1990年3月，济宁市国有资产管理局（简称市国资局）成立，编制7人，为副县级事业单位，挂靠市财政局领导。同年7月，设企业国有资产管理科、行政事业国有资产管理科；至年底，配专职干部4人。1997年4月，市政府办公室印发《济宁市国有资产管理局职能设置、内设机构和人员编制方案》，市国资局内设综合科（挂办公室牌子）、企业科、行政事业资源科、资产评估管理科、统计评价科（挂市清产核资办公室牌子）5个职能科室，机关编制17人，挂靠市财政局管理。
2005年12月16日，济宁市人民政府国有资产监督管理委员会揭牌仪式举行。
1998年5月12日，成立济宁市国有资产管理委员会，市长兼任主任；委员会下设办公室，与市国资局合署办公，为正县级单位，市国资局局长兼任办公室主任。1998年7月，经市政府批准，成立市产权交易中心，编制15人，为副县级事业单位，挂靠市国资局管理，内设产权交易科、信息服务科、综合财务科3个科室。
2000年，市政府机构改革，市国资局并入市财政局，仍履行原市国资局职能。2002年4月，市稽察特派员管理处由市人事局划归市国资办，副县级事业单位，编制7人。2004年3月，市稽察特派员管理处更名为市监事工作办公室，为副县级全额拨款事业单位，编制7人，配备主任1人，副主任1人。
2004年11月，撤销市国资办，设置济宁市人民政府国有资产监督管理委员会（以下简称市国资委），为市政府直属正处级特设机构。济宁市政府授权市国资委代表国家履行出资人职责，实行管资产和管人、管事相结合，并将市财政局承担的管理市级国有资产的职能，市委组织部管理部分市属国有企业领导干部的职能，市经济贸易委员会指导国有企业管理和改革的职能，以及市劳动和社会保障局承担的拟定国有企业经营者收入分配政策、审核市属企业工资总额和主要负责人工资标准的职能调整至市国资委。
2005年11月12日，济宁市人民政府国有资产监督管理委员会内设办公室（党委办公室）、产权管理科、政策法规科（研究室）、统计评价与业绩考核科、企业规划发展与改革改组科（挂市国有企业兼并破产办公室牌子）、企业资产评估管理科、企业分配科、企业领导人员管理科（党委组织部）、宣传与群众工作科、人事教育科10个职能科室；市监事工作办公室、市产权交易中心划归市国资委管理。市国资委机关行政编制40人。
2009年4月，济宁市产权交易中心撤销，职能调整划归市招标投标监督管理委员会办公室。同年，市国资委变更为市政府工作部门。2009年12月，因济宁市纪检监察体制改革，市国资委纪委职能上划市纪委，撤销监察室机构。
2010年4月，市政府办公室印发《关于济宁市人民政府国有资产监督管理委员会主要职责、机构设置和人员编制规定的通知》，确定市国资委“三定”方案，编制42人，内设办公室（挂党委办公室牌子）、政策法规科、统计评价与业绩考核科、产权管理科、企业规划发展与改革改组科（挂市国有企业兼并破产办公室牌子）、企业资产评估管理科、企业分配科、企业领导人员管理科（挂党委组织部牌子）、宣传与群众工作科、人事科10个职能科室。同年7月，市编委印发《关于市监事工作办公室更名及增加编制的批复》，将市监事工作办公室更名为市监事和财务总监工作办公室，并增加编制13人，用于纳入事业编制管理的市管企业监事会主席和专职监事。市监事和财务总监工作办公室编制由7人调整为20人。