1991年，济宁市物价局内设人秘科、综合科、工业产品价格管理科、农产品价格管理科、信息科5个科室，下设市物价检查所、市农产品成本调查队2个正科级事业单位，行政编制18人、事业编制23人。1992年，成立价格事务所。1997年7月，成立收费管理科。调整后的内设机构有办公室、价格调控科、工业产品价格管理科、农产品价格管理科、收费管理科、监察室6个科室，下设市物价检查所、市价格信息中心、市农产品成本调查队、市价格事务所4个正科级事业单位。1999年7月，成立市价格举报中心，为正科级事业单位，设在市物价检查所。2001年12月，成立市价格认证中心，为副县级事业单位，同时撤销市价格信息中心。2002年8月，市物价检查所升为副县级事业单位。
2005年，市物价局内设办公室、监察室、价格调控科、价格管理科、收费管理科5个科室，下设市物价检查所、市价格认证中心2个副县级事业单位和市农产品成本调查队、市价格举报中心、市价格事务所3个正科级事业单位。2006年11月，市农产品成本调查队更名为市价格成本调查队。2007年4月，市物价检查所更名为市价格监督检查局，由副县级事业单位转为副县级行政单位。2008年2月，设立市价格调节基金管理办公室，为副县级事业单位。2009年12月，撤销市价格事务所。
2010年3月，市物价局内设办公室、人事科、综合法规科、价格管理科、收费管理科（挂行政许可科牌子）、成本监审科、案件复议科、价格检查科、收费检查科、基层科10个职能科室。下设市价格认证中心、市价格调节基金管理办公室2个副县级事业单位和市价格成本调查队、市价格举报中心2个正科级事业单位。
2009年2月24日，全省价格管理工作座谈会在济宁召开。
