1991年4月，济宁市首次举办内部审计报告评选活动，历经3个月，共征集涉及承包经营责任审计、财务收支审计、经济效益审计等方面的报告32篇，其中，市供销社、邮电局、汽运公司等单位参评的15篇报告被评为优秀报告。1991年底，全市共建内审机构579个，配备内审人员1202人，全市内审机构共完成审计项目4217个，查出并纠正违纪金额1.12亿元，促进企业增收节支2832万元。
1992年始，全市内部审计机构紧紧围绕中共十四大确定的关于建立社会主义市场经济体制的总目标，积极开展工作，深化企业改革，建立现代企业制度，在搞好财务收支审计、承包经营审计等常规性审计的同时，把促进改善经营管理、提高经济效益作为工作重点，重点检查国家有关宏观调控措施的落实情况，通过审计，发现企业生产管理中薄弱环节，提出改进意见，帮助堵塞跑冒滴漏现象，增收节支。1992年，邹城市政府率先在全市批转邹城市审计局《关于加强内部审计工作的意见》。
1993年，在企业转换经营机制、内审工作开展困难的情况下，市审计局采取措施加强指导，有效巩固了内审机构。市、县分别召开内审工作会议、经验交流会，在总结经验、正确分析形势的基础上，制定和落实了抓正面宣传、职能转变、业务培训、典型指导等强化内审工作指导的五条措施，有力推动全市内审工作发展。至年底，全市建立内审机构782个，专职机构525个，配备内审人员1546人，专职人员1016人，机构和人员数名列全省第一。
1993年5月，市审计局在内部审计机构健全、内控制度完善、遵纪守法、经济效益好的市直企事业单位中实行免审制度，济宁市电化厂、济宁市汽车销售公司、济宁市自来水公司、济宁市五金电化采购供应站、济宁市食品厂、济宁市妇幼保健院、济宁日报社成为首批免审单位。同年6月，本着典型引路的原则，市审计局建立内审工作联系单位制度，市中区商业局、市中区卫生局等45个部门单位为首批联系单位。
2004年10月22日，济宁市“内部审计准则”培训班开学典礼举行。
1996—1999年，由于行政和企事业单位精简机构原因，全市的内部审计机构逐年减少，有70%的内审机构被撤并到计划或财务部门。对此，市审计局调整内审指导工作思路，要求内审机构紧紧围绕本部门、本单位的经济管理和经济效益，大力开展经济效益审计和内控制度评审工作，加强内审队伍的自身建设，建立健全各项工作制度，努力提高内审工作质量和规范化水平。1996年，与市经委联合印发《关于在建立现代企业制度试点中加强内部审计工作的意见》，有力地促进了现代企业制度试点企业内部审计工作的开展。1999年，为规范内审工作、确保内审工作不松懈，市政府出台《济宁市内部审计工作规定》，就内审机构设置、人员配备及内审工作职权、范围作出具体规定，强化了内审工作。依据《规定》，市公安局、农业局等部门在内部机构调整中，仍保留独立的审计科；市经济贸易委员会成立审计办公室，配备3名审计人员。
2000年始，市审计局要求大型企业和企业集团从加强内部管理的客观需要出发，建立内部审计网络，有条件的实行总审计师制度，或建立审计委员会；以促进加强管理、提高经济效益为中心，履行职责，突出真实性审计，大力开展经济效益审计，积极开展干部任期经济责任审计；增强创新意识，提高审计质量，深入剖析产生问题的根源，站在单位经营管理的角度，提出切实可行的处理意见和改进建议；积极开展计算机审计和计算机辅助审计，把监督关口前移，由事后审计向事前、事中审计发展；规范审计行为，建立健全审计质量控制制度，实行审计组长负责制。2002年11月，市民政局批准成立济宁市内部审计协会，2003年8月，济宁市内部审计协会第一次会员代表大会召开，标志着内部审计新的工作运行机制全面运转。2004年1月，全市内部审计工作经验交流会召开，要求各内审机构积极开展现代内部审计类型的审计项目，开展基建项目审计和物资采购审计，突出管理、控制方面的审计内容，强化财务收支的真实、合法审计，从管理、效益的角度分析研究问题。
2005年6月，在邹城举办内审准则培训班，11月，召开乡镇审计工作座谈会，交流各县（市、区）推行和指导乡镇开展工作情况。2006年，组织对中国工商银行济宁分行、山推工程机械有限公司等单位内部审计业务质量进行检查。在此基础上，市审计局出台《检查内部审计业务质量实施办法》，对全市重点企业、重点单位的审计质量检查成为常态，促进了内审工作质量的提升。中国网通有限公司济宁市分公司被审计署授予“2005—2007年度全国内部审计先进单位”称号，济宁市公安局审计处、济宁供电公司审计部被审计署授予“2008—2010年度全国内部审计先进单位”称号。2009年6月，济宁市内部审计协会更名为济宁市内部审计师协会。
2010年5月，市政府办公室印发《关于加强内部审计工作的意见》，对内部审计机构和队伍建设、加强业务指导和监督、加强组织领导提出明确要求，促进了全市内部审计工作发展。至2010年底，全市建有内审机构595个，其中专职99个；配备内审人员1160人，其中专职921人；完成审计项目2978个，查出损失浪费金额1.82亿元，发现大要案线索26个。