企业登记管理
1991年，全市登记注册企业2439家。1992年，全市工商企业进入高速发展阶段。当年，全市新登记注册企业4767家，比1991年增长95.4%，其中市直企业增长户数最多，806家。增长的主要对象是党政机关、社会团体和老龄人群兴办的经济实体。
1993年初，为全面贯彻实施《全民所有制工业企业转换经营机制条例》，制定《关于进一步改进企业登记管理工作，促进我市经济发展的试行意见》《经纪人登记管理办法》《国有民营登记管理意见》《乡镇股份合作制企业登记管理试行办法》等文件。至年底，共登记注册工商企业2.73万家，从业人员104.44万人，注册资金149.80亿元，分别比1992年增长21.5%、18%、22.3%。1994年，根据市委、市政府《关于在全市商业企业推行“公有民营”改革的意见》精神，制定《支持“公有民营”改革，促进全市企业发展的意见》。至年底，全市登记各类内资企业2.96万家，从业人员108.92万人，注册资本金188.16亿元，分别比上年增长7.6%、4%、20.3%。为方便企业登记注册，下放冠市名企业登记权限，经市工商局名称预选核准同意后，由所在县、区工商部门登记发给营业执照。
1995年，贯彻执行《中华人民共和国公司法》《中华人民共和国公司登记管理条例》，改进和完善企业登记管理制度，促进企业转换经营机制。至年底，全市共有各类工商企业3.07万家，注册资本195.09亿元，分别较上年同期增长7%、21%，其中企业法人1.29万户，营业性登记1.78万户。1996年，紧紧围绕建立现代企业制度，严把企业核准注册关。至年底，全市共登记注册工商企业3.19万家，注册资本222.18亿元，分别比上年同期增长2.6%、7.2%。
1997年，从支持企业改制工作入手，制定下发《市直企业改制操作程序和方法步骤》的通知，积极参与到企业改制的事前、事中、事后，为企业搞好服务，当年组建企业集团125家，成立股份合作制企业25家。截至6月底，全市共登记注册各类企业3.08万家，注册资本金244.14亿，其中，企业法人1.35万户，营业性企业1.73万家，有限责任公司852家。1999年，围绕建立现代企业制度，改革完善企业登记管理制度，支持国有企业改革、改组、改造，建立适应市场经济体制的现代企业制度。对军队、武警部队、政府机关、党政机关兴办的经济实体进行全面清理；对含有“金融”“信贷”等字样的咨询企业及其非金融性企业，责令其办理名称变更登记。
2000年，按照省工商局《关于企业改革中若干问题的意见》，与企业挂钩结对262家，全年共帮助解困企业安置下岗职工3800余人，为地方招商引资95户，引入资金5731.5万元。2002年，济宁市工商局企业注册局成立，组织全市开展清理整顿黑网吧活动，检查网吧50多家；取缔无证生产经营危险化学品10户，对超出经营范围的30家企业责令其限期改正；配合安全生产监督管理部门对全市非煤矿山安全整治工作进行验收，为364家通过考核验收的非煤矿山企业发放安全生产合格证，关闭181家企业，取缔24家企业，吊销32家企业的营业执照，收回118家企业采矿许可证。
2003年，根据政府工作“提速”和方便企业的原则，全市工商系统企业登记窗口集体进驻市、县两级审批中心，推行“一站式”办公，“一条龙服务”；实行限时服务制、服务承诺制和首办责任制；向社会公开承诺，凡手续齐全的设立登记5日内发照，名称申请材料齐全当日办结。2004年，印发《关于改革企业登记管理工作的实施办法和企业登记注册窗口规范化建设的实施意见的通知》，对企业登记管理工作改革进行了详细的规定。企业登记、年检均实行“一审一核制”，企业名称预先核准实行一审核准制；市工商局将各类企业（除外资企业）的登记权限下放至行政审批中心负责人。2005年，从规范市场主体入手，进一步加大对违法企业的查处力度，联合有关部门查处挂车违法违规案件20起，下达限期整改通知书70余份，查处取缔无照经营户109家，依法取缔职业介绍机构、用人单位77户，关闭10家无证、无照废旧金属收购点，清理40余家未取得资质证书擅自开展室内外装饰企业。
2006—2007年，面向社会和企业宣传新修订的《公司法》和《公司登记管理条例》，印发《实施企业注册官制度补充意见》，将企业登记注册事项划分为简易登记事项、一般登记事项、复杂登记事项和重大疑难登记事项，明确市工商局各级登记人员岗位职责，规范登记程序；制定《企业登记管理软件应用系统权限分配方案》，对全市各级登记人员登记权限进行合理划分，实现全市上下联运、信息资源共享和监管一体化目标；实行企业登记管理工作联系点制度，通过各级推荐、上报、遴选，全市共确定26个企业登记管理工作联系点。
2008年，根据市委、市政府统一部署，会同有关部门，在全市范围内开展社会中介组织专项清理整顿活动，同年，为贯彻落实市委市政府《关于推进新型乡镇建设试点工作的意见》，市工商局将部分企业登记监管职能授权给新型乡镇所属工商行政管理机构；在全市工商系统首次推行企业网上年检，提高年检效率；制定《济宁市工商局企业注册岗位职责》，明确市工商局企业注册局各科室之间业务分工和协作，界定企业登记管理各岗位具体职责；制定《关于认真落实各项扶持政策促进企业又好又快发展的意见》，从拓宽融资渠道，减低准入门槛，促进各种组织形式发展，提速提效等方面，支持各类市场主体加快发展。2009年，市政府出台《济宁市社会中介组织管理办法》和《济宁市社会中介组织及其执业人员信用信息管理办法》；建立县级局、工商所、责任区三级纵横交错的立体网格监管体系；同年，全市有2个县级局、13个基层工商所被评为全省工商系统企业登记服务规范化示范窗口。
2010年，全市工商系统登记窗口全部开辟绿色通道，建立重大项目跟踪服务制度。全年登记重大项目32户，注册资本10.15亿元；出台《关于查处“两虚一逃”案件的指导意见》，查处5起登记代理机构违法典型案件，涉案金额4.48亿元；牵头清理规范融资性担保公司，制定《济宁市工商局企业登记监管岗位职责及风险防范工作守则》，确定24个风险点，市工商局驻市行政审批中心工商窗口获得“全市十佳文明窗口”称号。至2010年底，全市实有内资企业1.01万家，注册资本（金）518.69亿元。
个体私营企业登记管理
1991年，按照国家发布的有关法律、法规和政策规定，个体工商户、私营企业生产经营范围更广，行业和商品种类更多。
1992年，大力发展个体私营经济，提出“四个放宽”，即放宽登记主体、放宽经营范围、放宽经营方式、放宽经营规模，并制定一系列扶持发展个体私营经济政策，为个体私营经济发展创造了宽松环境。1993年，市政府颁布实施《关于大力促进个体私营经济发展的意见》，对从事个体经济的登记对象进一步放宽政策规定，允许行政、企事业单位的停薪留职人员及机关事业单位的编余人员、国营集体企业优化组合后的富余人员、停工停产的待业人员，经批准从事个体私营经济。到1993年底，全市个体私营企业达到13.79万户，从业人数34.13万人。
1994年，省政府印发《山东省私营企业管理暂行规定》，私营企业冠省、市地、县级区名称的，分别由所冠行政区划名称的省、市地、县级工商行政管理机关登记发照。私营企业名称不冠行政区划的，经市工商局初审，报省工商行政管理局审核后，转报国家工商局核准。
1995—2002年，济宁市工商局对登记对象作出新的规定：经所在单位批准，允许各企事业单位的在职人员利用业余时间从事饮食、修理、服务和生活日用品的零售等便民服务项目的经营活动；对生产不景气的企业职工，凭工作单位证明及本人身份证发给临时营业执照；允许企事业单位、大专院校的科技人员，在不影响本职工作和单位利益的前提下，到个体工商户和私营企业中兼职；允许企业、行政事业单位职工利用业余时间为个体贩户提供信息；所有离退休人员，只要具备经营条件，不受时间和原行业的限制，都允许从事个体经营，创办私营企业。
2002—2005年，个体私营业户的管理政策没有较大变化，市委、市政府继续把发展个体私营经济作为全市改革调整的一项重大战略，列入全市突出抓好的四项重点工作之一。市工商局积极协助市委、市政府召开全市个体私营经济和招商引资两个大会，引导个体私营经济积极参与国有企业的改组、改造，利用租赁、兼并、购买等形式，盘活现有资产存量；引导外地客商到济宁市投资，参与市场建设，形成了全市个体私营经济发展的一个热点，也标志着全市的投资环境得到了根本改善。同时，引导个体私营经济加强内部管理，帮助其建立现代企业管理制度，实行了动态跟踪监督和企业属地化管理，为全市个体私营经济的发展创造了良好的外部环境和发展空间。
2006年，服务促进就业再就业工作，在市场准入、政策支持、收费减免、提供服务和优化市场环境等方面采取一系列措施，促进经济发展与扩大就业的良性互动；认真落实各项优惠政策，为下岗失业等人员排忧解难、热心服务；与劳动保障、公安、人事等部门联合开展劳动力市场秩序清理整顿工作。
工商行政管理工作人员为业户办理登记手续 （2007年8月摄）
2007年，开展查处取缔黑网吧专项行动，全市工商机关共出动专项执法人员1100人（次），检查已登记网吧590家，共查处取缔黑网吧35起，查扣（没收）专门用于网吧经营的电脑186台，向有关部门通报违法经营的网吧109次。
2008年，推进企业内部二、三产业分离和个体工商大户公司制改造，不断加大服务业市场主体总量，至年底，全市共登记服务业企2.98万户，占企业总数的78.6%。
2009年，出台《促进农民专业合作社发展的工作意见》《关于规范农民专业合作社登记管理行为的通知》等文件，引导农民专业合作社依托当地主导产业和优势特色产业，积极发展各种类型的农民专业合作社，全市4家农民专业合作社获得全省“百佳农民专业合作社”称号。至年底，全市共登记农民专业合作社1079户，成员1.08万个，出资额12.69亿元；对“五类群体”推行“试营业”和“免费注册”制度，至年底，全市工商系统共扶持“五类群体”创办个体工商户2267家，免收个体工商户登记费4万余元；联合市个体私营企业协会、市人事局以“履行社会责任，传递就业关爱”为主题，在市人才交流中心举办高校毕业生专场招聘会，邀请311家大中型企业到场，为驻济宁高校毕业生提供就业岗位6623个，吸引进场求职人才1万余人，达成就业协议4121人次。
2010年，集中开展学校周边环境整治、水资源检查、地理信息检查、拍卖行检查、无照经营检查、黑网吧查处等专项整治活动，认真抓好安全生产，对烟花爆竹、爆破企业进行现场检查督导，为构建“和谐济宁”奠定了良好基础。至2010年底，全市实有私营企业3.15万户，注册资本（金）596.89亿元；个体工商户18.48万户，资金总额69.69亿元；农民专业合作社1736户，出资总额25.77亿元。
外资企业登记管理
1993年2月1日，经山东省工商局报请国家工商总局批准，国家工商总局正式授权济宁市工商局对外商投资企业直接核准登记注册，为全市发展外商投资企业创造了更为便利的条件。1993年，全市共有外商投资企业408家，投资总额7.36亿美元，注册资本5.13亿美元，外方认缴出资额2.02亿美元。
1994年，全市登记注册外商投资企业499家，投资总额8.93亿美元，注册资本6.35亿美元，外方认缴额2.77亿美元。
1995年，全市登记注册外商投资企业581家，投资总额12.25亿美元，注册资本8.83亿美元，外方认缴额3.61亿美元。
1996年，全市累计登记注册外商投资企业606家，投资总额12.48亿美元，注册资本9.07亿美元，外方认缴额3.78亿美元。
1997年，全市实有外商投资企业365家，投资总额8.77亿美元，注册资本6.36亿美元，外方认缴额2.71亿美元，分别比1996年下降37%、21%、22%、22%。
1998年，全市实有外商投资企业320家，投资总额8.16亿美元，注册资本5.96亿美元，外方认缴资本2.59亿美元。
1999年，全市实有外商投资企业256家，投资总额7.16亿美元，注册资本5.13亿美元，外方认缴资本2.1亿美元。
2000—2002年，全市外商投资企业呈现出稳中有降的发展态势。截至2002年末，全市外商投资企业262家，分支机构62家；投资总额8.77亿美元，注册资本5.83亿美元，外方认缴资本2.75亿美元。
2003年，全市实有外商投资企业313家，投资总额19.79亿美元，注册资本10.90亿美元，外方认缴资本7.3亿美元。
2004年，全市实有外商投资企业376家，投资总额26.51亿美元，注册资本14.29亿美元，外方认缴资本9.87亿美元。
2005年，全市实有外商投资企业385家，投资总额24.06亿美元，注册资本14.85亿美元，外方认缴资本10.58亿美元。
2006年，全市实有外商投资企业438家，投资总额28.94亿美元，注册资本17.91亿美元，外方认缴资本12.57亿美元。分支机构536家。
2007年，全市实有外商投资企业323家，投资总额20.71亿美元，注册资本14.1亿美元，外方认缴资本8.97亿美元。分支机构621家。
2008年，全市实有外商投资企业1119家，投资总额25.01亿美元，注册资本14.88亿美元，外方认缴资本9.8亿美元。分支机构614家。
2009年，全市实有外商投资企业959家，投资总额25.01亿美元，注册资本16.58亿美元，外方认缴资本11.71亿美元。分支机构628家。
2010年，全市实有外商投资企业921家，投资总额33.06亿美元，注册资本20.77亿美元，外方认缴资本15.29亿美元。分支机构534家。