全市审计工作围绕市委、市政府经济工作中心，依法开展审计监督，为促进实现全市各个时期的重大任务、重大目标服务，发挥了重大作用。1991—2010年，累计完成审计项目1.23万个，查出违规问题金额290亿元。
财政审计
1991—2010年，财政审计经历了由“上审下”到“上审下”与“同级审”相结合的转变，由重点审计财政收支审计并重，到以支出审计为主，注重财政收支的真实性、合法性和效益性的转变。
1991年，市审计局对市中区、郊区、鱼台、梁山1990年度财政决算和税收计划执行情况进行审计，12个县（市、区）审计局对29个乡镇、税务部门进行审计，查出违纪违规金额857万元。此后4年，市审计局坚持“上审下”的方法，完成16个（次）县（市、区）财政决算、税收计划执行情况的审计，组织县（市、区）审计局对145个乡镇财政所的财务收支情况进行审计，查出违纪违规问题4672万元。1994年4月，市审计局对鱼台县、梁山县、兖州市和市中区影响财政发展后劲的包袱情况进行了审计调查，结果表明4个县（市、区）财政包袱沉重，财政潜在包袱总计3.92亿元，是财政收入的1.43倍；工业企业实力较弱，效益不好，加之财政刚性支出不断增多，财政状况欠佳。提出精简行政机构和人员、压缩非生产性开支、深化企业改革，引入市场竞争机制的建议。
1996年始，全市推行同级预算执行审计、地税税收征管质量审计，重点对预算收支、各项周转金、税收征收管理、财政专项资金、预算外资金等进行审计，对上一年度本级预算执行审计结论的落实情况进行检查，还统一安排对预算单位银行开户、财政周转金、开发投资公司进行了专项审计，对基本建设支出、政策性补贴等专项资金和预算外资金的管理、使用及效益情况进行审计调查。同时，搞好“上审下”，对泗水县、曲阜市等县（市、区）财政决算进行审计，重点审查上级往来资金，人大批复调整预算执行情况，以及同级审中发现问题的纠正情况。财政审计体系不断完善，2000年，市审计局对市财政局、地税局、国库和市建委、教委、科委、水利局、环保局等9个一级预算执行单位进行审计，沿资金流向延伸审计29个单位，发现预算执行中应纳未纳预算收入、预算约束力不够、超预算拨款、资金账外循环等问题，以及地税征收管理中存在的征管不力、监管不到位等问题。同年，对市中区、邹城市、曲阜市、泗水县、微山县、金乡县等6个县（市、区）政府1999年度财政决算情况进行审计。
2000年后，财政审计着重在“高、深、新”上下功夫，以促进依法规范预算收支管理和财政分配秩序为目标，突出对社会关注重要问题、重大收支项目的审查，并适时增加对部门单位预算执行情况的审计投入，有针对性地向被审计单位提出改进管理的建议，促进依法行政。对审计查出的违反财经法纪的问题，审计机关依法进行处理，并将审计结果向市政府和市人大常委会汇报。2001—2010年，全市共完成预算执行审计项目1224个，查出违规金额98万元。
企业审计
1991—2010年，国有企业审计由重点查处违法违规问题发展到以真实性为基础的资产负债损益审计，走上经济责任审计与财务收支审计相结合，强化监督与为企业服务相结合的路子，促进了国有企业的稳步健康可持续发展。
1991年8月，全市加强改进审计工作座谈会提出，把深化企业审计放在突出位置，坚持依法审计，寓服务于监督之中。同年，全市审计机关围绕搞活国营大中型企业，积极开展承包经营和经济效益审计，采取“分层次、抓重点”的方法，对第一批实行承包的140个市、县属大中型重点企业进行终结审计，重点放在企业资产、债权债务、缴纳利税等主要经济指标完成情况上。市审计局有重点地对济宁毛纺织厂、济宁纺织机械厂、济宁抗生素厂、山推总厂等38家国营企业开展了承包经营责任审计，开展部分三资企业审计。围绕企业经济效益下降、财政部门拨补粮食亏损粮油差价情况、一次性削价处理积压商品、企业留利水平等经济工作中的热点、难点，开展了79项审计调查，调查单位191个，提报专题或综合报告78篇，其中有52篇被党政领导及有关部门采用。在对纺织机械厂开展审计时，编制出一个小型的计算机辅助审计程序，这是市审计局首次利用计算机进行辅助审计。
1992年，全市审计工作围绕“促管理、增效益”，选择经济效益下降大、亏损严重的企业开展效益审计，针对企业内部管理体制不健全、“跑、冒、滴、漏”等现象，有重点地选择38户商业、供销、外贸企业进行审计，在审计中，重点对企业的内部控制制度和经济效益进行延伸审计，认真查找影响企业经济效益的主客观因素，并提出改善企业经营管理、提高经济效益的建议，受到企业欢迎。共提出合理化建议1014条，有595条被有关部门采纳。
1993年后，贯彻落实国务院《全民所有制工业企业转换经营机制条例》，全市审计工作从建立现代企业制度、加快商品流通、提高经济效益出发，加大企业审计力度，注意抓正反两方面的典型。对勇于克服困难、积极增强企业发展后劲、努力提高经济效益而又严格遵守财经纪律的企业，进行表扬奖励，推行免审制度；对于比较差的企业，既帮助其改善经营管理，又及时向领导机关报告，采取改进措施，那些玩忽职守、失职渎职或贪污腐化的企业责任人或亏损严重、扭亏无望的企业，进行曝光和处罚。相继开展工交股份制企业股份制运行情况审计、国营商业“公有民营”情况审计、外贸企业体制改革情况审计调查、利税大户和亏损严重企业资产负债损益审计、国有工业企业税外负担调查、鲁抗医药企业集团公司新项目审计，提出了进一步深化企业改革，加快建立和完善现代企业制度和市场退出机制等建议，引起市委、市政府高度重视。
济宁市审计局开展济宁矿业集团审计工作 （2010年1月摄）
1999—2000年，按照中共十五届四中全会作出的《中共中央关于国有企业改革和发展若干重大问题的决定》，全市审计机关确定以真实性为基础，摸家底、揭隐患、促发展的企业审计思路，加强企业经营活动审计监督。一方面重点抓大型重点国有企业的分类审计，对重点骨干企业主要经济指标的真实性开展调查；另一方面，探索实施了企业领导人经济责任审计，全面客观评价企业领导人员的经济责任履行情况，建立企业经营业绩考核制度和决策失误追究制度。仅2000年，市审计局完成20家市属企业扭亏脱困和21家重点骨干企业1999年度主要经济指标的真实性调查，查出违规行为金额4.16亿元，同时揭露了企业资产、损益不实、管理混乱、外部环境不宽松等问题，提出了深化企业改革等方面的审计建议。
2001—2005年，围绕“摸清家底、排查隐患、堵住漏洞、促进发展”的总体目标，全市审计工作坚持一手抓经营活动的审计监督，查处和纠正弄虚作假、盈亏不实、损失浪费等问题，一手抓改制重组的审计监督，注重加强对国有企业并购、出售、破产等国有资产重组过程的跟踪审计，市审计局主要开展了企业税外负担情况审计、重点煤矿企业资产负债损益情况审计、山东石油集团济宁总公司、中国人民保险公司济宁分公司、济宁烟草公司财务收支审计等，全市审计企业156家，查出违规问题金额3521万元。2004年，金乡县对某企业审计时，移送1起案件线索，涉案人员20人，有6人受到党政纪处分，1人移交司法机关立案查处。2006年后，全市审计机关紧紧围绕提高经济增长质量和效益主题，以促进国家宏观调控政策落实为中心，以提升企业核心竞争力为目标，重点对各大煤矿、制造业企业开展了审计，加强和推进国家宏观调控。2006—2010年，全市审计机关完成124个企业审计项目，其中市审计局共计完成15个企业审计项目，涉及煤炭、电力、钢铁、公共交通、热电等多个行业，查出违规金额41.5亿元，发现并移交案件线索41起，其中23人受到党纪政纪处分或被追究刑事责任，提交信息专报37篇，被省、市主要领导批示8次。2007年4月，配合市纪委对市太平煤矿原矿长任期经济责任进行了审计，查出国有资产流失金额6.3亿元，其他违规金额6290万元，移送涉嫌经济犯罪案件线索32起，包括原矿长在内的多名人员受到党纪政纪处分，被追究刑事责任。
行政事业审计
1991年，全市审计工作进一步扩大行政事业单位定期审计的覆盖面，对124个行政单位实行定期审计，对70个事业单位财务收支进行审计，对查出的偷漏上缴款项、乱拉资金、乱发钱物、请客送礼等问题进行处理，避免一些违纪问题的继续和发生。在对全市公安系统行政事业性收费及罚没收入审计时，查出各种违纪金额99万元，应上缴财政38万元，提出了加强各项罚没收入的管理、加强预算外资金管理等审计建议。1992年，市审计局把有资金分配权、有预算外收入、有罚没收入和违纪问题较多的行政事业单位作为重点，组织市县审计机关对土地管理、环境保护、教育、劳动等部门的178个单位进行审计，重点检查用公款吃喝送礼、挥霍浪费的问题。对劳动部门管理的社会养老保险基金、待业保险基金、教育部门管理的教育附加费等专项资金进行审计，与监察部门配合，对全市道路执法情况进行检查，会同监察、计生部门对计划外生育费的征收管理使用情况进行审计。1993年，市审计局配合有关部门，对重点部门“四清理、三整顿”、党政机关办实体、高息集资和减轻农民负担问题进行专项审计调查，参与人民来信、来访的查证和查处违纪案件工作。1994年，全市重点对公安、工商、土管、教育、技术监督、公路管理等183个部门单位的财务收支进行审计，查出违纪金额2752万元，对违纪单位实施罚款76万元，其中市审计局审计49个部门单位，查出违纪金额244万元，对违纪单位实施罚款15.6万元。
1995—1999年，行政事业审计的重点是政府机关、行政执法部门、经济管理部门的财务收支情况以及专项资金的使用管理情况，对全市农业综合开发资金、扶贫资金、希望工程基金、计划生育经费等专项资金进行审计，在审计中，广泛开展“查内控制度，促财务管理；查违纪违规资金，促廉政建设”的双查双促活动，依法查处挤占挪用、虚列转移、乱收费、乱罚款等违纪问题，促进有关部门加强管理，保证资金的专款专用。
2000年后，市审计局改进工作方法，突出抓好重点部门和系统的行政事业审计工作。先后对公安系统、工商行政管理系统、气象系统、民政系统、食品药品监督管理系统、医院、高等学校、新华书店等进行财务收支审计。2000年7月，对济宁市（含市中区、任城区、开发区分局）、兖州市、曲阜市、邹城市等9家工商局1999年度财务收支情况和1998年度行政性收费和罚没款收缴情况审计时，发现了挪用收缴款搞基建和弥补经费、擅自发放奖金补贴、乱拉集资赞助、无证收费、漏缴税款、虚列支出等一系列问题，查出违纪违规问题金额517万元，向工商部门提出压缩超编人员、减轻经费不足的压力、强化收支两条线管理、加强监督力度等审计建议。2001年5月，对济宁市新华书店及10个县市新华书店2000年至2001年5月的财务收支情况进行就地审计，查出私设“小金库”、账外账2974万元，应转未转销售收入1680万元，挪用增值税返还专款116万元。2004年，市审计局对梁山县人民法院开展审计，共挖出7个“小金库”、3套账外账，涉及金额245万元，查出其他违纪违规问题2300余万元。
2006年后，行政事业审计逐步与预算执行审计、经济责任审计、专项审计相融合、相补充，机制更加灵活、有效。2007年11月，经省审计厅同意，市审计局组织实施对全市工商行政管理机关2005年至2007年6月财政财务收支情况的审计，查出隐瞒收入277万元、违规发放福利补贴690万元、挤占挪用620万元、公款旅游75万元、招待费超支497万元、漏缴税费66万元、往来款未及时清理915万元等问题。2009年，依据全市财政支农资金使用管理情况的审计报告，市政府印发《关于全市财政支农补贴资金管理有关情况的通报》，市纪委处理1名领导干部，与3名领导干部进行诫勉谈话。2010年，对市红十字会财务收支审计中，发现该会常务副会长等多人涉嫌经济问题，移送有关部门，其中4人受到党纪政纪处理。
经济责任审计
1991—2010年，全市经济责任审计工作不断发展创新，党政领导干部经济责任审计范围实现全覆盖，国有企业领导人员经济责任审计趋于规范，任中审计范围不断扩大。
20世纪90年代，主要开展厂长离任经济责任审计，这一阶段的经济责任审计工作，以企业领导人为主要审计对象，以评价经营承包责任的履行情况为主要审计内容。通过开展这项工作，避免“一纸调令到手，拍拍屁股就走”的现象，促进了厂长负责制的落实，为有关部门考察、任免干部，完善承包经营机制，促进企业发展提供了依据。
1999年，全市正式开展领导干部、国有企业及国有控股企业领导人员任期经济责任审计工作。同年12月，召开全市经济责任审计研讨会，明确开展经济责任审计的思路和方法。2000年，全市审计领导干部192人，查出违规金额6.75亿元。新华社、《人民权力报》《中国资产新闻报》《大公报》《中国审计》等新闻媒体专门到济宁市考察报道审计工作。2001年，针对市、县两级机构改革的情况，市审计局不断规范审计工作的程序和方法，紧紧围绕治理和整治市场经济秩序，共对58名领导干部进行了审计。
随着经济责任审计专职机构和联席会议制度的建立，2002年后，经济责任审计趋于规范化，取得一定成效。2004年，市委书记贾万志，市委副书记、市纪委书记刘景伦分别代表济宁市在全国、全省经济责任审计工作会议上介绍工作经验。2000—2005年，全市对1362名党政领导干部和54名国有企业领导人进行经济责任审计，查出违纪违规金额12.98亿元，查出涉嫌违纪和犯罪案件线索135起，涉及353人，有312人受到党纪政纪处分，31人被追究刑事责任。2006年后，经济责任审计重点关注了党的方针政策、国家法律法规贯彻执行情况、财政资金的使用效益和领导干部经济决策与管理的情况，县（市、区）书记、县（市、区）长经济责任审计和同步审计制度逐渐建立起来，为监督、选拔任用干部提供了依据。2006—2010年，全市审计领导干部2059人，查出违规金额102.89亿元，移送司法纪检机关处理140件，涉及人员192人，移送其他部门处理93件。
政府投资审计
1991—2010年，政府投资审计从单一的基建财务审计到开展停缓建项目审计、重点项目开工前审计和工程预决算审计等，再到重点工程项目全过程跟踪审计。
1991年，市审计局对济宁百货站百货大厦工程进行审计，核减工程款30.3万元。1992年围绕控制基建规模，对60个基建项目进行审计，对企业技术改造项目建筑、安装工程决算实行审计验证，审减投资813万元。1993年，市审计局组织力量对岱庄劳改煤矿、济宁—嘉祥327国道、济宁热力公司等大型重点建设项目开展工程决算审计，加强对新开工项目资金来源的审计，对全市432个新开工项目资金来源情况的审计，查出不落实资金1.1亿元。1994—1999年，围绕压缩基建规模、控制基本建设资金投向，继续对新开工项目资金来源进行审计，对在建项目实施跟踪审计，集中精力抓好竣工项目审计，同时组织了技改项目、城建资金审计，促进专款专用。
2000年后，城市建设进程逐步加快，一批重大工程项目相继启动，围绕促进财政资金安全、高效使用，固定资产投资审计工作向政府投资审计全面转型，实现了对所有政府投资建设项目的审计。有重点地选择领导关心、社会关注、投资额度大的重点基本建设项目，从立项、报批、开工到竣工决算等各个环节开展跟踪审计。先后完成对付村煤矿、岱庄煤矿、许厂煤矿、济宁学院、新世纪广场等建设项目的审计。2002年，根据省审计厅要求，市审计局组织市县两级审计机关组成11个审计组，分别对济宁市电业局、兖州电业局（直供局）和10个趸售县（市、区）供电局的城乡电网建设改造及农村电网“两改一同价”政策的执行情况进行审计和审计调查，发现城乡电网工程施工未按规定进行招投标、工程结算不实等问题，移交2起挪用公款、涉嫌贪污电费的线索。省审计厅召开六市审计局城乡电网建设与改造项目审计经验交流会，推广济宁市的做法。2004年7—9月，市审计局统一组织对市农村公路改造工程项目审计，审计发现投资计划执行不严、招投标机制、监理制执行不严，合同管理不规范、施工质量存在隐患、道路养护管理不善、闲置建设资金、少缴税费、拖欠工程款等问题，提出建立工程质量责任制、严把工程建设质量关、完善筹资机制、加强农村公路养护等建议。
2005年后，全市相继成立政府投资审计专职机构，政府投资审计趋于规范化、制度化管理。同时，围绕工程建设领域突出问题治理，严肃查处截留挪用、损失浪费、招标投标弄虚作假、高估冒算等各类违规行为。2005—2010年，全市完成政府投资审计796个，审减工程造价21.9亿元。
金融审计
1991—2010年，全市金融审计业务不断深化、拓展，从最初的财务收支审计到信贷资金的审计，逐步转入了以揭示和防范金融风险为中心，全面覆盖金融企业的资产和负债业务。
1991年，市审计局对中国农业银行、中国工商银行、中国建设银行济宁市分行及各县（市、区）支行1990年财务收支情况进行审计，查出违规金额163万元。针对发现的问题，提出加强成本管理、深化内部改革等审计建议。1993年，组织对农行、建行、工行、中行等执行中央整顿秩序措施情况进行专项审计，查出违章拆借资金、拆借与存贷利率混乱、金融部门兴办实体等问题，查出违纪金额698万元，有力地促进金融秩序的全面好转。同年11月，对济宁市6个“省重点技改项目”有贷款任务的金融机构贷款到位情况开展审计调查。1994年，重点对中行、农行、工行、建行所属的57个独立核算的信托投资公司进行审计，重点检查业务收入、成本费用、收益分配的合理性、合法性，同时对工行、农行新旧财务制度衔接中国有资产变动情况进行调查，对4个县（市、区）夏粮收购资金计划落实、供应和管理使用情况，专户管理和结算情况进行全面审计。对资金到位率低、制度执行不严等问题提出解决问题的建议和措施。1995年，重点对中国银行、建设银行1994年度资产、负债、损益的真实、合法和效益进行审计，重点揭示银行盈亏的真实情况，严肃查处和纠正财务收支中和新旧财会制度转换过程中违反财经法纪、损害国家利益、造成国有资产流失的问题，从加强金融管理、促进金融体制改革等方面提出意见和建议。1999年，按照审计署安排，对工商银行济宁分行、建设银行济宁分行系统、全市农村信用社系统1998年度资产负债损益的真实、合法、效益情况进行审计。
2000年后，由于管理体制限制，金融审计多数依照上级审计机关的安排开展工作。根据省审计厅授权或安排，先后对中国农业银行、中国建设银行、中国工商银行济宁市支行、全市城市信用社系统、全市12个农业发展银行分支机构的资产、负债、损益情况进行审计，为整顿金融秩序、促进国家金融调控政策措施的落实发挥积极作用。
利用外资审计
1991—2010年，全市审计机关在外资运用审计领域不断探索、勇于实践，在促进加强管理、完善制度和提高资金使用效益方面发挥着重要作用，维护了国家信誉和外资安全。
1992年，组织市县区60余人对全市“三资”企业截至1991年底的财务收支主要情况进行审计调查，提出优化外商投资结构，加强可行性研究报告的科学性，充分利用济宁市自然资源、旅游资源优势，提高开放意识的建议。这次统一组织的大规模审计，为探索中外合资合作企业审计路子积累了经验。1993年，先后组织对西德粮援项目、世行贷款农灌项目的审计，严肃查处项目实施中挤占挪用专项资金等违纪问题，促进项目的实施和资金运用效益的提高。为全面了解全市合资企业状况，在完成重点外资企业审计的同时，对外资企业经营情况进行调查，将调查情况向市人大常委会主任办公会议作专题汇报，并针对外商出资到位低、投产开业率低、资金投向不尽合理以及个别企业搞假合资，损害国家利益的问题，分别提出解决措施，使党政领导和有关部门全面掌握全市合资企业情况。1994年，先后对西德粮援项目、世行贷款农灌项目的审计，严肃查处项目实施中挤占挪用专项资金等违纪问题。认真研究和探讨新形势下对中外合营企业审计的内容和方法，先后对济宁大成汽车维修有限公司、济宁华新火柴联合有限公司等9家中外合营企业1993年度财务收支情况进行审计，查出违纪金额19万元。1995年，外资审计向纵深发展，先后组织对德国政府粮援项目、世行贷款结核病防治项目、世行贷款农灌项目、师范学校教育项目等的审计，对项目资金管理、投资效益进行了检查。对中外合资企业1994年度财务收支情况开展审计，其生产经营和管理情况进行深入分析，提出加强可行性研究、增强企业竞争能力等方面的建议。1997年，围绕提高外资使用效益，加强对外资项目的管理监督，市审计局先后对德国政府粮援项目、红十字会救援项目、利用世界银行贷款加强灌溉农业项目等开展审计，不仅查出违纪问题，更多的是关注项目管理中存在的问题，深入项目现场，查勘项目管理情况，在连续审计的基础上，审计项目资金10亿元，中外合资企业5家，查出损益不实金额600万元，向市政府提交审计报告。其中，利用世界银行贷款加强灌溉农业审计项目获省政府表彰。
1999—2000年，按照上级审计机关部署，市审计机关坚持“内外合一、如实披露”的原则，全面加强和改进国际金融组织贷款和国外援助项目审计工作，依法加大审计处理和披露的力度，提高审计机关的信誉和权威，为积极、合理、有效地利用外资发挥积极促进作用。重点对济宁师范专科学校世行贷款“师范教育发展项目”等17个利用外资项目进行审计，审计资金总金额近5亿元，查出违规行为金额2380万元。审计结果得到省审计厅的肯定，在全省考评中，有4个项目被评为优秀。
2001年后，利用外资审计以促进加强管理、提高资金使用效率和外债偿还能力为目标，先后对泗水、邹城两地中德合作山东粮援项目、曲阜、泗水2个林业可持续发展项目、利用世界银行贷款中国种子商业化项目、市卫生局利用世界银行贷款结核病控制项目、12个县（市、区）利用世界银行贷款加强灌溉农业二期项目、全市政府外债管理体制情况、兖州、曲阜两市污水处理厂利用外国政府贷款项目、森林资源发展与保护项目开展专项审计调查，重点检查国外贷款资金和国内建设资金到位情况，项目设备采购使用情况，揭露项目执行中存在的违反国家法规和国外贷款项目协定等问题，从管理机制上分析产生问题的原因，提出加强和改进管理的建议。
专项审计
20世纪90年代初，针对农业资金较多的特点，全市审计工作把支农资金作为专项审计重点。1991年4月，市审计局对济宁市优质棉基地专项资金开展审计，将建设补助费和粮棉基地县的农业专项资金作为审计重点，揭示和反映一系列问题，如资金拨付与计划项目规定的开工时间不衔接，造成资金不能及时足额到位；有的项目进展缓慢或尚未实施，形成呆滞未用资金；有的项目计划编制不够实际，执行变动较大。1991年7月，泗河流域连降大暴雨，导致泗河水位急剧上涨，淹没冲毁部分土地，造成较大经济损失。围绕救灾资金安全有效使用，市审计局及时对资金分配使用情况进行审计，在摸清工程建设、物资调拨以及受灾民众生活补助情况的基础上，对救灾资金分配使用提出审计建议。
1993年，按照上级对审计工作的要求，把赠送礼金和有价证券问题作为审计监督一项经常性内容，重要问题及时向政府报告，并认真追查到底，对查出的违反财经纪律问题，依法严肃作出处理。同年6月，市审计局委托嘉祥、梁山两县审计局就1991年和1992年农民负担问题，分别调查了2个乡镇和4个村，揭示和反映了统收混支现象严重、部分专款未能专用、挤占挪用统筹费、逐级加码提留等造成农民负担重的因素，提出建议，广泛开展减轻农民负担宣传教育活动；坚持实事求是、量力而行，尽可能考虑农民承受能力；加强资金监管，做到专款专用；加强监督检查，增强自我约束机制。同年8月，市审计局、监察局联合印发《关于申报党政机关高息集资项目的通知》，对党政机关、人民团体、下属科室单位自1991年以来用公款或私款高息集资项目进行审计，核实7家单位进行私款集资，参加集资人员316人，共计集资金额77.48万元。大部分资金用于本单位兴建经济实体及投放到有关企业，只有少数单位用于其他项目。由于集资时间较短，多数经济实体属于亏损，仅有民族事业委员会发放集资利息1.32万元。1993年，市审计局组织对全市科技三项经费管理、使用和效益情况及全市救灾款物的发放、管理、使用情况进行审计调查，专项审计的范围和领域得到深入拓展。
1994—1999年，全市专项审计力度不断加大，针对性不断增强，主要对医药行业“宣传、包装费和回扣”情况、全市农业综合开发资金、扶贫资金、希望工程基金、计划生育经费、社会保障资金进行审计调查。
进入21世纪，全市审计工作更加突出对重点资金、重点领域的监督。2000年5—6月，市审计局对市直及兖州、曲阜、邹城市1998年、1999年度排污费征收管理和使用情况进行审计，发现地方政府调用环保补助资金搞市政工程建设、环保部门违规豁免环保贷款及挤占环保补助费的问题，查出违纪违规金额642.23万元，对违纪违规问题进行严肃处理，提出了加大环保投入、加强排污费征收管理等建议。2001年，重点开展对财政周转金、社会保障资金、住房资金、解困资金、普教经费、中小学乱收费以及尼山水库除险加固、防汛维修资金等重点事项的审计，共查出各类违规行为金额1.25亿元。
2002年，市审计局先后对27个单位的行政事业性收费、政府性基金及其他预算外资金贯彻执行“收支两条线”规定情况进行审计；对5个县（市、区）政府及物价部门执行物价政策和罚没款收缴情况进行审计；对市直及邹城市、兖州市体育经费和体育彩票资金管理使用情况进行审计；对市本级、任城区、兖州市、曲阜市、邹城市三峡移民外迁安置及省、市、县等地方补助资金拨入、使用和管理情况进行审计；对市本级、微山县、邹城市、任城区2000—2001年矿产资源补偿费征收解缴和管理情况进行审计。对某监测站原站长转移隐匿专款40万元，涉嫌贪污移送检察机关处理；对11家企业基本养老保险基金的征管用情况进行审计；对市福利彩票发行、管理、使用及结余情况进行审计；对11个县（市、区）城乡电网建设与改造项目建设资金的来源、使用情况，投资管理情况进行审计和审计调查。审计金额总计13亿元，查出违规行为金额6.7万元。
专项审计成为审计部门重要的审计方式和手段，开始向资金效益性审计转变，逐年加大效益审计分量。2003年，市审计局对防治“非典”专项资金和捐赠款物进行审计，同年，根据省审计厅要求，组织12个县（市、区）审计局对全市2002年度农村税费改革情况进行专项审计调查，反映和揭示了农业两税附加未全面设立专户、应征未征两税及附加、挤占挪用以及税费改革配套措施不到位、乡镇债务普遍较大、农民负担反弹存在潜在隐患等问题，提出一系列建议。
2004—2007年，相继对国有土地使用权出让金征管情况、外贸发展基金管理使用情况、农村公路改造工程项目、城市居民最低生活保障资金管理使用情况、济宁市第四批三峡库区移民外迁安置资金、慈善捐赠资金、省级科技三项费用等开展专项审计，促进了规范化管理。
2008年后，围绕各级党委、政府中心工作和民生工程，开展一系列专项审计和调查，大规模组织全市2007年企业职工基本养老保险基金、城镇职工基本医疗保险基金、失业保险基金、工伤保险基金、生育保险基金的收支、管理情况的审计，发现并移交1起涉嫌贪污社保基金的案件线索。对全市40家困难企业改革脱贫和破产清算资金的管理使用情况开展专项审计，摸清了2007年5月后企业在破产清算过程中财政专项补助和变现收入的管理情况。2009年，将政府为民办实事项目纳入审计监督范围，对免费婚检、有线电视户户通等项目开展了跟踪审计。