2002年，开展企业内部的三级教育和安全培训“十百千万”工程，建立各项安全规章制度、开展反“三违”活动，加强对人为因素的管理和控制，减少人为不安全行为。2003年，采用先进的安全科学技术，实施“科技兴安”战略，严格落实新建、改建、扩建项目“三同时”制度；引导企业淘汰落后的生产设备和工艺，提高设备本身安全水平；强化对物的不安全状态的管理和监督，对其危害程度实现可控、在控，进而避免事故隐患的产生，加强对环境危险点的检查和监控，消除天气、周边、地点、场所的不安全因素；加大安全设施的资金投入，建立良好的人文环境，科学控制，把事故因素降到最低。
济宁市安全生产监督管理局执法人员在企业进行安全生产检查 （2009年4月14日摄）
2004年，制定“打非治违”专项行动实施方案，组织开展全市范围内“打非治违”专项治理行动攻坚战，加大对企业监督和指导力度，突出重点，分类监管。依据《重大危险源辨识标准》，印发《进一步加强重大危险源安全管理工作的通知》等文件，建立危险源分级监控制度，对高危行业生产、经营、储存单位存在的重大危险源，逐一进行调查摸底，建立台账。全市共对1340个危险源登记建档，对危化品、非煤矿山、烟花爆竹、工商贸200余处重大危险源，安装在线监控装置。
2005年，按照统一领导、分级负责的原则，制定《济宁市自然灾害应急预案》《济宁市事故灾难应急预案》《济宁市突发公共卫生事件应急预案》《济宁市突发社会安全事件应急预案》等4个专项预案，专项预案又包含各类单项预案、部门预案。同时，各县（市、区）也编制了突发公共事件应急预案与市政府总体预案相衔接，形成以市、县两级总体预案为总纲，各类专项预案、部门预案为分支的全方位、广覆盖的应急预案体系。2006年，按照国家安监总局和省安监局应急救援指挥中心要求，开展了全市应急资源普查工作。全市共录入各类数据3200余条，其中单位基本情况信息679条、应急预案信息818条、应急队伍信息169条、物资装备信息1340条、应急专家信息169条。
2007年，由市政府安委会办公室指导安全生产应急救援。煤矿和非煤矿山应急救援依托兖矿集团公司，为全市煤矿和非煤矿山安全生产事故提供应急救援服务；危险化学品安全生产应急救援，通过充实、优化、整合，市公安消防支队和济宁中银电化公司等企业救援力量的形成4支功能互补的应急救援队伍，即济宁消防支队特勤中队、济宁中银电化公司应急救援处、兖矿国宏化工公司应急救援处和兖矿国际化工公司应急救援处。全市申报安全生产许可证的587家非煤矿山企业、135家危险化学品生产单位、3000家危险化学品经营单位、13家烟花爆竹批发经营企业，均建立了兼职应急救援队伍。
2008年，制定《安全生产应急救援预案演练实施方案》，成立应急救援预案演练领导小组，由市、县两级政府有关部门、行业组织涉及社会层面的演练。市级层面组织的演练主要包括重大道路交通事故、工程建设及城市燃气较大生产安全事故、较大火灾事故、危险化学品较大安全事故、通航水域水上交通运输特大安全事故、地方煤矿较大生产安全事故、特种设备较大生产安全事故等7个方面的应急救援预案演练；各县（市、区）的演练工作，由各县（市、区）政府安委会根据各自的特点，作出具体的安排部署；企业演练主要针对火灾、爆炸、断电、灾害性天气、防汛、危化品泄漏中毒等方面，进行应急救援演练。
2009年，开展应急预案备案工作，严格企业应急预案管理，将预案作为安全生产行政许可的重要参考内容，在核发安全生产许可证、经营许可证等工作中，严格审查应急预案编制情况，凡是申报年审和新、改、扩建项目“三同时”审查验收的，都严格审查应急预案的编制情况，达不到标准的坚决不予审批通过。至2010年底，120家市管企业、913家危险化学品企业完成应急预案备案工作。