企业投资建设
2006年，济宁华润燃气有限公司分别投资1.07亿元和1.3亿元，铺设92.75公里的次高压燃气管道和155公里的中压燃气管道，全部工程于2011年完成。
2007年，济宁车轮厂筹资1500万元新上板材车轮生产线，提高了生产能力，巩固了国内市场占有率前3名的地位。中银电化新上16万吨离子膜烧碱工程项目，总投资2.5亿元，巩固了国内盐化工企业效益第一集团军地位。同年11月28日，投资7.09亿元，年产原煤180万吨的阳城煤矿正式投产。
2008年，中银电化烧碱项目投入7000万元。供水集团投资4159.56万元，建设邹城污水中水回用工程，于2010年完成。山东鲁泰煤业投资1.9亿元的焦炉煤气综合利用发电项目立项，2011年5月，发电机组投入运行。投资11.73亿元的霄云煤矿立项，2011年底实现试生产。济能发集团与山东省塑料工业有限公司合资建设80万吨焦炭和30万吨焦油加工项目。
2009年，济宁市公共汽车公司新购100辆新型公交车，新建占地250亩的4处停车场、洗车场，调整优化及新开辟线路10条，基本实现城区公交一体化。济能发集团总投资10亿元的山东佛都半导体照明项目进展顺利，一期工程（2010年）的产品投放市场，每年可新增销售收入3.8亿元，实现利税5700万元。山东鲁泰煤业30万吨烧碱/年及30万吨树脂/年改扩建项目（含配套建设危险化学品码头和企业变电站）与电石渣、粉煤灰综合利用配套水泥项目立项，项目投资分别为16.72亿元、3.2亿元。7月21日，投资7.8亿元，年产原煤45万吨的花园煤矿正式投产；9月26日，总投资14.27亿元的阳城电厂投产。济矿集团出资6.5亿元收购山东里能集团有限公司新河二号井；与易高天然气（济宁）有限公司合资建设新能源物流项目。
2010年，根据市委、市政府《济宁市2010年水污染防治迎查工作方案》要求，供水集团及中山公用水务有限公司承建的济宁市污水处理厂一级A升级改造工程于6月28日全面开工。供水集团出资受让邹城市污水处理厂不含管网的现有资产，济宁市东郊供热有限责任公司出资合作建设曲阜市城区集中供热项目，积极推动全市区域水务、供热一体化进程。供水集团出资设立山东济宁公用房地产开发有限公司，注册资本2000万元，从事房地产开发与经营、物业管理服务、房屋出租。济矿集团与山东省塑料工业有限公司合资建设焦炉煤气综合利用热电项目。
2009年12月28日，济矿集团循环经济示范园区阳城资源综合利用电厂投产发电仪式举行。
企业改革改组
1991年后，随着社会主义市场经济体制的建立，企业改革力度不断加大，企业改革不断向纵深发展，突破了所有制结构和企业组织形式单一化的模式，向建立现代企业制度不断迈进。截至1998年底，全市组建33家重点企业集团，其中有11家企业被列入省重点企业。
为促进全市经济发展、加快引进和利用天然气工程建设，按照市委、市政府的安排部署，济宁市煤气公司与香港华润集团有限公司通过协商，于2006年6月10日签署《关于成立济宁华润燃气有限公司的合资协议》。《协议》约定：济宁市煤气公司与香港华润集团有限公司各出资45%，济宁市煤气公司职工以自然人身份作为合资公司丙方出资10%，合资公司注册资本初定2500万美元（约合2亿元人民币），合资期限30年。2006年12月22日，市政府批复同意成立合资公司。2007年3月11日，济宁华润燃气有限公司正式揭牌成立。济宁市煤气公司与香港华润集团的合资，为济宁市成功引进1508万美元外资，为全市引入天然气和进行天然气管道改造提供了充足的资金保证。
以鲁泰煤业项目合作为基础，市政府与中国信达资产管理公司建立战略合作关系，并于2007年12月12日达成将鹿洼、太平两矿采矿权评估作价作为济宁出资进入鲁泰煤业意见。同时，双方签署《全面战略合作协议》。
围绕改造提升传统商贸业，华联商厦与山东银座投资集团签署全面合作框架协议，由银座商城对华联商厦实施重组，推进全市传统商业资源优化整合。市国资委、济宁华联商厦股份有限公司、山东银座集团投资有限公司及山东银座商城股份有限公司于2007年12月21日签订《合作框架协议》，实现山东银座商城对济宁华联商厦的全面重组。2008年11月30日，银座购物广场济宁店开业。
按照市委、市政府关于组建大型矿业集团、整合济宁市煤炭资源的工作部署，根据有关法律法规和政策，借鉴外地经验，结合全市煤炭工业及相关产业发展状况，市政府于2008年4月批复组建济宁能源发展集团有限公司，性质为国有独资。5月10日，济宁能源发展集团有限公司正式挂牌成立。2009年3月18日，济宁能源发展集团有限公司与陕西中太能源投资有限公司举行合资合作签字仪式。济宁能源发展集团有限公司成功收购储量1.8亿吨的陕西省朱家峁煤矿，迈出了“走出去”战略的第一步。
2008年，积极推进山东吉客隆集团有限公司与济宁贵和购物中心有限公司重组。济宁贵和购物中心有限公司投资2.1亿元分别在济宁城区、邹城、兖州吉客隆公司的基础上进行扩建，此次重组有效促进山东吉客隆集团体制和经营机制的转换，盘活存量资产，实现资源的有效配置，促进流通业的健康发展。积极实施供水集团供排水整体挂牌招商，引进上市公司广东中山公用股份有限公司出资3.18亿元，成立济宁中山公用水务有限公司。2008年6月1日，市供水集团与广东中山公用事业集团签订合资合作协议，8月3日新公司正式挂牌运作。
2009年4月25日，市国资委与兖州市政府、山东五征集团有限公司、山拖农机装备有限公司及山东拖拉机厂破产清算组签订《合作协议》，由五征集团出资1亿元入股山拖农装公司，在增资扩股后3个月内，山拖农装公司完成收购山东拖拉机厂生产经营性资产和土地，同时市国资委将国有股权依法转让给五征集团。同年8月27日，联想控股有限公司投资济宁中银电化有限公司框架协议签字仪式在济宁举行。12月，市国资委、汶上县政府、山东齐天化学集团有限公司、山东济宁电化股份有限公司及济宁中银电化有限公司与联想控股有限公司正式签订《联想控股有限公司投资济宁中银电化有限公司合作协议》。联想控股计划5年内投资50亿元，实现中银电化退城进园、扩大产能、开发氯碱工业上下游产品、拓展相关产业、形成产业集群，跻身国内同行业第一集团。
2010年，市东郊热电厂以曲阜高温水供热项目为合作基础，分别与曲阜圣华热电有限公司、山东圣方热力有限公司按51%、39%、10%的出资比例合作成立新公司，并于6月11日在曲阜签订合作协议。
为打破山东济宁车轮厂体制、机制制约，增强企业内部活力，实现长远发展，决定进行改制重组。2010年12月，市政府印发《关于山东济宁车轮厂合作重组有关问题的批复》，同意山东济宁车轮厂改制方案；31日，山东省塑料工业有限公司与山东济宁车轮厂实现合作。
为使济宁矿业集团有限公司尽快嫁接资本市场，实现规范管理，同时加快上市步伐，2010年底，引进世界500强平安集团出资8亿多元增资济矿集团。
企业外派监事会建设
2009年12月，市政府印发《济宁市市管企业监事会管理办法》。规定市国资委负责市管企业监事会的管理工作，代表市政府向市管企业派出监事会，对企业的决策和经营管理活动进行监督。2010年，市国资委通过公开招考的方式面向社会招聘8名专职监事。