1991年，市审计局内设人秘科、工交企业审计科、财政金融审计科、商业企业审计科、基本建设审计科、综合科、内审指导科、纪检组、行政事业审计科等9个科室。1992年7月，增设法制科、监察室，1994年2月，增设外资运用审计科。1996年11月，设办公室、综合法规科、财政金融审计科、行政事业审计科、工业交通审计科、商贸审计科、固定资产投资审计科、农业审计科、外资运用审计科、内审社审管理科等10个职能科室，机关编制60人，其中工勤人员6人。配备局长1人，副局长3人，科级领导职数20人。
2001年10月，设办公室、法制科、财政金融审计科、行政事业审计科（挂社会保障审计科牌子）、经贸审计科、农业与资源环保审计科、固定资产投资审计科、外资运用审计科和人事科。成立市经济责任审计办公室，为副处级机构，设置审计一科、审计二科、审计三科和综合科，使用事业编制15人。2004年4月，设政策研究室。2005年8月，成立市政府投资审计处，为副县级全额预算管理事业单位，内设4个科室，编制10人，隶属于市审计局领导。2007年4月，市审计局设立高新区审计工作处，为科级全额预算管理事业单位，实行双重领导，以市审计局管理为主，核定编制6人。
2009年，市委、市政府成立经济责任审计工作领导小组，市长任组长；组建济宁市经济责任审计工作联席会议，纪检监察、组织、人事、财政、审计等部门为成员单位。2010年，市审计局内设办公室（挂审计保障科牌子）、人事科、法制审理科、财政审计科、企业审计科、农业与资源环保审计科、社会保障审计科、信息科、审计结果执行科、市经济责任审计办公室以及行政事业审计一至六科等16个职能科室。2010年11月，济宁北湖省级旅游度假区审计局成立。
1991年，内审指导科负责全市内部审计指导和协调工作，而作为社会审计组织的审计师事务所隶属于审计机关。1991年底，全市有社会审计事务所13个，配备人员86人。1992年7月，市审计局综合服务公司成立，为下属集体所有制企业，面向社会开展审计、会计业务咨询，实行自主经营、独立核算、自负盈亏，1993年10月撤销。1996年以后，市内部审计、社会审计的指导和管理工作由内审社审管理科负责。随着社会主义市场经济的发展完善，内部审计实行行业化管理，社会审计则走上职业化发展道路。1999年11月，市审计师事务所与市审计局顺利脱钩，各县级审计师事务所相继被撤销、改制。2001年，市政府将指导和管理社会审计的职能划归市财政局。2002年，济宁市内部审计协会成立，担负起指导管理全市内部审计工作的职责。
2009年5月7日，济宁市审计局召开领导干部经济责任审计进点会。
