收费许可证制度
1991年，《山东省行政性事业性收费管理条例》颁布实施，1992年7月，《山东省收费许可证管理办法》重新修订，规定五年换发一次收费许可证。1996年6月，按照全省统一部署，济宁市统一换发新版收费许可证和收费员证。1998年7月，根据国家计委、经贸委、财政部、监察部、审计署、国务院纠风办《收费许可证管理办法》的要求，收费许可证由国务院价格主管部门负责统一制定样式，国家及省两级价格主管部门印制，各级价格主管部门分别核发，有效期三年。
收费年审制度
1992年，济宁市开始收费年审试点工作。1993年，按照省物价局制定的全省收费年度审验工作管理办法，对市直和各县（市、区）收费单位进行全面年审，审验单位5127个，审验出违纪单位158个，违纪金额1677万元，责令退还的单位123个，退还违纪金额1006万元，吊销收费许可证119个，吊销收费员证25个。1994年后作为一项制度，每年进行年审。2007年，按照国家和省要求，济宁市开展第一次收费年审统计，所有行政事业性收费按项目、标准、收费额等对应录入收费统计系统中，并对收费情况做出统计分析报告，收费统计形成制度，每年开展一次。
治理乱收费
1992—1993年，根据《中共中央、国务院关于坚决制止乱收费、乱罚款和各种摊派的决定》，济宁市成立“三乱”清理整顿办公室，经过清理整顿，各县（市、区）公布废止141项收费，全市共废止157项。1997年，为有效制止涉企收费“三乱”行为，物价、监察、财政、法制等部门成立集中整顿办公室，实行“刹车整顿”。经过集中整顿，全市分三批取消174项收费。1998年，免费向全市企业发放企业缴费登记卡，向所有收费单位发放进企业收费通知书。1999年，对包括个体工商户和私营企业在内的缴费单位免费发放交费项目明白卡。2002年，在全市8836个自然村全面推行涉农价格和收费公示，至9月30日全面完成，先后有42份立项报告、61份不合理申请报告、30份违规文件、123项收费标准被取消，减轻农民负担6400万元，实现了省政府提出的2002年底前公示到所有行政村的要求。2003年2月，在邹城市进行涉企收费公示试点。8月14日，市政府在邹城市召开涉企收费公示现场会，全市9月底全面完成涉企收费公示工作。共保留517个收费项目，涉及98个单位，制作公示牌（栏）1296个。2004年，在全市城乡全面推行价格和收费公示制度，共设立公示牌（栏）3871个。2005年，为巩固前三年价格和收费公示的成果，在全市开展“物价工作在基层”活动，通过价格管理进社区、下农村、进工业园区，建立健全基层价格网络组织和长效监督机制。2006—2008年，济宁市扎实推进“价格服务进万家”活动，大力开展以价格服务进农户、进社区、进企业、进学校、进医院、进商场、进景区、进港口等为主要内容的各项活动，努力构建政策指导、矛盾疏导、信息引导三位一体的价格服务机制，有效实施了价格公示和价格监管。2008年，会同市财政局、监察局对全市收费项目进行再清理，共取消收费项目23项，降低收费标准5项。对全市2100多家中介、社团组织进行了全面清理整顿，全市共取消各类中介、社团组织615家。2009年起，配合财政部门实施涉企收费“一费制”改革。
2010年5月30日，省物价局在济宁召开曲阜“三孔”门票价格调整听证会。
2000年后，“上学难、上学贵”的问题凸显，济宁市每年开展大范围的教育收费专项治理。2004年，在全市推行义务教育阶段“一费制”收费办法。2005年，开展对义务教育收费“一费制”执行情况检查，重新调整了高中收费“三限”标准。2006年，清理整顿改制学校收费秩序，进一步减轻学生家长负担。2007年12月，经物价、教育、财政、监察、纠风办等部门共同研究，确定降低济宁市公办高中择校生教育收费标准，择校生学费标准在原有基础上降低15%。2008年，严格落实义务教育阶段减免学杂费政策，济宁市城乡义务教育阶段取消了学费、杂费。2010年，重新核定济宁市公办高中学校择校费最高收费标准，省级重点高中（含省级规范化学校）择校费降低500元，其他高中择校费降低350元。