等委托检验检测任务和检验人员培训、技术咨询服务等工作。2010年底，有在职工作人员55人，其中管理人员2人，专业技术人员44人（高级职称12人，中级职称16人），占职工总数的80%。内设化学药品科、生物测定科、中药检验科、办公室、业务管理科、监督科6个科室。
1990—2010年，逐步建立健全质量管理体系，保证了药品检验工作的规范、科学、公正及结果的准确可靠。1996年，首次通过山东省质量技术监督局组织的计量认证（资质认定），此后多次通过复评审。2008年，通过中国国家合格评定委员会（CNAS）的国家实验室认可，成为山东省第一批通过此项认可的地市级药品检验所之一。
1990—2010年，济宁市药品检验所共完成3万余批药品检验，查出不合格药品4000余批，涉及价值2000余万元。其中县级以上药品产供用单位药品监督抽验覆盖面100%。2003年，“非典”防控期间，共完成“非典”药品抽验566批，检出23批不合格“非典”药品，抽调37人次对防“非典”药品、器械进行监督检查。在保障全市人民群众用药安全有效的同时，在国家级、省级杂志上发表论文150余篇。15项科研成果分别获得山东省医学科技进步奖、山东省药学科技进步奖、济宁市科技进步奖、济宁市社会科学进步奖。1997年，完成“氨苄西林钠及其制剂含量测定方法改进的研究”，达到国内先进水平；2003年，完成《中国药典》2005年版中水蛭生产地的调研与样品收集工作；2009年，“复方罗布麻片质量标准及处方中罗布麻叶提取工艺研究”获得山东省药学会科学技术二等奖和济宁市科学技术三等奖，受到济宁市人民政府表彰奖励；2010年，配合省局完成《山东省中药材标准》和《山东省中药炮制规范》修订品种的起草工作。
2005年5月12日，《中国药典》2005年版学习班举办。
2006年12月7日，全市可见异物和不溶性微粒学习班举办。
2006年12月7日，全市可见异物和不溶性微粒学习班举办。