企业领导人员管理
2006年1月，市委组织部承担的市属企业干部管理职能移交市国资委党委，共接收在职领导人员107人，其中女干部3人，少数民族3人。至2010年年底，共管理在职市管企业领导人员63人，其中女干部3人，少数民族3人。
2006—2008年，连续3年在全国范围内公开选拔山拖农机装备有限公司董事长、总经理，济宁市公共汽车公司总经理，山东永泰照明电器有限公司总经理，济宁能源发展集团有限公司副总经理、总经济师等领导人员8人。2008年，通过竞争上岗方式，公开选拔济宁市东郊热电厂主要负责人2人。
市国资委党委坚持每年对市管企业领导班子和领导人员进行考核。通过年度考核、组织考察，对11家企业领导班子进行充实调整，调整企业领导人员72人。
根据省委组织部《关于调整〈山东省因公出国（境）人员审批单位名单〉的通知》及市委组织部《关于调整市属有关企业因公临时出国（境）人员审批权限的通知》精神，授予市国资委因公出国（境）人员审批权限，对所监管企业人员因公出国（境）进行审批管理。至2010年底，按照审批工作程序，共审批出国人员74人。
企业基层党组织建设
2006年1月，市委组织部承担的市属企业党的建设管理职能移交市国资委党委。接收16家市管企业党员党组织关系，共有党组织291个，其中，25个党委、16个党总支、250个党支部；党员5651名。至2010年年底，共有党组织311个，其中，党委30个，党总支13个，党支部268个；党员6649人。2006年8月，市国资委批复成立济宁市公共汽车公司党委、济宁东郊热电厂党委。7月，根据《关于在市管企业开展“四好”领导班子创建活动的实施意见》，认真开展“四好”领导班子创建活动。8月，市国资委组织3个调研组，对市管企业领导班子建设情况进行专题调研。12月，制定印发《关于建立健全市管企业党建工作责任制的意见》，进一步完善党建工作责任制和工作机制。
2007年2月，根据省委组织部和市委组织部有关通知精神，按照党代表推选“三上三下”程序要求，认真做好党的十七大代表候选人、省第九次党代会代表候选人初步人选的推选和市第十一次党代会代表候选人的推选工作，召开市国资委第一届党员代表大会，选举产生7名市管企业出席市第十一次党代会代表。7月，印发《中共济宁市人民政府国有资产监督管理委员会关于进一步健全完善市管企业基层党组织和党员公开承诺制度的通知》。8月，按照《济宁市党员和党组织信息库建设暨升级方案》要求，建立市管企业党员和党组织信息库31个，实现基层党组织建设、党员发展、党员学习培训、组织生活、党员和党费管理、党内统计等工作的标准化、规范化、动态化、科学化。
2008年5月，根据推进济宁煤炭企业整合的需要，成立济宁能源发展集团有限公司党委、纪委。撤销了济宁矿业集团有限公司党委、纪委和山东鲁泰煤业公司党委。6月，根据市委组织部要求，经市国资委党委研究决定，从市管企业中推荐省级先进基层党组织2个、市级先进基层党组织3个，市级优秀共产党员4人、优秀党务工作者2人。2008—2010年，每年召开市国资委党委庆“七一”表彰大会，共表彰市国资委系统在企业改革发展中涌现出来的先进基层党组织95个、优秀共产党员90人、优秀党务工作者50人。
2009年5月，华能驻济五电厂（华能济宁电厂、华能运河电厂、华能曲阜电厂、华能嘉祥电厂、华能济宁热电厂）及山东塑胶集团党委组织关系划入市国资委党委管理。
企业党风廉政建设
2006年，印发《关于加强全市国有企业党风廉政建设和反腐倡廉工作的意见》，建立完善反腐倡廉工作制度。2008年5月，根据《中共济宁市纪委、济宁市总工会、济宁市监察局、济宁市国资委、济宁市煤炭工业局关于对煤炭企业投资入股问题进行清理纠正的通知》，认真开展全市国有煤炭企业投资入股问题专项清理工作。2010年，组织开展工程建设领域突出问题专项治理工作，对2008年后立项、在建和竣工的建设项目进行全面排查。2010年8月，市国资委、市纪委联合印发《全市国有及国有控股企业“小金库”专项治理实施办法的通知》，在全市深入开展国有及国有控股企业“小金库”专项治理工作，并建立和完善防治国有及国有控股企业“小金库”的长效机制。2010年10月，济宁供水集团总公司、济宁矿业集团运河煤矿被评为“省级廉政文化示范点”。