1991年，济宁市工商局内设12个科室，行政编制35人；设4个事业单位，编制28人；辖12个县（市、区）工商局，175个工商管理所（站）；共有干部职工1862人。
1993年，济宁市工商局辖2区3市7县工商局，185个工商所（站），全系统有干部职工2341人，其中市工商局61人。经市编委批准，市工商局相继成立济宁市工商干部培训中心（副县级）、济宁市批发市场管理所（科级）、济宁市商标事务所（科级）等事业单位，市工商局原有科室机构未变。1993年4月，设立济宁市工商局开发区分局。1994年12月，根据《国务院办公厅关于调整大中城市工商行政管理体制的通知》精神，市政府印发文件，将市中区工商局、任城区工商局、开发区分局，分别改名为济宁市工商局市中分局、任城分局、高新技术产业开发区分局，作为市工商局的派出机构，由市工商局统一领导、统一管理。1997年3月，设立财务装备科、监察室。同年8月，撤销商标广告管理科，分设商标管理科、广告管理科，撤销经济检查科，更名为经济检查所。1997年，撤销老干部科；1998年8月重新设立，与人事教育科一个机构两个牌子。
1997年8月，市工商局进行机构改革，设办公室、人事教育科（加挂老干部科）、财务装备科、监察室、法制科、企业登记管理科、外资企业登记管理科、个体私营登记管理科、市场管理科、商标管理科、广告管理科、合同管理科、经济检查所等13个科室（所）。
1998年11月，国务院正式批转《工商行政管理体制改革方案》，实行省以下工商系统垂直管理。1999年3月1日，山东省人民政府批转省工商局《全省工商行政管理体制改革实施方案》，决定从1999年1月1日起，工商行政管理机关人、财、物上划省工商局管理。同时，各县、市工商局及其所属机构人、财、物隶属市工商局管理。
2002年，全省工商系统实施机构改革。4月10日，根据山东省机构编制委员会办公室、山东省工商局文件精神，济宁市工商局作为省工商局的直属机构，负责全市市场监督和有关行政执法工作。机关内设8个职能科室和机关党委。根据有关规定设置监察室。市工商局机关行政编制48人，离退休干部工作人员编制2人。工勤人员编制8人。下设直属机构2个，分别为企业注册局（副处级）和公平交易局（副处级）；设派出机构1个，即济宁市工商局高新技术产业开发区分局（副处级）；设专业工商行政管理机构2个，分别为济宁市工商局机动车辆交易市场管理所、经纪人和生产要素市场管理所；辖直属行政单位12个，分别为济宁市工商局市中分局、任城分局、兖州市工商局、曲阜市工商局、泗水县工商局、邹城市工商局、微山县工商局、鱼台县工商局、金乡县工商局、嘉祥县工商局、汶上县工商局、梁山县工商局。全市工商系统共设134个工商所，其中副科级工商所87个，正股级工商所47个。
2004年11月，经省编办、省工商局审核确认上划后，济宁市工商局下属事业单位5个，分别为济宁市消费者协会办公室、济宁市个体私营企业协会办公室、济宁市工商信息咨询服务中心（济宁市企业登记代理中心）、济宁市工商局干部培训中心、济宁市商标事务所，核准编制40人。所辖县级局下属事业单位36个，核准编制533人。
2008年9月，市政府印发《济宁市人民政府办公室关于做好工商行政管理机关限期与所办市场彻底脱钩工作的通知》，重新启动了停滞多年的市场“管办脱钩”工作。全市系统原属21处市场、6727万余元市场建设债权债务、14个市场建设服务机构和458名未上划人员全部划转移交给地方政府或政府指定的接收单位，其中458名移交人员全部得到地方政府妥善安置。
至2010年底，全市工商系统在职干部职工共计2639人，其中公务员1817人，机关工勤129人，事业单位人员745人。市工商局在职干部职工84人；其中公务员76人，事业人员8人。
2007年7月26日，全市工商行政管理系统集中开展思想作风纪律整顿动员大会召开。
