1991—2010年，全市社会审计工作经历了由财务收支审计、验资等简单业务向全方位地开展各项审计业务，由事业单位管理向独立的市场主体转变的过程。1991年4月，市审计局出台《关于进一步加强社会审计工作的意见》，要求坚持“总结经验、巩固提高”的方针，紧紧围绕治理整顿、深化改革和发展经济这个中心，积极开展社会审计工作，进一步开拓业务领域，争取当地工商管理部门的支持，抓好企业注册验资工作；积极开展基建工程预决算验证；争取资产评估资格，开展国有资产评估工作。同年5月，济宁市首家内部审计学会济宁市供销合作社审计学会成立。同年11月，全市社会审计工作会议召开，会上成立济宁市社会审计工作委员会，加强对社会审计工作的指导。1991年底，全市建有社会审计事务所13个，人员86人，在开展财务收支、承包经营审计工作的同时，业务领域拓展至司法鉴定等工作，2个事务所取得国有资产评估资格。
1992年初，市审计局出台《社会审计工作考核评比试行办法》，开始对市和县区审计师事务所进行考核评比，对出现亏损或因工作质量造成较大失误的事务所，一律取消考评资格。同年7月，市审计局综合服务公司成立，进一步丰富社会审计工作体系。同年底，市审计局首次开展社会审计科研课题申报工作，认真组织首次全市审计师事务所检查整顿工作。1992年，全市社会审计机构共完成审计查证项目2437项，查证总金额33.1亿元，全市社会审计机构固定从业人员108人。
1993年8月，市审计局印发通知对注册审计师进行年度考核。同年11月，检查整顿审计事务所和注册审计师工作，检查内容包括严格审计事务所审批制度、审计事务所须同审计机关脱钩、审计事务所的分支机构必须具有独立法人资格、审计查证业务质量、对注册审计师进行考核。1994年后，全市社会审计工作把握发展社会中介机构的时机，拓宽服务领域、扩大业务范围，狠抓审计师事务所的基础建设、内部管理和人员的业务素质，社会审计工作发展迅速。1995年8月，市审计局出台《关于对社会审计指导、监督和管理的暂行办法》，明确要求审计机关定期对审计师事务所的工作、计划完成等情况进行检查、督促；审计师事务所的财务收支情况要定期向审计机关报送；审计机关定期对审计师事务所的业务质量进行检查。
济宁市审计局社会养老保险审计组在审计现场张贴审计公告 （2007年10月22日摄）
1997年4月，全市社会审计工作会议召开，表彰1996年度社会审计工作先进单位和先进工作者，市审计师事务所等5个审计师事务所从不同侧面介绍他们工作开展的情况和经验。兖州市、曲阜市成为首批“明星审计师事务所”，闫保平等10人成为“十佳执业注册会计师”。此后，全市社会审计工作围绕中共十五大确立的经济体制改革、培育和发展社会中介组织的目标，继续贯彻“改革、发展、开拓、提高”的方针，进一步扩大业务规模，创名牌事务所。随着社会主义市场经济的发展和不断完善，国有企业改革的全面推进和深化，企业年度会计报表由注册会计师进行审计的全面实行，加上国有企业改制的全面推行，社会审计工作开始实行市场化运行、职业化发展。1999年11月，市审计师事务所与市审计局顺利脱钩。2000年1月，市审计师事务所改制为济宁科元有限责任会计事务所。各县级审计师事务所相继被撤销、改制。 2000年后，审计机关对社会审计实行管理与指导，以规范社会审计组织行为，促进公正执业为目标，搞好对社会审计组织的业务质量检查。重点揭露和查处违反注册会计师法、执业道德准则，出具虚假报告、侵犯公共利益等问题，维护市场经济秩序。2003年，根据省审计厅要求，市审计局对济宁市社会审计组织职业化环境进行专项审计调查，审计发现，随着社会审计中介机构的脱钩改制，济宁市社会审计开始向规范化管理的轨道迈进。此后，市审计局相继对济宁任城会计师事务所、嘉祥恒祥会计师事务所、济宁仲创会计师事务所、济宁贵和会计师事务所的执业环境情况开展审计调查，对济宁金中有限责任会计师事务所、济宁金兴有限责任会计师事务所、梁山中良有限责任会计师事务所审计业务质量进行检查，披露程序不合规、重大事项未予关注等问题，提出改进意见，促进社会中介机构业务质量的提高。2008年10月，全市社会审计人才库建立。至2010年底，全市共有会计师事务所14家，工程造价咨询公司13家，社会审计组织全面参与国家审计工作，并发挥了积极作用。
1997年4月，全市社会审计工作会议召开，表彰1996年度社会审计工作先进单位和先进工作者，市审计师事务所等5个审计师事务所从不同侧面介绍他们工作开展的情况和经验。兖州市、曲阜市成为首批“明星审计师事务所”，闫保平等10人成为“十佳执业注册会计师”。此后，全市社会审计工作围绕中共十五大确立的经济体制改革、培育和发展社会中介组织的目标，继续贯彻“改革、发展、开拓、提高”的方针，进一步扩大业务规模，创名牌事务所。随着社会主义市场经济的发展和不断完善，国有企业改革的全面推进和深化，企业年度会计报表由注册会计师进行审计的全面实行，加上国有企业改制的全面推行，社会审计工作开始实行市场化运行、职业化发展。1999年11月，市审计师事务所与市审计局顺利脱钩。2000年1月，市审计师事务所改制为济宁科元有限责任会计事务所。各县级审计师事务所相继被撤销、改制。 2000年后，审计机关对社会审计实行管理与指导，以规范社会审计组织行为，促进公正执业为目标，搞好对社会审计组织的业务质量检查。重点揭露和查处违反注册会计师法、执业道德准则，出具虚假报告、侵犯公共利益等问题，维护市场经济秩序。2003年，根据省审计厅要求，市审计局对济宁市社会审计组织职业化环境进行专项审计调查，审计发现，随着社会审计中介机构的脱钩改制，济宁市社会审计开始向规范化管理的轨道迈进。此后，市审计局相继对济宁任城会计师事务所、嘉祥恒祥会计师事务所、济宁仲创会计师事务所、济宁贵和会计师事务所的执业环境情况开展审计调查，对济宁金中有限责任会计师事务所、济宁金兴有限责任会计师事务所、梁山中良有限责任会计师事务所审计业务质量进行检查，披露程序不合规、重大事项未予关注等问题，提出改进意见，促进社会中介机构业务质量的提高。2008年10月，全市社会审计人才库建立。至2010年底，全市共有会计师事务所14家，工程造价咨询公司13家，社会审计组织全面参与国家审计工作，并发挥了积极作用。