1991年，市审计局相继建立起一套较为完整的审计监督制度，对财政财务收支数额大、关系国民经济全局的重点单位、重点行业进行审计，对下级政府上年度财政决算和税收计划执行情况进行审计，对基建投资、农业资金、利用外资方面进行审计，把政府部门、地方财政、国家金融机构、重点企业事业单位作为审计重点，逐步开创审计监督新局面。
1992年，为适应建立社会主义市场经济体制的需要和党的十四大对审计工作的要求，市审计局及时调整工作思路，突出审计监督在宏观管理中发挥作用，从宏观着眼，对审计发现的普遍性、倾向性问题进行分析研究，向政府和有关部门提出建议，促进完善政策、法规和改革措施。围绕经济工作中心，对一些重要问题进行审计调查，促进加强和完善宏观管理。围绕整顿金融秩序，先后组织对农行、建行、工行、中行执行中央整顿秩序措施情况进行专项审计；围绕促进企业提高经济效益，以利税大户和管理较差的国有大中型工商企业和支柱行业为重点，对大中型工商企业进行审计，针对企业经营管理中存在的问题，帮助其建章立制、完善内控制度、制定扭亏增盈措施。
1993年，市审计局对新开工建设项目的资金来源进行审计。基建项目开工前审计的开展，对防止和纠正盲目扩大建设规模，节约建设资金，起到了重要作用。自此，对固定资产投资的审计监督全面展开。
1994年，按照《中华人民共和国审计法》要求，市审计机关对审计行为进行规范，开始探索开展同级财政审计，确立审计局在财政经济运行中所处的监督地位。1995年，市审计局指导泗水、曲阜等县市审计局开展“同级审”试审工作。次年，对市本级预算执行情况进行审计。开展同级财政审计，并建立政府向人大常委会提出审计工作报告制度，发展和丰富审计监督制度。
1997年，围绕中共十五大提出的奋斗目标和任务，市审计局坚持“依法审计、服务大局、围绕中心、突出重点、求真务实”的20字方针，明确了审计工作的方向，突出对重点领域、重点部门、重点资金的审计监督，财政审计从对财政收入审计和支出审计并重逐步转向以审计财政支出为主，以揭露问题为主；金融审计把防范和化解金融风险作为主要目标，把“风险、效益、管理”作为审计关注点，重点审查信贷资金的投向和效益，促进金融机构改进信贷资金管理；企业审计形成“以真实性为基础，摸家底、揭隐患、促发展”的工作思路，推动大中型国有企业法人治理结构的逐步完善；固定资产投资审计实现全程跟踪模式；专项审计手段更加灵活、范围更加广泛。
1999年，市委办公室、市政府办公室出台《济宁市机关事业单位领导干部任期经济责任审计暂行规定》《济宁市国有企业及国有控股企业领导人员任期经济责任审计暂行规定》，经济责任审计全面开展。市审计局主导制定了经济责任审计工作操作规程和审计结果模式，从审计内容、审计程序、审计评价、审计文书等方面进行规范。2003年8月，市纪委、市委组织部、市监察局、市人事局、市审计局印发《济宁市经济责任审计工作联席会议制度》，在全市建立联席会议制度、审计结果利用制度。此后，市审计机关根据领导人经济责任的特点，不仅关注重大经济决策、重大投资项目、政府负债等，也对土地、环境、资源利用的可持续性予以关注，相继在经济责任审计领域建立审计计划管理、简易审计程序、离任经济责任事项监督交接制度。任中审计普遍开展，与财政审计、金融审计、企业审计等实现了资源整合。经济责任审计在强化干部监督管理、加强反腐倡廉建设、推动经济社会科学发展、完善国家治理等方面发挥了重要作用。
2000年后，济宁市审计机关加大与纪检监察、检察、公安等部门工作协作力度，先后与检察、公安等部门建立案件移送制度。审计机关发现被审计单位及有关人员违反刑事法律，属于公安机关管辖刑事案件范围的，及时移送同级公安机关；涉嫌构成犯罪需要追究刑事责任的，将犯罪案件线索移送检察机关。
随着城市化进程加快，济宁市固定资产投资审计进入迅速发展阶段，审计机关将政府投资建设项目全部纳入监督范围，开始聘用中介机构参与政府投资重大项目审计。2006年后，固定资产投资审计全面转型为政府投资审计，范围涵盖了以财政性资金、公共性资金等为来源的工程、项目，特别对投资规模大、社会关注度高的建设项目、民生项目，实行提前介入、全程跟踪审计。
2000年4月27日，济宁市工交企业行政事业审计工作会议在邹城召开。
2007年，市审计局贯彻落实科学发展观，牢固树立科学审计理念，依法履行职责，积极开拓创新，着眼国家治理的目标部署审计，围绕国家治理的任务实施审计，提高了审计质量和工作水平。把“推进法治、维护民生、推动改革、促进发展”作为审计工作的出发点和落脚点，自觉融入经济社会发展大局，加强对政策落实、权力行使、经济运行、民生保障、资源环境等情况的审计监督，注重揭示和反映制约经济社会健康运行的突出矛盾，更加有效地发挥审计监督的预防、揭示、抵御功能。在审计中，一手抓重大违法违纪案件、重大失职渎职行为、重大决策失当、重大损失浪费、重大管理漏洞等事项的揭露和查处，推进廉政建设和反腐败斗争，维护经济秩序和国家利益，促进责任追究和问责机制的健全完善；一手抓产生问题的深层次原因、各种风险隐患的分析和反映，从体制、机制、制度层面提出建议，推进民主法治建设，完善制度和深化改革。
2008年5月，市委、市政府出台《关于进一步加强审计工作的意见》，对加强审计工作特别是完善审计制度作出部署。此后，12个县（市、区）党委政府相继出台意见加强审计工作，标志着全市建立并形成了以财政审计、政府投资审计、经济责任审计、企业审计、专项审计为主体，以资源环境审计、外资审计、金融审计、民生审计等为辐射的审计监督体系。
在推进审计制度体系健全完善的同时，市审计机关内部管理制度进一步创新。20世纪90年代，市审计局相继建立或实行社会审计工作考核评比制度、廉政谈话制度、业务人员量化考核办法、信息宣传考核办法、统计工作考核办法等，设立了举报电话。2000年以后，又实行审计项目招投标制度、审计项目限时管理制度、内部复审办法、审计结论落实暂行办法、风险追究办法、审计行风监督员制度、与派驻纪检组协作制度等，建立了审计机关人才库，印发《关于规范县（市、区）审计机关财务管理的意见》，建立县（市、区）审计机关审计制度。与财政部门联合印发《关于执行审计机关作出的暂停财政拨款核减财政预算内外拨款处理决定的通知》，对拒不执行审计决定的个别单位核减财政拨款。市政府印发《审计结果公告办法》，建立审计结果整改联合督查制度。1998年始，市审计局建立优秀审计项目评选制度，促进了审计质量提高。2003年，市审计局“山东省七五生建煤矿许楼矿井建设项目预算执行情况审计”、泗水县审计局“泗水县计划生育局财务收支情况审计”被省审计厅评为全省优秀审计项目，济北矿区葛亭矿井工程竣工决算审计项目被评为“全省优秀固定资产投资审计项目”。
济宁市审计局开展济宁机场改扩建项目审计工作 （2010年7月摄）
